| Analysis of Metals in Whole Cells, Thylakoids and Photosynthetic Protein Complexes in Synechocystis sp. PCC6803
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Metals are essential in many biological processes, including oxygenic photosynthesis. Here we described a method to measure the metal pool in whole cells and thylakoids, including the bioactive pool in intact photosynthetic protein complexes in the model oxygenic cyanobacterium Synechocystis PCC6803. In the first part of the protocol, whole cells and thylakoid membranes are carefully prepared, in which the total metal concentrations are measured by inductively coupled plasma triple-quadrupole mass spectrometry (ICP-QQQ-MS). In the second part of the protocol, isolated thylakoids are solubilized to release the integral membrane proteins and the metal binding protein complexes. These intact photosynthetic protein complexes are subjected to size exclusion chromatography (SEC) and ...
[摘要] 金属在许多生物过程中是必不可少的，包括含氧光合作用。 在这里我们描述了测量全细胞和类囊体中金属库的方法，包括模型含氧蓝藻PCH6803中完整光合蛋白复合体中的生物活性库。 在方案的第一部分中，仔细制备全细胞和类囊体膜，其中通过电感耦合等离子体三重四极杆质谱（ICP-MS / MS）测量总金属浓度。 在该方案的第二部分，分离的类囊体被溶解以释放完整的膜蛋白和金属结合蛋白复合物。 将这些完整的光合蛋白复合物进行尺寸排阻色谱（SEC），并通过ICP-MS / MS进行连接分析尺寸分离的复合物中的金属结合。
【背景】氧光合作用的过程需要金属，因为它们在光合电子传递链中作为辅因子和催化剂的基本功能。光合装置需要Fe-S簇，血红素桥Fe和非血红素Fe形式的铁（Fe），可溶性移动电子载体蛋白质质体蓝素中的铜（Cu），叶绿素中的镁（Mg）， ...
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| Characterizing the Transcriptional Effects of Endolysin Treatment on Established Biofilms of Staphylococcus aureus
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Biofilms are the most common lifestyle of bacteria in both natural and human environments. The organized structure of these multicellular communities generally protects bacterial cells from external challenges, thereby enhancing their ability to survive treatment with antibiotics or disinfectants. For this reason, the search for new antibiofilm strategies is an active field of study. In this context, bacteriophages (viruses that infect bacteria) and their derived proteins have been proposed as promising alternatives for eliminating biofilms. For instance, endolysins can degrade peptidoglycan and, ultimately, lyse the target bacterial cells. However, it is important to characterize the responses of bacterial cells exposed to these compounds in order to improve the design of phage-based ...
[摘要] 生物膜是自然和人类环境中最常见的细菌生活方式。这些多细胞社区的有组织结构通常保护细菌细胞免受外部挑战，从而增强其抗生素或消毒剂治疗的生存能力。为此，寻找新的抗菌膜策略是一个积极的研究领域。在这种情况下，已提出噬菌体（感染细菌的病毒）及其衍生蛋白作为消除生物膜的有希望的替代物。例如，内溶素可降解肽聚糖，并最终裂解靶细菌细胞。然而，表征暴露于这些化合物的细菌细胞的反应以改进基于噬菌体的抗微生物策略的设计是重要的。
如以前在Fernández等人（2017）中所描述的，开发该协议以检查暴露于内溶素处理的金黄色葡萄球菌生物膜细胞的转录反应。然而，它可能随后适用于分析其他微生物对不同抗菌剂的反应。
【背景】越来越清楚的是，亚抑制剂量的抗菌剂可能对目标微生物的不同表型具有调节作用，包括生物膜形成，代谢或毒力。因此，研究新化合物对低浓度靶细胞的潜在影响应该是发展过程的一部分。事实上，引发毒力因子或抗生素耐药决定簇产生的非常有效的抗菌剂可能不是治疗应用的良好候选者。另一方面，考虑到生物膜和浮游细胞之间的生理差异，应该对生物膜形成细胞分析新抗生物膜剂的作用似乎是合乎逻辑的。在这里，我们描述了一种协议，用于分析生物膜细胞在亚抑制浓度的内抑素浓度下的转录反应，噬菌体来源的蛋白质作为生物膜去除剂展现出巨大的前景。因此，通过RNA-seq将内溶素处理的细胞的转录组与对照细胞进行比较，并且后来通过RT-qPCR证实了所选基因的差异表达。 ...
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| A Modified Low-quantity RNA-Seq Method for Microbial Community and Diversity Analysis Using Small Subunit Ribosomal RNA
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] We propose a modified RNA-Seq method for small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA)-based microbial community analysis that depends on the direct ligation of a 5’ adaptor to RNA before reverse-transcription. The method requires only a low-input quantity of RNA (10-100 ng) and does not require a DNA removal step. Using this method, we could obtain more 16S rRNA sequences of the same regions (variable regions V1-V2) without the interference of DNA in order to analyze OTU (operational taxonomic unit)-based microbial communities and diversity. The generated SSU rRNA sequences are also suitable for the coverage evaluation for bacterial universal primer 8F (Escherichia coli position 8 to 27), which is commonly used for bacterial 16S rRNA gene amplification. The modified RNA-Seq method will ...
[摘要] 我们提出了一种用于小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）的微生物群落分析的经修改的RNA-Seq方法，其依赖于在逆转录之前将5'衔接子直接连接至RNA。 该方法仅需要低输入量的RNA（10-100ng），并且不需要DNA去除步骤。 使用这种方法，我们可以在不受DNA干扰的情况下获得相同区域（可变区V1-V2）的更多16S rRNA序列，以便分析OTU（经营分类单元）的微生物群落和多样性。 所产生的SSU rRNA序列也适用于通常用于细菌16S rRNA基因扩增的细菌通用引物8F（大肠杆菌8至27位）的覆盖度评估。 修改的RNA-Seq方法将有助于确定各种环境样品的潜在活性微生物群落结构和多样性，并且还可用于鉴定新型微生物类群。
【背景】核糖体RNA（rRNA）占总微生物RNA的90％以上，适合微生物群落分析作为合成蛋白质的微生物生理活性指标（Blazewicz et。，2013年）。微生物群落转录物（包括rRNA和mRNA）在特定环境（双RNA转录组学）中的研究在提供微生物功能和分类信息方面具有优势（Urich等人，2008年）未能进行基于OTU的社区比较。尽管当分析凝胶提取的SSU rRNA时，可以使用16S rRNA序列的V3区来计算和比较多样性指数，但是发现仅有三分之一的所得16S ...
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