| Electrophoretic Mobility Shift Assay of in vitro Phosphorylated RNA Polymerase II Carboxyl-terminal Domain Substrates
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Author:
Date:
2020-06-20
[Abstract] Eukaryotic RNA polymerase II transcribes all protein-coding mRNAs and is highly regulated. A key mechanism directing RNA polymerase II and facilitating the co-transcriptional processing of mRNAs is the phosphorylation of its highly repetitive carboxyl-terminal domain (CTD) of its largest subunit, RPB1, at specific residues. A variety of techniques exist to identify and quantify the degree of CTD phosphorylation, including phosphorylation-specific antibodies and mass spectrometry. Electrophoretic mobility shift assays (EMSAs) have been utilized since the discovery of CTD phosphorylation and continue to represent a simple, direct, and widely applicable approach for qualitatively monitoring CTD phosphorylation. We present a standardized method for EMSA analysis of recombinant GST-CTD ...
[摘要] [摘要 ] 真核RNA聚合酶II转录所有编码蛋白质的mRNA，并且受到高度调节。指导RNA聚合酶II并促进mRNA的共转录加工的关键机制是其高度重复的羧基末端结构域（CTD）的磷酸化。最大的亚基RPB1位于特定残基。存在多种鉴定和定量CTD磷酸化程度的技术，包括磷酸化特异性抗体和质谱法。自发现CTD磷酸化和本文提出了一种标准化的方法，用于EMSA分析被多种CTD激酶磷酸化的重组GST-CTD底物的EMSA方法，以及在变性/还原和还原条件下分析样品的策略。提供了半本地条件。此方法表示简单，直接，以及使用分子生物学实验室通用的设备监测重组底物中CTD磷酸化的可重现方法，该设备可轻松应用于下游分析，包括免疫印迹和质谱分析。
[背景 ] 真核生物RNA聚合酶II（RNAPII）产生所有蛋白质编码的mRNA，小核，小核仁，和许多微小RNA （杰罗尼莫等，2013;梅菲尔德。等，2016） 。各种机制中规范RNAPII活动要赋予特异性基因表达和促进生物处理工艺。在这些是直接翻译后修饰中RNAPII自己在形式的磷酸化（梅菲尔德等，2016） ，脯氨酰异构（梅菲尔德等，2015） ，甲基化（迪亚斯等人，2015年）和乙酰化（交银施罗德等，2013） 。一些研究最多的修饰是磷酸化的C端结构域RNAPII最大的亚基RPB1中（CTD） ...
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| Molecular Size Analysis of Recombinant Importin-histone Complexes Using Analytical Ultracentrifugation
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Author:
Date:
2020-05-20
[Abstract] Histones constitute the protein components of nucleosomes. Despite their small sizes, histones do not diffuse through the nuclear pore complex. Instead, they are transported to the nucleus by importins, either alone or in complex with histone chaperones. Determining the molecular size of the importin-histone complexes is key to understanding the mechanism of histone transport and also the potential roles of importins as histone chaperones and in the assembly of nucleosomes. Here we report a simple and reproducible sedimentation-velocity based method to determine the molecular sizes of importin-histone complexes using analytical ultracentrifugation. The method does not use any reporter tags or interaction with column resin thereby analyzing the interactions of the native proteins.
[摘要] [摘要] 组蛋白构成核小体的蛋白质成分。尽管其尺寸很小，但组蛋白不会通过核孔复合物扩散。取而代之的是，它们单独或与组蛋白分子伴侣复合地被重要蛋白转运至细胞核。确定importin-histone复合物的分子大小是理解组蛋白转运机制的关键，也是importins作为组蛋白伴侣和在核小体组装中的潜在作用的关键。在这里，我们报告了一种简单且可重现的沉降速度为基础的方法，该方法使用分析超速离心法来确定importin-histone配合物的分子大小。该方法不使用任何报告子标签或与色谱柱树脂的相互作用，从而分析了天然蛋白质的相互作用。
[背景] 核小体是真核染色质的最基本的结构和功能单元。组蛋白H2A，H2B，H3和H 4是核小体的蛋白质成分。每个核包括147个碱基的DNA wrapp的对编绕Ñ H3-H4四聚体和H2A-H2B二聚体的两个拷贝（Luger的等人，1997年一）。像细胞中的其他蛋白质一样，组蛋白在细胞质中合成。然而，核小体组装在核中。尽管它们的小尺寸（单体是10-15 kDa）的，组蛋白不通过核孔复合物扩散，而是可以单独使用或在复合物与由组蛋白importins伴侣输送要么（约翰逊-SAL IBA 等人，2000 ; Baake 等等人，2001；Mosammaparast 等人，2001，2002a和2002b；Muhlhausser ...
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| Preparation, Stimulation and Other Uses of Adult Rat Brain Synaptosomes
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] In this paper, our protocol for preparation of brain synaptosomes is described. Synaptosomes are a valuable model system for analysis of structural components of the synapse as well as for investigation of synaptic function. Synaptosomal preparations are necessary for understanding molecular changes at synapses where critical post-translational modifications of synaptic proteins may occur. Not only are synaptosomes rich in synaptic proteins, but they can be used for analyzing uptake of neurotransmitters into synaptic vesicles and for analysis of the involvement of neurotransmitter synthesis and release. Synaptosomes can be stimulated with increased calcium influx to release neurotransmitters. Synaptosomal preparations have been used in characterizing calcium dependent phosphorylation and ...
[摘要] 在这篇论文中，我们描述了制备脑突触体的方案。突触体是用于分析突触的结构组分以及用于调查突触功能的有价值的模型系统。突触体制备对于理解可能发生突触蛋白的关键翻译后修饰的突触处的分子变化是必需的。突触小体不仅含有丰富的突触蛋白，还可用于分析神经递质向突触小泡的摄取和神经递质合成和释放的参与分析。可以用增加的钙内流刺激突触体释放神经递质。突触体制剂已被用于表征钙依赖性磷酸化和GABA合成酶GAD65（分子量为65kDa的L-谷氨酸脱羧酶）的活化。通过检查从突触体制剂获得的突触小泡膜上的蛋白质复合物，可以表征GAD65在GABA囊泡释放的偶联合成和囊泡摄取中的作用，这最终导致GABA囊泡释放GABA能神经传递的微调方法。
【背景】突触体制备方法在40多年前在神经科学研究实验室中建立，并且在涉及神经递质释放相关的细胞外钾升高以及对细胞内钙增加的应答方面具有极大的价值。除了阐明神经递质释放的过程之外，突触体制剂已经成为突触囊泡的有价值的来源。关于突触小泡的研究已经被用于表征参与偶联的神经递质合成和囊泡释放的蛋白质组分。突触体制剂作为突触囊泡分离的中间体也是非常有价值的，然后根据位于包含神经递质合成酶的囊泡膜上的蛋白质复合物进行分析。在这方面关键的意义在于包括CSP（胱氨酸 - ...
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