| CRISPR/Cas9 Editing of the Bacillus subtilis Genome
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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] A fundamental procedure for most modern biologists is the genetic manipulation of the organism under study. Although many different methods for editing bacterial genomes have been used in laboratories for decades, the adaptation of CRISPR/Cas9 technology to bacterial genetics has allowed researchers to manipulate bacterial genomes with unparalleled facility. CRISPR/Cas9 has allowed for genome edits to be more precise, while also increasing the efficiency of transferring mutations into a variety of genetic backgrounds. As a result, the advantages are realized in tractable organisms and organisms that have been refractory to genetic manipulation. Here, we describe our method for editing the genome of the bacterium Bacillus subtilis. Our method is highly efficient, resulting in ...
[摘要] 大多数现代生物学家的基本过程是研究生物体的遗传操作。尽管许多不同的方法用于编辑细菌基因组已经在实验室中使用了数十年，但CRISPR / Cas9技术对细菌遗传学的适应使得研究人员能够以无与伦比的设施来操纵细菌基因组。 CRISPR / Cas9允许基因组编辑更精确，同时也提高将突变转移到各种遗传背景的效率。因此，在遗传操作难以处理的易处理生物和生物体中实现了这些优点。在这里，我们描述了我们编辑枯草芽孢杆菌细菌基因组的方法。我们的方法是高效的，导致精确，无标记的突变。此外，在产生编辑质粒之后，可以将突变快速导入几个遗传背景，大大增加可进行遗传分析的速度。
枯草芽孢杆菌是高度易处理的革兰氏阳性菌。遗传研究适用于使用多种载体通过同源重组快速有效地引入突变。尽管有许多不同的方法来引入B突变。 subtilis，每种方法都有其局限性。一种简单而简单的方法，用于在B中进行突变。枯草芽孢杆菌是基因破坏，其中将质粒整合到感兴趣的基因内（Vagner等人，1998）。主要的局限性包括：1）扰乱操纵子的极地作用的潜力; 2）引进和保留外来DNA; 3）一旦使用抗生素耐药性盒，如果在其他突变的背景下研究给定的突变，则研究者必须使用不同的盒;和4）该方法限于靶向整个基因，并且不能产生更精确的点突变。 ...
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| In Gel Kinase Assay
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Proper spatiotemporal regulation of protein phosphorylation in cells and tissues is required for normal development and homeostasis. We present the protocol ‘In Gel Kinase Assay’, which is useful for protein kinase activity measurements from crude protein extracts. We have successfully used ‘In Gel Kinase Assay’ protocol to show that the Arabidopsis thaliana sextuple mutant in the PYRABACTIN RESISTANCE1/PYR1-LIKE/REGULATORY COMPONENTS OF ABA RECEPTORS (PYR/PYL/RCAR-ABA receptors; line pyr/pyl112458) is impaired in ABA-mediated activation of SnRK2.2, SnRK2.3 and OST1/SnRK2.6, as much as the triple mutant snrk2.2/2.3/2.6 (Gonzalez-Guzman et al., 2012).
[摘要] 正常发育和体内平衡需要细胞和组织中蛋白质磷酸化的适时时空调节。我们提出方案“凝胶激酶测定”，其可用于粗蛋白质提取物的蛋白激酶活性测量。我们已经成功地使用“凝胶激酶测定”方案来证明在ABA受体（PYR / PYL / RCAR-ABA受体）的PYRABACTIN RESISTANCE1 / PYR1-样/调节组分中的拟南芥线条pyr / pyl112458 ）在ABA介导的SnRK2.2，SnRK2.3和OST1 / SnRK2.6的活化中受损，多达三重突变体snrk2.2 / 2.3 / 2.6 （Gonzalez-Guzman等人，2012）。
背景 植物激素脱落酸（ABA）是涉及植物生长发育以及植物对非生物和生物胁迫的反应的关键信号。 ABA感知和信号通路由ABA受体（PYR / PYL / RCAR-ABA受体）的PYRABACTIN RESISTANCE1 / PYR1-调节组分，PP2C磷酸酶和SnRK2s激酶组成（在Antoni等人， ，，2011）。模块受体-ABA-磷酸酶通过调节ABA激活的SnRK2而以配体依赖的方式控制磷酸化信号级联。反过来，SnRK2s激酶使细胞核和细胞质中的无数效应物从转录因子（例如，ABFs）到离子通道（例如）磷酸化， ...
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| Fluorescence in situ Localization of Gene Expression Using a lacZ Reporter in the Heterocyst-forming Cyanobacterium Anabaena variabilis
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Author:
Date:
2017-01-05
[Abstract] One of the most successful fluorescent proteins, used as a reporter of gene expression in many bacterial, plant and animals, is green fluorescent protein and its modified forms, which also function well in cyanobacteria. However, these fluorescent proteins do not allow rapid and economical quantitation of the reporter gene product, as does the popular reporter gene lacZ, encoding the enzyme β-galactosidase. We provide here a protocol for the in situ localization of β-galactosidase activity in cyanobacterial cells. This allows the same strain to be used for both a simple, quantitative, colorimetric assay with the substrate ortho-nitrophenyl-β-galactoside (ONPG) and for sensitive, fluorescence-based, cell-type localization of gene expression using ...
[摘要] 在许多细菌，植物和动物中用作基因表达的报告基因的最成功的荧光蛋白之一是绿色荧光蛋白及其修饰形式，其在蓝细菌中也起良好作用。然而，与编码β-半乳糖苷酶的流行的报道基因lacZ一样，这些荧光蛋白不允许报道基因产物的快速和经济的定量。我们在这里提供了在蓝细菌细胞中原位β-半乳糖苷酶活性定位的方案。这允许将相同的菌株用于具有底物邻硝基苯基-β-半乳糖苷（ONPG）的简单，定量，比色测定，并且用于灵敏的，基于荧光的细胞型定位使用5-十二烷酰氨基荧光素二-β-D-吡喃半乳糖苷（C12-FDG）的基因表达。
背景 鱼腥藻变种是一种丝状蓝细菌，其区分称为异养细胞的特异性细胞，其特异性用于固氮（Kumar等人，2010; Maldener and Muro Pastor，2010）。由于在96孔中易于定量，酶，比色，β-半乳糖苷酶测定，我们使用大肠埃希氏菌的 lacZ 基因作为蓝细菌基因表达的转录报告基因（Griffith和Wolf，2002）和使用相同的菌株用于使用荧光底物5-十二烷基聚氨基荧光素二-β-D-吡喃半乳糖苷（C12-FDG）的原位定位基因表达的能力（ Thiel等人，1995; ...
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