| Identification and Quantification of Secondary Metabolites by LC-MS from Plant-associated Pseudomonas aurantiaca and Pseudomonas chlororaphis
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Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] Increased antibiotic resistance of plants and human pathogens and continuous use of chemical fertilizers has pushed microbiologists to explore new microbial sources as potential antagonists. In this study, eight strains of Pseudomonas aurantiaca and Pseudomonas chlororaphis, have been isolated from different plant sources and screened for their antagonistic and plant growth promoting potential (Shahid et al., 2017). All strains were compared with reference strain PB-St2 and their secondary metabolites were isolated by the use of solvent partitioning and subjected to LC/ESI/MS for confirmation of compounds. The ESI-mass spectra obtained were used to characterize the surfactants ionization behavior and [M + H]+ and [M + Na]+ ions were ...
[摘要] 哺乳动物正呼吸道病毒（呼肠孤病毒）利用成孔肽穿透宿主细胞膜。 在病毒进入过程中，这一步对于提供含核心颗粒的基因组至关重要。 该协议描述了用于测量呼肠孤病毒诱导的孔形成的体外测定。
【背景】呼肠孤病毒是无包膜的双链RNA病毒，其由两个同心蛋白质壳组成：内衣壳（核心）和外衣壳（Dryden等人，1993; Zhang等人， / ，2005; Dermody et al ，2013）。在附着之后，病毒颗粒被内吞（Borsa et al。，1979; Ehrlich et al。，2004; Maginnis et al。，2006; Maginnis和宿主组织蛋白酶蛋白酶降解σ3外壳蛋白（Chang和Zweerink，1971; Silverstein等人，1972; Borsa等人，et al。 1981; Sturzenbecker等人，1987; Dermody等人，1993; Baer和Dermody，1997; Ebert等人， 2002年）。这个过程产生一个亚稳中间体，称为感染性亚病毒颗粒（ISVP），其中细胞穿透蛋白μ1被暴露（Dryden等人，1993）。呼肠孤病毒ISVPs进行第二次构象改变以将含有基因组的核心沉积到宿主细胞的细胞质中。被改变的粒子被称为ISVP *（Chandran et al。，2002）。 ISVP-to-ISVP ...
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| Creating a RAW264.7 CRISPR-Cas9 Genome Wide Library
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] The bacterial clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas9 genome editing tools are used in mammalian cells to knock-out specific genes of interest to elucidate gene function. The CRISPR-Cas9 system requires that the mammalian cell expresses Cas9 endonuclease, guide RNA (gRNA) to lead the endonuclease to the gene of interest, and the PAM sequence that links the Cas9 to the gRNA. CRISPR-Cas9 genome wide libraries are used to screen the effect of each gene in the genome on the cellular phenotype of interest, in an unbiased high-throughput manner. In this protocol, we describe our method of creating a CRISPR-Cas9 genome wide library in a transformed murine macrophage cell-line (RAW264.7). We have employed this library to identify novel mediators in the caspase-11 ...
[摘要] 细菌聚集的定期交织的短回文重复（CRISPR）-Cas9基因组编辑工具用于哺乳动物细胞敲除感兴趣的特定基因以阐明基因功能。 CRISPR-Cas9系统要求哺乳动物细胞表达Cas9核酸内切酶，引导RNA（gRNA）引导内切核酸酶到目的基因，以及连接Cas9与gRNA的PAM序列。使用CRISPR-Cas9基因组宽的文库以无偏倚的高通量方式筛选基因组中每个基因对感兴趣的细胞表型的影响。在本协议中，我们描述了我们在转化的鼠巨噬细胞细胞系（RAW264.7）中创建CRISPR-Cas9基因组文库的方法。我们已经使用该文库来鉴定胱天蛋白酶-11细胞死亡途径中的新型介质（Napier等人，2016）;然而，该文库可用于筛选特定基因在多种鼠巨噬细胞通路中的重要性。
背景 历史上，使用RNA干扰（RNAi）或源自敲除小鼠的细胞，了解特定基因对真核细胞中感兴趣的表型的贡献是可能的。然而，在过去几年中，新的基因组编辑技术CRISPR-Cas9已经允许在真核细胞内容易且有效地产生敲除细胞系和全基因组筛选。 CRISPR-Cas9基因组范围的筛选扩大了哺乳动物遗传学的工具箱和新型蛋白质的鉴定及其对特定表型的贡献。使用这种方法，研究人员已经能够鉴定参与肿瘤生长的新基因（Chen等人，2015; Kiessling等人，2016; Steinhart ...
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| In vivo Bioluminescence Imaging of Luciferase-labeled Cancer Cells
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Author:
Date:
2016-03-20
[Abstract] Over the past decade, in vivo bioluminescent imaging has emerged as a non-invasive and sensitive tool for studying ongoing biological processes within living organisms (Contag et al., 1997; Contag et al., 1998). Based on the detection and quantitation of the photons produced by the oxidation of luciferin by luciferase enzymes (Harvey, 1927), this technique has proved to be particularly useful in analyzing cancerous cells and monitoring tumor growth (Edinger et al., 1999; Sweeney et al., 1999; Vidal et al., 2015), providing a cost-effective insight into how the disease progresses in vivo, without the need of serial sacrifice of animals. This protocol describes in detail the procedure of obtaining luciferase-tagged tumors in ...
[摘要] 在过去十年中，体内生物发光成像已经成为用于研究活生物体内正在进行的生物过程的非侵入性和敏感性工具（Contag等人，1997; Contag et al。，1998）。 基于通过荧光素酶氧化荧光素产生的光子的检测和定量（Harvey，1927），该技术已经证明在分析癌细胞和监测肿瘤生长中特别有用（Edinger等， ，1999; Sweeney等人，1999; Vidal等人，2015），提供了关于疾病在体内如何进展的成本效益的洞察 ，无需连续牺牲动物。 该协议详细描述了在免疫受损的小鼠中获得荧光素酶标记的肿瘤的程序，其可以通过使用IVIS光谱成像仪通过生物发光成像进行研究。
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