| Single Genome Sequencing of Expressed and Proviral HIV-1 Envelope Glycoprotein 120 (gp120) and nef Genes
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] The current study provides detailed protocols utilized to amplify the complete HIV-1 gp120 and nef genes from single copies of expressed or integrated HIV present in fresh-frozen autopsy tissues of patients who died while on combined antiretroviral therapy (cART) with no detectable plasma viral load (pVL) at death (Lamers et al., 2016a and 2016b; Rose et al., 2016). This method optimizes protocols from previous publications (Palmer et al., 2005; Norström et al., 2012; Lamers et al., 2015; 2016a and 2016b; Rife et al., 2016) to produce single distinct PCR products that can be directly sequenced and includes several cost-saving and time-efficient modifications.
[摘要] 目前的研究提供了详细的方案，用于扩增完整的HIV-1 gp120和nef基因，从单个拷贝的表达或综合的HIV存在于新鲜冷冻尸检组织中，在联合抗逆转录病毒治疗（cART）而死亡的患者中，没有可检测的血浆病毒 死亡时负荷（pVL）（Lamers等，2016a和2016b; Rose等，2016）。 该方法优化了以前的出版物（Palmer等，2005;Norström等，2012; Lamers等，2015; 2016a和2016b; Rife等，2016）的方案，以产生可以直接的单独不同的PCR产物 测序并包括若干成本节约和时间有效的修改。
【背景】三十多年前，艾滋病毒感染及其临床表现，即获得性免疫缺陷综合征（AIDS），已成为全球流行病。此后，对艾滋病病毒发病机制的认识已经出现，药物治疗的发展显着延长了患者的生命。目前的cART方案包括以几种方式抑制病毒复制的各种药物，其允许几乎完全抑制血液中发现的病毒颗粒和恢复健康的CD4 + T细胞群体（CD4 +）（Autran等人，1997 ）。然而，cART治疗患者血浆中持续存在非常低水平的艾滋病毒，即使是经过数十年治疗的患者，也表明存在一种以病毒为基础的细胞库。病毒储库包含不释放感染性病毒（即被潜在感染）的感染细胞，但可以在活化后进行，这可能在各种条件下发生（Chun等，1995和1997）。 ...
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| Identification of Methylated Deoxyadenosines in Genomic DNA by dA6m DNA Immunoprecipitation
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] dA6m DNA immunoprecipitation followed by deep sequencing (DIP-Seq) is a key tool in identifying and studying the genome-wide distribution of N6-methyldeoxyadenosine (dA6m). The precise function of this novel DNA modification remains to be fully elucidated, but it is known to be absent from transcriptional start sites and excluded from exons, suggesting a role in transcriptional regulation (Koziol et al., 2015). Importantly, its existence suggests that DNA might be more diverse than previously believed, as further DNA modifications might exist in eukaryotic DNA (Koziol et al., 2015). This protocol describes the method to perform dA6m DNA immunoprecipitation (DIP), as was applied to characterize the first dA6m ...
[摘要] 原代小胶质细胞，在单一培养或与神经元或星形胶质细胞共培养，是研究在中枢神经系统（CNS）中小胶质炎症反应和细胞类型特异性相互作用的机制的强大工具。这个协议提供了如何从新生小鼠幼崽制备高纯度原代小胶质细胞的细节。总的步骤包括脑细胞解离，混合胶质细胞培养和小胶质细胞分离。
[背景] 近年来，神经炎症已成为神经科学研究的热点领域。在患有各种神经疾病的患者的脑中观察到炎症反应，例如神经胶质激活和细胞因子上调（Fan等人，2015; Koshimori等人，2015;花园和坎贝尔，2016）。神经炎症不仅被认为是脑中病理变化的结果，而且也是疾病进展的原因（Schwartz等人，2013）。此外，炎症通路的生理功能，其重要性以前被低估，正被揭示为惊人的多才多艺。例如，补体信号通路的激活通常在神经疾病的中枢神经系统（CNS）中观察到，并且被怀疑参与疾病病理生理学（Michailidou等人，2015; Loeffler ...
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| Preparation of Knockdown Transformants of Unicellular Charophycean Alga, Closterium peracerosum-strigosum-littorale Complex
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2016-05-20
[Abstract] To prepare the knockdown transformants of the Closterium peracerosum-strigosum-littorale (C. psl.) complex, particle bombardment was applied with a newly constructed vector (pSA0104) with an endogenous constitutive promoter fused to a DNA fragment corresponding to an antisense strand of a target gene. Using a hygromycin resistance gene (aph7”), hygromycin-resistant colonies were selected. After the second screening, integration of the vector into the genome was checked by PCR and the knockdown effect was evaluated by Western blotting using a specific antibody against the target protein.
[摘要] 为了制备鬼臼藓藻（Clonsterium peracerosum-strigosum-littorale）复合物的敲低转化体，用新构建的载体（pSA0104）应用粒子轰击，所述载体具有内源性 组成型启动子，其与对应于靶基因的反义链的DNA片段融合。 使用潮霉素抗性基因（ aph7"）选择潮霉素抗性菌落。 在第二次筛选后，通过PCR检查载体到基因组中的整合，并使用针对靶蛋白的特异性抗体通过蛋白质印迹评估敲低效应。
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