| Structural Analysis of Target Protein by Substituted Cysteine Accessibility Method
|
|
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Substituted Cysteine Accessibility Method (SCAM) is a biochemical approach to investigate the water accessibility or the spatial distance of particular cysteine residues substituted in the target protein. Protein topology and structure can be annotated by labeling with methanethiosulfonate reagents that specifically react with the cysteine residues facing the hydrophilic environment, even within the transmembrane domain. Cysteine crosslinking experiments provide us with information about the distance between two cysteine residues. The combination of these methods enables us to obtain information about the structural changes of the target protein. Here, we describe the detailed protocol for structural analysis using SCAM.
[摘要] 取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生物化学方法，用于研究目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性或空间距离。蛋白质拓扑和结构可以通过用甲硫代磺酸盐试剂标记来注释，所述甲硫基磺酸盐试剂特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应，甚至在跨膜结构域内。半胱氨酸交联实验为我们提供了关于两个半胱氨酸残基之间距离的信息。这些方法的组合使我们能够获得有关靶蛋白结构变化的信息。在这里，我们描述了使用SCAM进行结构分析的详细协议。
【背景】结构分析提供了关于靶蛋白功能的关键信息。 X射线晶体学和核磁共振已被用作生物学领域中的高分辨率蛋白质结构分析方法。然而，这些方法需要以非常高的浓度从膜中提取的纯化蛋白质用于膜蛋白的结构分析。取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生化方法，用于分析目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性和空间距离。使用特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应的甲硫代磺酸盐（MTS）试剂，我们可以注释目标蛋白的拓扑结构和结构。由于标记试剂 N - 生物素氨基乙基甲硫基磺酸盐（MTSEA-生物素）对质膜是不可渗透的（Seal et ...
|
|
|
| In vitro NLK Kinase Assay
|
|
Author:
Date:
2017-11-05
[Abstract] This protocol provides step by step instructions to perform an in vitro kinase assay for nemo-like kinase. In addition, this protocol also describes an efficient method using mild lysis buffer for expression and purification of Glutathione S-transferase (GST) fusion proteins.
[摘要] 该协议提供了一步一步的指导，以进行nemo样激酶的体外激酶测定。 此外，该方案还描述了使用温和裂解缓冲液来表达和纯化谷胱甘肽S-转移酶（GST）融合蛋白的有效方法。
【背景】果蝇nemo已经被确定为在发育中的果蝇眼中光感受器簇的关键调节剂（Choi和Benzer，1994）。 据报道，nemo是不同物种间保守的。 该哺乳动物同系物是类似于Nemo的激酶（NLK）（Brott等人，1998; Rocheleau等人，1999）。 NLK是CMGC集团（CDK，MAPK，GSK3和CLK）的成员，也属于非典型的MAPK家族。 NLK通过转录因子调节多种细胞机制，所述转录因子包括在不同信号传导途径中的关键参与者TCF / LEF1，NICD和FOXO（Ishitani等人，1999; Ishitani等人， ，2010; Kim等人，2010）。 此外，最近我们已经将NLK鉴定为Yes相关蛋白（YAP）的新型激酶，YAP是Hippo途径中的共转录激活剂（Moon等人，2017）。 该协议描述了用于测量类似尼莫地来激酶活性的体外方法。
|
|
|
| Extraction, Purification and Quantification of Diffusible Signal Factor Family Quorum-sensing Signal Molecules in Xanthomonas oryzae pv. oryzae
|
|
Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Bacteria use quorum-sensing (QS) systems to monitor and regulate their population density. Bacterial QS involves small molecules that act as signals for bacterial communication. Many Gram-negative bacterial pathogens use a class of widely conserved molecules, called diffusible signal factor (DSF) family QS signals. The measurement of DSF family signal molecules is essential for understanding DSF metabolic pathways, signaling networks, as well as regulatory roles. Here, we describe a method for the extraction of DSF family signal molecules from Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) cell pellets and Xoo culture supernatant. We determined the levels of DSF family signals using ultra-performance liquid chromatographic system (UPLC) coupled with accurate mass ...
[摘要] 细菌使用群体感知（QS）系统监测和调节其人口密度。细菌QS涉及作为细菌通信信号的小分子。许多革兰氏阴性细菌病原体使用一类广泛保守的分子，称为扩散信号因子（DSF）家族QS信号。 DSF家族信号分子的测量对于了解DSF代谢途径，信号网络以及调节作用至关重要。在这里，我们描述了从Xanthomonas oryzae pv提取DSF家族信号分子的方法。 （ Xoo ）细胞沉淀和Xoo 培养上清液。我们使用超高效液相色谱系统（UPLC）与准确的质量飞行时间质谱仪（TOF-MS）联合测定DSF家族信号的水平。在UPLC / MS系统的帮助下，DSF的检测限低至1μM，大大提高了在细菌培养和反应混合物中检测DSF DSF家族信号分子的能力。
背景 黄单胞菌属 oryzae pv。米糠X ae））））））））））y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y十二碳烯酸（DSF），顺式-2-十二碳烯酸（BDSF），顺式-10-甲基-2-十二碳烯酸（IDSF）和顺式<顺式 -11-甲基十二烷-2,5-二烯酸（CDSF），以调节毒力因子产生（图1）。 DSF家族信号的生物合成，感知和周转需要Xoo 中的rpf ...
|
|
|