| Growth Recovery Assay and FACS-based Population Sorting Following Territorial Exclusion in Proteus mirabilis
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] Many bacteria take part in self recognition and kin discrimination behavior using contact-dependent effectors. Understanding the effects these effectors cause is important to explain bacterial community formation and population dynamics. Typically, kin discrimination effectors are toxins that kill target cells; their effect is therefore obvious and easily measurable. However, many self-recognition effectors, such as the Proteus mirabilis Ids system, are non-lethal and do not cause obvious physiological changes in target cells. Previously, experimental techniques to probe cells experiencing non-lethal kin recognition have been limited. Here we describe a technique to reliably isolate cells deemed self and non-self through Ids self-recognition for downstream phenotypic analysis. ...
[摘要] [摘要] 许多细菌使用接触依赖性效应子参与自我识别和亲属歧视行为。了解这些效应子引起的作用对于解释细菌群落形成和种群动态很重要。通常，亲属歧视效应子是杀死靶细胞的毒素；因此，它们的效果是显而易见的，并且易于测量。但是，许多自我识别效应器，例如变形杆菌（Proteus mirabilis） Ids系统是非致命性的，不会在靶细胞中引起明显的生理变化。以前，探测经历非致命亲属识别的细胞的实验技术受到限制。在这里，我们描述了一种技术，该技术可通过Ids自我识别可靠地分离被视为自身和非自身的细胞，以进行下游表型分析。将荧光标记的自我识别突变体的液体培养物混合在一起，并接种在群体允许的琼脂上。收获混合群，并通过荧光激活细胞分选术（FACS）分离每个菌株。在平板读取器上测量每种菌株的生长速率。该协议适用于其他细菌物种。我们简要描述了如何将分类的颗粒用于其他分析，如RNA-Seq文库制备。
[背景和 d] 许多生物的进化适应社区生活。整个大自然中存在的一种常见机制是亲属歧视：对近亲的优先对待和对非亲属的阻碍（Smith，1964）。细菌亲属歧视的研究充分的例子包括接触依赖性抑制（CDI）（Aoki 等，2009; Garcia 等，2016）和通过IV型和VI型分泌系统进行毒素转移（Brunet 等，2013; Souza ...
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| Soluble and Solid Iron Reduction Assays with Desulfitobacterium hafniense
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There is a pressing need to develop sustainable and efficient methods to protect and stabilize iron objects. To develop a conservation-restoration method for corroded iron objects, this bio-protocol presents the steps to investigate reductive dissolution of ferric iron and biogenic production of stabilizing ferrous iron minerals in the strict anaerobe Desulfitobacterium hafniense (strains TCE1 and LBE). We investigated iron reduction using three different Fe(III) sources: Fe(III)-citrate (a soluble phase), akaganeite (solid iron phase), and corroded coupons. This protocol describes a method that combines spectrophotometric quantification of the complex Fe(II)-Ferrozine® with mineral characterization by scanning electron microscopy and Raman spectroscopy. These three ...
[摘要] 迫切需要开发可持续和有效的方法来保护和稳定铁制物体。为了开发腐蚀铁物体的保护 - 恢复方法，该生物方案提出了研究严格厌氧菌[Desulfitobacterium hafniense （菌株TCE1）中三价铁的还原溶解和稳定亚铁矿物质的生物产生的步骤。和LBE）。我们使用三种不同的Fe（III）来源研究了铁还原：Fe（III） - 柠檬酸盐（可溶相），akaganeite（固体铁相）和腐蚀的试样。该协议描述了一种方法，该方法结合了复杂的Fe（II）-Ferrozine ®的分光光度定量，通过扫描电子显微镜和拉曼光谱进行矿物表征。这三种方法可以评估三价铁的还原溶解和生物矿物质生产，作为开发一种创新的可持续方法来稳定腐蚀铁的有希望的替代方法。
【背景】自铁器时代以来，铁已被用于生产日常用具。因此，考古学上的铁试验是过去极其重要的证据，应予以保留。然而，由于其反应性，铁容易被腐蚀并且考古铁物体可能被完全损坏。埋藏时，铁制品会根据埋葬地点的环境条件形成复杂的腐蚀层。挖掘后，条件发生变化，腐蚀层变得不稳定。为避免完全破坏，考古铁制物需要快速稳定处理。目前，可用的稳定化处理不能提供长期保护并且具有实质性缺点，例如毒性，低效率和大量废物的产生（Scott和Eggert，2009; Rimmer 等人， 2012）。因此，有必要开发新技术来稳定考古铁器。
越来越多地考虑利用微生物代谢来开发更有效，可持续和环保的保护 ...
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