| ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (hereafter Synechocystis). This protocol can be extended to analyze any DNA-binding protein in cyanobacteria for which suitable antibodies ...
[摘要] 氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中，一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解，但其控制下的基因集（即它的调节子）仍然没有很好的定义。 在该协议中，我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程，随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析（ChIP-seq）。 PCC 6803（以下简称<集气囊）。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。
【背景】为了维持体内平衡，细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子（TF）控制的，这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而，反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围，我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近，染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是，ChIP-seq使用下一代测序（NGS）的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比，ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制，并且可以研究整个基因组的TF结合位点。
在蓝细菌中，氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA，属于CRP（cAMP受体蛋白）家族的TF（Herrero等人，2001）。在集胞蓝细菌中，NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...
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| Adoptive Transfer of Lung Antigen Presenting Cells
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2017-03-20
[Abstract] Our protocol describes adoptive transfer of antigen presenting cells (APCs) isolated from the lungs by enzymatic digestion and magnetic enrichment. This protocol can be used to study APC functions and trafficking.
[摘要] 我们的方案描述了通过酶消化和磁力富集从肺分离的抗原呈递细胞（APC）的过继转移。该协议可用于研究APC功能和贩运。
背景 包括巨噬细胞和树突状细胞（DC）在内的肺癌APC在感染侵袭性病原体，引发T细胞应答和控制耐受性反应中发挥关键作用。肺DC是稳定状态下最有效的专业APC，包括常规DC（cDC）和浆细胞样DC（pDC），以及炎症时新招募的单核细胞衍生的DC（moDC）（Kopf等人）。 ，2015）。肺静脉巨噬细胞，包括肺泡巨噬细胞，间质巨噬细胞和支气管巨噬细胞，在呈递抗原方面的效力较低。
＆nbsp;所有巨噬细胞和cDC在其细胞表面表达高水平的CD11c，而pDC表达中等水平的CD11c（Becher等，2014）。因此，CD11c磁性微珠可用于分离小鼠肺巨噬细胞和cDC。我们开发了一种从正常小鼠中分离肺APCs的方案，然后将其过渡转移到同基因骨髓移植小鼠。我们使用该方案来确定正常的肺APCs是否足以恢复移植后疱疹病毒感染的T辅助细胞极化（Zhou等人，2016）。
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| Isolation and Culture of Human Endometrial Epithelial Cells and Stromal Fibroblasts
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Author:
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2015-10-20
[Abstract] Purification and culture of endometrial epithelial cells (eEC) and stromal fibroblasts (eSF) from endometrial biopsies allows for downstream cell-specific in vitro studies. The utility of this protocol is the ease with which cells are purified without contamination from unwanted cell types, and the ability to use patient-paired eEC and eSF in experiments. These methods have been previously published, but here the protocol has been updated for maximum efficiency.
[摘要] 来自子宫内膜活检的子宫内膜上皮细胞（eEC）和基质成纤维细胞（eSF）的纯化和培养允许下游细胞特异性体外研究。 该协议的效用是细胞被净化而不受不想要的细胞类型的污染，以及在实验中使用患者配对的eEC和eSF的能力。 这些方法以前已经发布，但在这里协议已经更新为最大的效率。
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