| Transient Expression Assay in NahG Arabidopsis Plants Using Agrobacterium tumefaciens
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Agrobacterium-mediated transient expression has greatly contributed to research in molecular plant biology but has low efficiency and inconsistency in Arabidopsis thaliana (Arabidopsis). Here, we describe a simple, efficient and fast protocol to make transient gene expression in NahG Arabidopsis plants using Agrobacterium tumefaciens. This protocol has been successfully used to assess protein sub-cellular localization and accumulation, enzyme activity, and protein-protein interaction. In addition, this assay overcomes the use of Nicotiana benthamiana plants as a surrogate system for transient gene expression assays. Finally, the use of this protocol does not require complex inoculation methods or specific growth conditions, and can be ...
[摘要] 农杆菌介导的瞬时表达大大促进了分子植物生物学的研究，但是在拟南芥（Arabidopsis thaliana）（ Arabidopsis ）中效率低且不一致。 在这里，我们描述了一种简单，高效和快速的方法，用于根据根癌农杆菌在 NahG 拟南芥植物中进行瞬时基因表达。 该方案已成功用于评估蛋白质亚细胞定位和积累，酶活性和蛋白质 - 蛋白质相互作用。 此外，该测定法克服了使用本氏烟草植物作为瞬时基因表达测定的替代系统。 最后，该方案的使用不需要复杂的接种方法或特定的生长条件，并且可以与具有相似结果的不同农杆菌菌株一起使用。
【背景】根癌土壤杆菌（以下简称土壤杆菌）介导的瞬时转化试验已经对分子植物生物学研究作出了重大贡献。这些方法与费时费力的稳定转化方法相比具有许多优点，其中包括在烟草本氏烟中进行瞬时转化测定时更高的效率，简单性和快速，一致的结果。另一方面，当在模式植物拟南芥（以下称为拟南芥）中进行这些测定时，这些测定是无效的并且缺乏稳健性，从而迫使拟南芥研究人员使用 N。本氏烟草作为一种异源系统，这会带来明显的局限性，并可能产生令人误解的结果。
过去已做出许多努力来提高土壤杆菌介导的拟南芥中的瞬时转化的功效（在Krenek等人的综述中，2015年）。 ...
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| Isolation of Commensal Escherichia coli Strains from Feces of Healthy Laboratory Mice or Rats
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The colonization abundance of commensal E. coli in the gastrointestinal tract of healthy laboratory mice and rats ranges from 104 to 106 CFU/g feces. Although very well characterized, the family that E. coli belongs to has a very homogeneous 16S rRNA gene sequence, making the identification from 16S rRNA sequencing difficult. This protocol provides a procedure of isolating and identifying commensal E. coli strains from a healthy laboratory mouse or rat feces. The method can be applied to isolate commensal E. coli from other laboratory rodent strains.
[摘要] 共生E的殖民丰度。 大肠杆菌在健康实验小鼠和大鼠的胃肠道中的范围为10 4至10 6 CFU / g粪便。 虽然描述得非常好，但那个家族就是这样的。 大肠杆菌属于具有非常均一的16S rRNA基因序列，使得从16S rRNA测序鉴定困难。 该协议提供了分离和识别共生E的程序。 来自健康实验室小鼠或大鼠粪便的大肠杆菌菌株。 该方法可以应用于隔离共生电子。 来自其他实验室啮齿类动物的大肠杆菌。
【背景】大肠杆菌是革兰氏阴性兼性厌氧菌，其仅构成脊椎动物肠道微生物群的一小部分，但在微生物相互作用，免疫调节和代谢功能中起关键作用（Tenaillon等人。，2010）。作为最好的模式微生物之一，共生E。已经越来越多地研究大肠杆菌菌株以揭示肠道共生微生物适应独特生态位并影响宿主生理机制。然而，不同菌株之间的高度同源性在共生E的鉴定和表征上提出了困难。基于16S rRNA测序方法的大肠杆菌。由于新一代测序技术的发展和全基因组的大规模分析，我们能够识别共生E。根据基因组中毒力基因的存在，分离自不同宿主的胃肠道的大肠杆菌菌株。在这个协议中，我们展示了一种分离和识别共生E的方法。使用选择性培养基和全基因组测序从实验室小鼠或大鼠获得大肠杆菌菌株。但是，应该指出的是，共生E的存在。大肠杆菌在实验室动物中取决于设施的供应商和环境条件。
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| Expression and Purification of the Cas10-Csm Complex from Staphylococci
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] CRISPR-Cas (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated proteins) is a class of prokaryotic immune systems that degrade foreign nucleic acids in a sequence-specific manner. These systems rely upon ribonucleoprotein complexes composed of Cas nucleases and small CRISPR RNAs (crRNAs). Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus aureus are bacterial residents on human skin that are also leading causes of antibiotic resistant infections (Lowy, 1998; National Nosocomial Infections Surveillance, 2004; Otto, 2009). Many staphylococci possess Type III-A CRISPR-Cas systems (Marraffini and Sontheimer, 2008; Cao et al., 2016), which have been shown to prevent plasmid transfer and protect against viral predators (Goldberg et al., ...
[摘要] CRISPR-Cas（聚集的定期间隔的短回文重复-CRISPR相关蛋白）是一类以序列特异性方式降解外来核酸的原核免疫系统。这些系统依赖于由Cas核酸酶和小型CRISPR RNA（crRNA）组成的核糖核蛋白复合物。表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌是人皮肤上的细菌居民，也是抗生素抗性感染的主要原因（Lowy，1998; National Nosocomial Infection Surveillance，2004; Otto，2009） 。许多葡萄球菌具有III型A CRISPR-Cas系统（Marraffini和Sontheimer，2008; Cao等人，2016），已被证明可预防质粒转移并防止病毒性捕食者（Goldberg这些生物体中，等等，2014; Hatoum-Aslan等人，2014; Samai等人，2015）。因此，在天然葡萄球菌背景中获得对这些系统的机械理解可以导致对影响这些病原体的进化和存活的因素的重要见解。 III-A型CRISPR-Cas系统编码称为Cas10-Csm的五亚单位效应复合物（Hatoum-Aslan等人，2013）。在这里，我们描述了一种用于表达和纯化Cas10-Csm的方法。表皮样背景或异源性S。金黄色葡萄球菌背景。该方法由两步纯化方案组成，包括Ni 2 + - ...
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