| Extraction of RNA from Recalcitrant Tree Species Paulownia elongata
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Isolation of pure RNA is the basic requisite for most molecular biology work. Plants contain polyphenols and polysaccharides, which can interfere with isolation of pure RNA from them. Especially hardwood tree species like Paulownia elongata have surplus amount of RNA-binding alkaloids, proteins and secondary metabolites that can further complicate the process of RNA extraction. Paulownia elongata is a fast-growing tree species which is known for its role in environmental adaptability and biofuel research. Here we describe an economical, efficient and time-saving method (2 h) to extract RNA from leaf tissues of the tree Paulownia elongata. Lack of DNA contamination and good RNA integrity were confirmed using RNA Gel electrophoresis. The purity of RNA was ...
[摘要] 纯RNA的分离是大多数分子生物学工作的基本要求。植物含有多酚和多糖，它们可以干扰从它们中分离纯RNA。特别是像泡桐（Paulownia elongata）这样的硬木树种具有过量的RNA结合生物碱，蛋白质和次级代谢物，这些可以进一步使RNA提取过程复杂化。 泡桐（Paulownia elongata）是一种快速生长的树种，以其在环境适应性和生物燃料研究中的作用而闻名。在这里，我们描述了一种经济，有效和省时的方法（2小时）从树的叶组织中提取RNA 泡桐（Paulownia elongata）。使用RNA凝胶电泳证实缺乏DNA污染和良好的RNA完整性。使用Nanodrop分光光度计确认RNA的纯度，其显示A 260 ：A 280 比率为约2.0。纯化的RNA成功用于下游应用，例如RT-PCR（逆转录PCR）和qPCR（定量PCR）。该方法可用于从其他几种顽拗型树种中提取RNA。
【背景】泡桐是一种广泛分布的树，属于泡桐科（Zhu et al。，1986）。它以其高适应性和快速增长率而闻名（Chaires et al。，2017）。由于其高稳定性，低导热性，腐烂和腐烂抗性等，泡桐木材正在受到来自世界各地的需求。（Ayrilmis和Kaymakci，2013）。除此之外， P.还已知细菌对各种生物和非生物胁迫具有耐受性（Chaires et ...
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| Phenol-based Extraction of RNA from Chlamydomonas reinhardtii
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] RNA extraction is a basic procedure in molecular biology and a wide variety of commercial kits are available. Some of these kits have been successfully used in Chlamydomonas. However, in some cases RNA quality and quantity may be dramatically reduced depending on the strains and/or the conditions where cells were grown or treated. Phenol-based protocols are the most robust methods to obtain both high quantity and quality RNA from any strain of this alga grown in any condition. Here, we describe an easy and cheap protocol using phenol but avoiding the acute toxicity of guanidine isothiocyanate present in the commercial phenol-based mixtures.
[摘要] RNA提取是分子生物学中的基本程序，并且可获得各种商业试剂盒。 其中一些试剂盒已成功用于 Chlamydomonas 。 然而，在一些情况下，取决于菌株和/或细胞生长或处理的条件，RNA质量和数量可以显着降低。 基于苯酚的方案是从任何条件下生长的这种藻类的任何菌株获得高数量和高质量RNA的最稳健的方法。 在这里，我们描述了使用苯酚的简单且廉价的方案，但避免了商业苯酚基混合物中存在的异硫氰酸胍的急性毒性。
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| Isolation of Nuclei in Tagged Cell Types (INTACT), RNA Extraction and Ribosomal RNA Degradation to Prepare Material for RNA-Seq
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Gene expression is dynamically regulated on many levels, including chromatin accessibility and transcription. In order to study these nuclear regulatory events, we describe our method to purify nuclei with Isolation of Nuclei in TAgged Cell Types (INTACT). As nuclear RNA is low in polyadenylated transcripts and conventional pulldown methods would not capture non-polyadenylated pre-mRNA, we also present our method to remove ribosomal RNA from the total nuclear RNA in preparation for nuclear RNA-Seq.
[摘要] 基因表达在多个水平上动态调节，包括染色质可及性和转录。 为了研究这些核调节事件，我们描述了我们用净化细胞核（INTACT）纯化细胞核的方法。 由于核RNA在聚腺苷酸化转录物中低并且常规下拉方法不会捕获非聚腺苷酸化前mRNA，所以我们还提出了我们的方法以从核RNA总RNA中去除核糖体RNA以准备核RNA-Seq。
【背景】分离用于基因表达实验的特定细胞类型降低了噪音并提高了实验的精确度和发现的不同表达基因的数量。用于细胞类型特异性研究的各种方法被广泛使用，每种方法都有其优点和缺点（Bailey-Serres，2013年综述）。分离特定的调控区室，如细胞核（来自细胞器，核糖体，细胞质，等等）可以进一步精确解析调控基因表达的分子事件。在这里，我们描述了一种方法，可以从冷冻组织中分离特定细胞类型的细胞核，适用于研究核基因表达的实验（例如，核RNA的RNA-Seq，ATAC-Seq，ChIP -Seq，等。）。此外，我们描述了RNA的处理，导致材料适合作为RNA-Seq实验的输入。这里描述的方案与水稻根组织（日本野生稻栽培品种日本晴）（Reynoso等人，2018年）一起使用，但是它们基于以前开发的方案， （拟订和Henikoff，2010年和2011年）和番茄（罗恩等人，2014年）。
该协议的第一部分，INTACT方法（用于标记特定细胞类型的核的分离）允许体内亲和标记和随后从感兴趣的细胞类型中纯化细胞核。这是通过由包膜靶向结构域，GFP和生物素连接酶识别肽（BLRP）组成的三联核标签融合蛋白（NTF）的细胞类型特异性表达实现的。 ...
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