| Viral Double-Stranded RNA Detection by DNase I and Nuclease S1 digestions in Leishmania parasites
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Author:
Date:
2020-05-05
[Abstract] Many RNA viruses are found in protozoan parasites. They can be responsible for more serious pathology or treatment failure. For the detection of viral double-stranded RNA (dsRNA), sequence-dependent and -independent methods are available, such as quantitative real-time PCR and immunofluorescence, dot blot, ELISA or sequencing. The technique presented here is sequence-independent and is well detailed in the following protocol, taking the example of Leishmania RNA virus (LRV) in Leishmania guyanensis (Lgy) species. To summarise, the protocol is divided into four major steps: RNA extraction from the parasites, RNA purification, enzymatic digestions with DNase I and Nuclease S1, and visualization by gel electrophoresis. This method can be used to detect other viral ...
[摘要] [摘要 ] 原生动物寄生虫中发现了许多RNA病毒，它们可能导致更严重的病理或治疗失败。对于病毒双链RNA（dsRNA）的检测，有序列依赖性和非依赖性方法，例如定量实时PCR和免疫荧光，斑点印迹，ELISA或测序。此处介绍的技术是与序列无关的，并且在以下协议中进行了详细说明，以利什曼原虫（Legymania guyanensis）（Lgy ）中的利什曼原虫RNA病毒（LRV）为例 概括地说，该协议分为四个主要步骤：从寄生虫中提取RNA，RNA纯化，使用DNase I和Nuclease S1进行图解消化以及通过凝胶电泳进行可视化。该方法可用于检测其他病毒dsRNA它提供了一个额外的工具，可以对先前引用的其他技术进行补充，并且很容易实现。
[背景 ] 广泛的多样性RNA病毒中存在的原生动物寄生虫一直都有详细记载（王和王，1991;戈什等人，2011;桑戈等人。2014;碱液等人，2016年Akopyants 等人2016 ; Fernandez- Presas 等人，2017; Grybchuk 。等人。，2018）。此外，这些病毒已经被描述为潜在的毒力因子（Fichorova 等人，2013; EL- Gayar 。等人，2016; 拉特等。，2019）特别值得注意的，存在的内共生体。利什曼原虫RNA病毒（LRV），A ...
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| Macrophage Survival Assay Using High Content Microscopy
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Date:
2017-08-20
[Abstract] Macrophages maintain tissue homoeostasis by regulating inflammation and tissue repair mechanisms. Thus, the fate of macrophages has an impact on the state of the tissue. The aim of this protocol is to quantify macrophage survival using high content microscopy and image processing software. Here, we describe a high-content image based protocol to assess the effect of diverse stimuli in combination with pharmacological treatments on macrophage survival in a quantitative, unbiased and high-throughput manner.
[摘要] 巨噬细胞通过调节炎症和组织修复机制来维持组织均匀平衡。 因此，巨噬细胞的命运对组织的状态有影响。 该方案的目的是使用高含量显微镜和图像处理软件来量化巨噬细胞存活。 在这里，我们描述了一种基于高含量图像的方案，以定量，无偏差和高通量方式评估不同刺激与药理学治疗对巨噬细胞存活的影响。
【背景】巨噬细胞是吞噬先天免疫细胞，是组织炎症的主要驱动因素（Medzhitov，2008）。 这些细胞与自身免疫，自身炎症，感染性，神经变性和代谢性疾病一起与癌症相关（Ginhoux和Jung，2014）。 在这种情况下，巨噬细胞在炎症中的作用得到了很好的研究，然而，非传染性和感染性疾病中巨噬细胞存活的影响在很大程度上是未知的。 我们的研究表明，某些病原体相关受体（PRR）的激活可以诱导巨噬细胞存活（Eren等，2016）。 我们描述了一种分子机制，证明专门的细胞内病原体如何利用PRR诱导的细胞存活（Eren等，2016）。 因此，需要进一步的研究来了解巨噬细胞存活在不同疾病环境中的作用。
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| Individual-nucleotide-resolution UV Cross-linking and Immunoprecipitation (iCLIP) of UPF1
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2014-04-05
[Abstract] The fate of mRNA, in particular its stability, localization and rate of translation is regulated by RNA binding proteins assembling to messenger ribonucleoprotein (mRNP) complexes. To investigate the transcriptome-wide RNA binding sites of UPF1, the core factor of nonsense-mediated mRNA decay (NMD), we performed individual-nucleotide-resolution UV cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP) (Zund et al., 2013) followed by high-throughput sequencing. The presented protocol is optimized to investigate the RNA-binding sites of UPF1 and is based on previously described studies (Konig et al., 2010; Konig et al., 2011; Hafner et al., 2010). We want to thank the Group of Mihaela Zavolan (Swiss Institute of Bioinformatics, Basel, Switzerland) and Jernej Ule ...
[摘要] mRNA的命运，特别是其稳定性，定位和翻译速率由装配到信使核糖核蛋白（mRNP）复合物的RNA结合蛋白调节。 为了研究无义介导的mRNA衰变（NMD）的核心因子UPF1的转录组范围的RNA结合位点，我们进行单个核苷酸分辨率的UV交联和免疫沉淀（iCLIP）（Zund等，/em>，2013），然后进行高通量测序。 优化所提出的方案以研究UPF1的RNA结合位点并且基于先前描述的研究（Konig等人，2010; Konig等人，2011; Hafner等人，2010）。 我们要感谢Mihaela Zavolan（瑞士巴塞尔瑞士生物信息学研究所）和Jernej Ule（英国剑桥的分子生物学医学研究委员会实验室）组织这些实验的技术支持。
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