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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Nucleosomes are the core units of cellular chromatin and are comprised of 147 base pairs (bp) of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Proteins such as chromatin remodelers, transcription factors, and DNA repair proteins interact dynamically with chromatin to regulate access to DNA, control gene transcription, and maintain genome integrity. The extent of association with chromatin changes rapidly in response to stresses, such as immune activation, oxidative stress, or viral infection, resulting in downstream effects on chromatin conformation and transcription of target genes. To elucidate changes in the composition of proteins associated with chromatin under different conditions, we adapted existing protocols to isolate nuclei and fractionate cellular chromatin using a ...
[摘要] 核小体是细胞染色质的核心单元，由包裹在组蛋白的八聚体周围的147个碱基对（bp）的DNA组成。蛋白质如染色质重组体，转录因子和DNA修复蛋白质与染色质动态相互作用以调控DNA的接触，控制基因转录和维持基因组完整性。与染色质结合的程度响应于诸如免疫激活，氧化应激或病毒感染等应激而迅速变化，导致对染色质构象和靶基因转录的下游作用。为了阐明在不同条件下与染色质相关蛋白质组成的变化，我们调整了现有的方案来分离核，并使用盐浓度的梯度分离细胞染色质。可以通过蛋白质印迹或质谱法评估不同盐部分中特定蛋白质的存在，从而了解与染色质相关的程度。
背景 由于与DNA或组蛋白的电荷相互作用，许多染色质相关蛋白在低盐条件下是不溶的。由于盐破坏了基于电荷的蛋白质DNA和蛋白质 - 蛋白质的相互作用，染色质相关蛋白质随着NaCl浓度的增加而变得更加可溶（Teves和Henikoff，2012）。与DNA强烈结合的蛋白质预期用高盐洗脱，而松散结合的蛋白质（例如转录因子）将用低盐洗脱。我们特别关心病毒感染如何改变与细胞染色质相关的因素的组成。核复制病毒，例如腺病毒，单纯疱疹病毒和爱泼斯坦 - 巴尔病毒，可以显着改变感染期间宿主染色质的出现（Avgousti等人，2016; Lam等人， ，2010; Simpson-Holley等人，2005; ...
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Date:
2013-07-20
[Abstract] DNase I footprinting is used to precisely localise the position that a DNA binding protein, e.g. a transcription factor, binds to a DNA fragment. A DNA fragment of a few hundred bp is labelled at one end and then incubated with the proteins suspected to bind. After a limited digestion with DNase I, the reaction is quenched, DNA is precipitated and analysed on a denaturing polyacrylamide gel. This protocol uses 32P-radioactively labeled DNA.
[摘要] DNase I足迹用于精确定位DNA结合蛋白例如转录因子结合DNA片段的位置。 在一端标记几百bp的DNA片段，然后与怀疑结合的蛋白质一起孵育。 在用DNA酶I有限消化后，淬灭反应，沉淀DNA并在变性聚丙烯酰胺凝胶上分析。 该方案使用32-放射性标记的DNA。
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