| Methylation-sensitive Amplified Polymorphism as a Tool to Analyze Wild Potato Hybrids
|
|
Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] Methylation-Sensitive Amplification Polymorphism (MSAP) is a versatile marker for analyzing DNA methylation patterns in non-model species. The implementation of this technique does not require a reference genome and makes it possible to determine the methylation status of hundreds of anonymous loci distributed throughout the genome. In addition, the inheritance of specific methylation patterns can be studied. Here, we present a protocol for analyzing DNA methylation patterns through MSAP markers in potato interspecific hybrids and their parental genotypes.
[摘要] [摘要]甲基化敏感扩增多态性(MSAP)是一种用于分析非模型物种DNA甲基化模式的多功能标记。这种技术的实施不需要参考基因组，并且可以确定分布在整个基因组中的数百个匿名位点的甲基化状态。此外，特定甲基化模式的遗传可以被研究。在这里，我们提出了通过MSAP标记分析马铃薯种间杂交种及其亲本基因型的DNA甲基化模式的协议。
[背景]核苷酸序列并不是基因组信息的唯一形式，DNA甲基化、组蛋白、修改DNA上的组蛋白和核苷酸残基的酶，甚至RNA，都会影响基因的活动，并为细胞提供另一层指令。DNA甲基化、组蛋白、修改组蛋白的酶和DNA上的核苷酸残基，甚至RNA，都会影响基因活动，并为细胞提供另一层指令。表观遗传学变化，也称为表观遗传，可以遗传，并具有重要的表型后果。在植物中，甲基化反应将胞嘧啶残基修饰成5-甲基胞嘧啶。这种表观遗传机制对于维持基因组的完整性是至关重要的，并有助于调节基因在发育过程中的表达以及对生物和非生物胁迫的反应。此外，DNA甲基化的变化是由杂交和多倍体化等基因组冲击引发的，这是植物进化过程中的两个重要现象（Cara et al., 2019)。
有各种不同的方法来研究DNA甲基化的变化。可以使用高效液相色谱法(HPLC)评估全局性的胞嘧啶甲基化，这种分析方法可以量化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶，并计算基因组中甲基化残基的百分比。对于研究基因组上特定位置的DNA甲基化，可以提到两种选择。一种是使用对限制性位点胞嘧啶甲基化具有不同敏感性的异构体。例如，甲基化敏感扩增多态性(MSAP)标记表征来自随机基因组DNA的匿名5′-CCGG序列处的甲基化模式。这是对原始AFLP协议的改编(Voset ...
|
|
|
| Precision Tagging: A Novel Seamless Protein Tagging by Combinational Use of Type II and Type IIS Restriction Endonucleases
|
|
Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Protein tagging is a powerful tool for performing comprehensive analyses of the biological functions of a protein of interest owing to the existence of a wide variety of tags. It becomes indispensable in some cases, such as in tracking protein dynamics in a live cell or adding a peptide epitope due to the lack of optimal antibodies. However, efficiently integrating an array of tags into the gene of interest remains a challenge. Traditional DNA recombinant technology based on type II restriction endonucleases renders protein tagging tedious and inefficient as well as the introduction of an unwanted junction sequence. In our attempt to tag Thrombospondin type 1 domain-containing 1 (THSD1) that we identified as the first intracranial aneurysm gene (Santiago-Sim et al., 2016), we ...
[摘要] 由于各种标签的存在，蛋白质标签是一种对感兴趣的蛋白质的生物学功能进行全面分析的有力工具。在某些情况下，例如跟踪活细胞中的蛋白质动态变化或由于缺乏最佳抗体而添加肽表位，这变得不可或缺。然而，将一系列标签有效地整合到感兴趣的基因中仍然是一个挑战。基于II型限制性内切核酸酶的传统DNA重组技术使得蛋白质标记繁琐且效率低下以及引入不需要的连接序列。我们试图标记我们确定为第一个颅内动脉瘤基因的血小板反应蛋白1型结构域1（THSD1）（Santiago-Sim等人，2016），我们开发了一种新型精确标记技术，组合使用II型和IIS限制性核酸内切酶（Xu等人，2017），其产生高效率的无缝克隆。在这里，我们描述了一个协议，不仅为任何感兴趣的基因提供了一个广义的策略，而且还将THSD1中的11个不同标签的应用作为一个循序渐进的例子。
【背景】具有不同特征的多功能标签可以作为一组分析蛋白质功能的工具。诸如绿色荧光蛋白（GFP）标签及其衍生物，串联亲和纯化标签（如FLAG-HA或ProtA-CBP）的各种标签多年来革新了生物学研究。一些新开发的化学标签，如SNAP或CLIP，允许以时间控制的方式有条件地标记感兴趣的蛋白质（Bodor等人，2012）。然而，有效地将尽可能多的不同标签整合到感兴趣的基因中的方法发展不足。
传统的DNA重组利用识别回文序列的II型限制性内切核酸酶。例如，Eco ...
|
|
|
| Oral Microbiome Characterization in Murine Models
|
|
Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] The oral microbiome has been implicated as a trigger for immune responsiveness in the oral cavity, particularly in the setting of the inflammatory disease periodontitis. The protocol presented here is aimed at characterizing the oral microbiome in murine models at steady state and during perturbations of immunity or physiology. Herein, we describe murine oral microbiome sampling procedures, processing of low biomass samples and subsequent microbiome characterization based on 16S rRNA gene sequencing.
[摘要] 口腔微生物组被认为是口腔免疫应答的触发因素，特别是在炎性疾病牙周炎的形成中。 这里提出的协议旨在描述在稳定状态和扰动免疫或生理学的小鼠模型中的口腔微生物群。 在此，我们描述了鼠类口腔微生物群落取样程序，低生物量样品的处理和随后的基于16S rRNA基因测序的微生物群鉴定。
【背景】微生物组在调节组织特异性免疫应答（特别是在屏障部位）中起关键作用（Belkaid和Harrison，2017）。在这些屏障环境中，例如胃肠道和皮肤，选择的共生物显示能够驱动特定免疫细胞群体的发育（Ivanov等人，2009; Naik等人。，2012）。我们的工作最近开始探索口腔微生物组在剪裁组织免疫力方面的影响，尤其是在牙龈处，一个脆弱的口腔屏障部位（Abusleme和Moutsopoulos，2016; Dutzan等人，2017）。
在人类中，众所周知口腔中含有丰富多样的微生物（Human Microbiome Project，2012）。口腔微生物群落的改变与常见的口腔疾病，牙周炎（一种影响牙龈组织并导致组织损伤的炎症）有关（Griffen等人，2012; Abusleme等人。，2013; Moutsopoulos et al 。，2015）。迄今为止，动物模型已经有助于解决微生物组在各种生理和病理条件中的作用（Turnbaugh等人，2006; ...
|
|
|