| Colorimetric RT-LAMP and LAMP-sequencing for Detecting SARS-CoV-2 RNA in Clinical Samples
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Author:
Date:
2021-03-20
[Abstract] During pandemics, such as the one caused by SARS-CoV-2 coronavirus, simple methods to rapidly test large numbers of people are needed. As a faster and less resource-demanding alternative to detect viral RNA by conventional qPCR, we used reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP). We previously established colorimetric RT-LAMP assays on both purified and unpurified SARS-CoV-2 clinical specimens and further developed a multiplexed sequencing protocol (LAMP-sequencing) to analyze the outcome of many RT-LAMP reactions at the same time (Dao Thi et al., 2020). Extending on this work, we hereby provide step-by-step protocols for both RT-LAMP assays and read-outs.
[摘要] [摘要]在大流行期间（例如由SARS-CoV-2冠状病毒引起的大流行），需要一种简单的方法来快速测试大量人员。作为通过常规qPCR检测病毒RNA的一种更快且资源更少的替代方法，我们使用了逆转录环介导的等温扩增（RT-LAMP）。我们先前在纯化和未纯化的SARS-CoV-2临床标本上建立了比色RT-LAMP分析方法，并进一步开发了多重测序方案（LAMP测序）来同时分析许多RT-LAMP反应的结果（Dao Thi等）等人，2020年）。在此工作的基础上，我们在此提供针对RT-LAMP分析和读数的分步操作规程。
[背景]新的SARS-CoV-2冠状病毒构成了重大的公共卫生问题（Li等人，2020年综述）。在缺乏有效的抗病毒治疗和保护性疫苗的情况下，通过大量检测防止局部暴发至关重要。检测SARS-CoV-2感染的标准诊断流程基于以下条件：从临床标本中分离病毒RNA，将RNA转录为cDNA的逆转录（RT）反应以及通过半定量DNA聚合酶链反应进行检测（qPCR）（Corman等，2020）。然而，商业化的RNA分离和RT-qPCR试剂盒价格昂贵，耗时且大流行期间供应短缺，从而限制了高通量测试，需要其他解决方案（Klein等人，2020）。
在我们最近的研究中（Dao ...
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| Expression and Purification of Arabidopsis Transmembrane Protein BCM1 in Saccharomyces cerevisiae
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Author:
Date:
2020-09-20
[Abstract] Heterologous expression and purification of transmembrane proteins have remained a challenge for decades hampering detailed biochemical and structural characterization of key enzymes and their interacting regulators in multiple metabolic pathways. An in-depth study on the newly identified Arabidopsis thaliana integral membrane protein BALANCE OF CHLOROPHYLL METABOLISM 1 (BCM1) showed a stimulatory effect of the BCM1 on magnesium chelatase, the first enzyme of chlorophyll biosynthesis, through interaction with the GENOMES UNCOUPLED 4 (Wang et al., 2020). Here, we report a detailed and optimized method for heterologous expression and purification of His-tagged BCM1 in Saccharomyces cerevisiae. Following this method, we obtained native BCM1 used for in vitro ...
[摘要] [摘要 ] 异源表达和公顷跨膜蛋白的纯化VE 仍然几十年来阻碍了关键酶详述生物化学和结构表征一个挑战小号和它们的相互作用调节在多个代谢途径。上新鉴定进行了深入的研究拟南芥拟南芥叶绿素代谢1（BCM1）的整合膜蛋白BALANCE显示一个通过与相互作用对镁螯合，叶绿素生物合成的第一个酶，所述BCM1的刺激效应基因组中脱开4 （王等等人，2020）。这里 ，我们报告了酿酒酵母中His-tagged BCM1异源表达和纯化的详细和优化方法。˚F ollowing这种方法，我们获得用于本机BCM1 体外酶测定的镁螯合（王等人，2020） 。目前，BCM1的结晶研究正在进行中。这个协议可以适于纯化BCM 1一样从用于酶和结构研究真核生物的跨膜蛋白。
[背景 ] 鉴定翻译后单组的lators其指导LY 调制enzym 一个叶绿素合成的酶的抽动活动可以大大提高我们理解的分子机制，通过该植物保持高效叶绿素叶期间LL合成绿化（Brzezowski 等人，2015年）。然而，叶绿素合成酶及其相互作用蛋白的详细生化分析受到体外重组蛋白可用性的限制。我们最近发现一个叶绿素代谢1（BCM1）的翻译后调节平衡，同时刺激小号叶绿素合成和延迟叶绿素分解，日ERE 被授予叶发育过程中的叶绿素稳态（王等人，2020年）。为了检查BCM1对镁螯合酶（MgCh ...
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| Isolation of Intact Vacuoles from Petunia Petals and Extraction of Sequestered Glycosylated Phenylpropanoid Compounds
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] Plant vacuoles are the largest compartment in plant cells, occupying more than 80% of the cell volume. A variety of proteins, sugars, pigments and other metabolites are stored in these organelles (Paris et al., 1996; Olbrich et al., 2007). Flowers produce a variety of specialized metabolites, some of which are unique to this organ, such as components of pollination syndromes, i.e., scent volatiles and flavonoids (Hoballah et al., 2007; Cna'ani et al., 2015). To study the compounds stored in floral vacuoles, this compartment must be separated from the rest of the cell. To enable isolation of vacuoles, protoplasts were first generated by incubating pierced corollas with cellulase and macrozyme enzymes. After filtering and several centrifugation ...
[摘要] 植物液泡是植物细胞中最大的隔室，占细胞体积的80％以上。各种蛋白质，糖，色素和其他代谢物存储在这些细胞器中（Paris et al。，1996; Olbrich et al。，2007）。花产生多种特殊代谢物，其中一些是该器官特有的，如授粉综合征的成分， ie ，气味挥发物和黄酮类化合物（Hoballah et al。， 2007; Cna'ani et al。，2015）。为了研究存储在花液泡中的化合物，必须将该隔室与细胞的其余部分分开。为了能够分离液泡，首先通过将刺穿的花冠与纤维素酶和macrozyme酶一起孵育来产生原生质体。在过滤和几个离心步骤后，通过显微镜观察显示原生质体与碎片和受损/破裂的原生质体分离。裂解浓缩的原生质体，并通过Ficoll梯度离心提取液泡。 Vacuoles用于隔离代谢物的定量GC-MS分析。这种方法使我们能够将空泡识别为糖基化挥发性苯丙酸类的亚细胞聚集位点，并假设共轭气味化合物在通向顶空的途径中被隔离（Cna'ani et al。，2017） 。
【背景】植物空泡占植物细胞中细胞体积的80％。这些细胞器对植物生长和发育至关重要，在整个植物的生命中具有不同的功能。 ...
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