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Calcium chloride dihydrate

氯化钙二水合物

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: 223506
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ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (hereafter Synechocystis). This protocol can be extended to analyze any DNA-binding protein in cyanobacteria for which suitable antibodies ... [摘要]  氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中,一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解,但其控制下的基因集(即它的调节子)仍然没有很好的定义。 在该协议中,我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程,随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析(ChIP-seq)。 PCC 6803(以下简称<集气囊)。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。

【背景】为了维持体内平衡,细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子(TF)控制的,这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而,反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围,我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近,染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是,ChIP-seq使用下一代测序(NGS)的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比,ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制,并且可以研究整个基因组的TF结合位点。

在蓝细菌中,氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA,属于CRP(cAMP受体蛋白)家族的TF(Herrero等人,2001)。在集胞蓝细菌中,NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...

Dual-sided Voltage-sensitive Dye Imaging of Leech Ganglia
Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract]  In this protocol, we introduce an effective method for voltage-sensitive dye (VSD) loading and imaging of leech ganglia as used in Tomina and Wagenaar (2017). Dissection and dye loading procedures are the most critical steps toward successful whole-ganglion VSD imaging. The former entails the removal of the sheath that covers neurons in the segmental ganglion of the leech, which is required for successful dye loading. The latter entails gently flowing a new generation VSD, VF2.1(OMe).H, onto both sides of the ganglion simultaneously using a pair of peristaltic pumps. We expect the described techniques to translate broadly to wide-field VSD imaging in other thin and relatively transparent nervous systems. [摘要]  在这个协议中,我们介绍了一种有效的方法,用于Tomina和Wagenaar(2017)中使用的电压敏感染料(VSD)加载和水蛭神经节成像。 解剖和染料加载程序是成功完成全神经节VSD成像的关键步骤。 前者需要去除覆盖水蛭节段神经节神经元的鞘,这是成功染料加载所需的。 后者需要使用一对蠕动泵同时轻柔地将新一代VSD VF2.1(OMe).H流入神经节的两侧。 我们期望所描述的技术广泛地转化为其他薄且相对透明的神经系统中的宽视场VSD成像。

【背景】双面显微镜是一种宽视野荧光成像系统,由一对精确对准的显微镜组成,用于观察来自对面的神经元制剂并且一次显示不同的焦平面(Tomina and Wagenaar,2017)。通过将该光学系统与新一代电压敏感染料(VSD),VoltageFluor(Miller等人,2012; Woodford等人,2015),荧光可以同时从不同深度的神经元捕获编码具有高保真度膜电压的信号。我们将这种泛神经元记录系统应用于药用水蛭的神经系统,我们利用电生理学方法诱发虚构行为并定量控制可识别神经元的膜电位(Tomina and ...

Quantifying the Capacity of Phloem Loading in Leaf Disks with [14C]Sucrose
Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract]  Phloem loading and transport of photoassimilate from photoautotrophic source leaves to heterotrophic sink organs are essential physiological processes that help the disparate organs of a plant function as a single, unified organism. We present three protocols we routinely use in combination with each other to assess (1) the relative rates of sucrose (Suc) loading into the phloem vascular system of mature leaves (this protocol), (2) the relative rates of carbon loading and transport through the phloem (Yadav et al., 2017a), and (3) the relative rates of carbon unloading into heterotrophic sink organs, specifically roots, after long-distance transport (Yadav et al., 2017b). We propose that conducting all three protocols on experimental and control plants provides a ... [摘要]  来自光合自养源的光合同化物的韧皮部装载和运输到异养宿主器官是必不可少的生理过程,其帮助植物的不同器官作为单一的统一生物体起作用。我们提出了三种方案,我们经常使用相互组合,以评估(1)蔗糖(Suc)加载到成熟叶片的韧皮部血管系统(本协议)的相对比率,(2)碳负荷和运输通过韧皮部(Yadav et al。,2017a),和(3)在长距离运输后碳卸载到异养汇器官特别是根中的相对速率(Yadav等人, / em>。,2017b)。我们建议,在实验和对照植物上进行所有三种方案提供了全植物碳分配的可靠比较,并且将与单独进行的单个方案相关联的歧义降至最低(Dasgupta等人,2014; Khadilkar 。,2016)。在该方案中,从成熟莲座叶中分离的拟南芥叶片用含有[14 C] Suc的缓冲溶液浸润。 Suc转运蛋白(SUCs或SUTs)将Suc载入韧皮部,并将多余的,卸载在叶片中的Suc洗掉。通过冻干叶盘的放射自显影显示标记的Suc加载到静脉中,并通过闪烁计数进行定量。结果表示为每单位叶盘鲜重或面积的每分钟崩解。

【背景】光合同化物从源头到宿主器官的运输对于整个植物的正常生长和维持至关重要。叶片中的韧皮部负载是将在叶肉细胞中合成的光合同化物递送至韧皮部脉管系统的伴生细胞(CC)和筛分元素(SE)。三种不同的加载机制被认可。其中两个消耗能量在CC和SEs中累积高浓度的糖,并在源叶韧皮部产生高静水压力。第一种是外源韧皮部装载,其中将Suc(和/或一些物种中的糖醇)穿过质膜从细胞壁空间(即,质外体)装载进入CC中的CC质子动力的牺牲(Giaquinta,1983)。第二种是聚合物捕获,其中Suc通过特化的胞间连丝(Botmodesmata)扩散到韧皮部,并转化为太大而不能扩散回来的寡糖(Turgeon,1996)。第三种机制是被动加载,其中叶肉细胞中的溶质浓度最高,胞间连丝为被动移入CC和SE提供了一个开放的途径(Rennie和Turgeon,2009)。 ...

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