| In vitro Osteoclastogenesis Assays Using Primary Mouse Bone Marrow Cells
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Osteoclasts are a group of bone-absorbing cells to degenerate bone matrix and play pivotal roles in bone growth and homeostasis. The unbalanced induction of osteoclast differentiation (osteoclastogenesis) in pathological conditions, such as osteoporosis, arthritis and skeleton metastasis of cancer, causes great pain, bone fracture, hypercalcemia or even death to patients. In vitro osteoclastogenesis analysis is useful to better understand osteoclast formation in physiological and pathological conditions. Here we summarized an easy-to-follow osteoclastogenesis protocol, which is suitable to evaluate the effect of different factors (cytokines, small molecular chemicals and conditioned medium from cell culture) on osteoclast differentiation using primary murine bone marrow cells.
[摘要] 破骨细胞是一组骨吸收细胞，用于退化骨基质并在骨生长和体内平衡中发挥关键作用。 在诸如骨质疏松症，关节炎和癌症骨骼转移等病理状态下破骨细胞分化（破骨细胞生成）的不平衡诱导会导致严重疼痛，骨折，高钙血症或甚至导致患者死亡。 体外破骨细胞生成分析对于更好地理解生理和病理条件下的破骨细胞形成是有用的。 在这里，我们总结了一种易于遵循的破骨细胞生成方案，其适用于评估不同因素（细胞因子，小分子化学物质和来自细胞培养物的条件培养基）对使用原代鼠骨髓细胞的破骨细胞分化的影响。
【背景】骨骼在生命周期内通过连续且良好控制的吸光度和骨量形成来维持。在骨腔中，这两种活性中的每一种都是通过特定的细胞类型进行的：骨形成性成骨细胞和骨降解性破骨细胞。成骨细胞和破骨细胞分别来自骨驻留间充质细胞和造血谱系祖细胞。造血系统骨髓祖细胞分化为成熟破骨细胞主要受核因子-κB配体受体激活因子（RANKL，由TNFSF11编码）和巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF，由< ）来自成骨细胞及其祖细胞（suda et al。 ，1999）。与其他细胞不同，破骨细胞通过融合一定数量的祖细胞而分化（boyle等人，2003）。因此，成熟破骨细胞的关键组织学特征是它们的多个核。成熟后，破骨细胞能够通过产生酸化的微环境来溶解主要由磷酸钙组成的骨质以及蛋白酶以降解细胞外基质（boyle等人，2003），从而能够骨吸收。溶解的骨基质释放成骨细胞使用的隔离生长因子以扩大其人群（kassem和bianco，2015）。成骨细胞和破骨细胞之间的这种相互作用确保了协调的骨形成和 - 退化活性，其在包括骨质疏松症，关节炎和癌症骨转移的过多疾病中失调（rodan和martin，2000; raisz，2005; gupta和massague ，2006）。根据之前的文献（lu等人，2009; wang等人，2014; zhuang等人，2017），在此我们描述使用原代鼠骨髓细胞进行体外破骨细胞发生试验的逐步方案，其允许研究广泛范围的因子/条件（例如细胞因子和条件培养基）对破骨细胞的影响分化。 ）来自成骨细胞及其祖细胞（suda="" et="" al。="" ，1999）。与其他细胞不同，破骨细胞通过融合一定数量的祖细胞而分化（boyle等人，2003）。因此，成熟破骨细胞的关键组织学特征是它们的多个核。成熟后，破骨细胞能够通过产生酸化的微环境来溶解主要由磷酸钙组成的骨质以及蛋白酶以降解细胞外基质（boyle等人，2003），从而能够骨吸收。溶解的骨基质释放成骨细胞使用的隔离生长因子以扩大其人群（kassem和bianco，2015）。成骨细胞和破骨细胞之间的这种相互作用确保了协调的骨形成和="" -="" 退化活性，其在包括骨质疏松症，关节炎和癌症骨转移的过多疾病中失调（rodan和martin，2000;="" raisz，2005;="" gupta和massague="" ，2006）。根据之前的文献（lu等人，2009;="" wang等人，2014;=""> ...
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| RNA Cap Methyltransferase Activity Assay
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Methyltransferases that methylate the guanine-N7 position of the mRNA 5’ cap structure are ubiquitous among eukaryotes and commonly encoded by viruses. Here we provide a detailed protocol for the biochemical analysis of RNA cap methyltransferase activity of biological samples. This assay involves incubation of cap-methyltransferase-containing samples with a [32P]G-capped RNA substrate and S-adenosylmethionine (SAM) to produce RNAs with N7-methylated caps. The extent of cap methylation is then determined by P1 nuclease digestion, thin-layer chromatography (TLC), and phosphorimaging. The protocol described here includes additional steps for generating the [32P]G-capped RNA substrate and for preparing nuclear and cytoplasmic extracts from mammalian cells. This assay is ...
[摘要] 甲基化mRNA 5'帽结构的鸟嘌呤-N7位置的甲基转移酶在真核生物中普遍存在并且通常由病毒编码。这里我们提供生物样品的RNA帽甲基转移酶活性的生化分析的详细方案。该测定包括将含有帽 - 甲基转移酶的样品与[32 P] G-加帽的RNA底物和S-腺苷甲硫氨酸（SAM）温育以产生具有N7-甲基化帽的RNA。然后通过P1核酸酶消化，薄层色谱（TLC）和磷成像确定帽甲基化的程度。此处描述的方案包括用于产生[32 P] G-加帽的RNA底物和用于从哺乳动物细胞制备核和细胞质提取物的附加步骤。该分析也适用于分析其他生物样品（包括重组蛋白制剂和来自分析分离和免疫沉淀/下拉实验的级分）的帽甲基转移酶活性。
【背景】mRNA的5'端的N7-甲基鸟苷帽是适当的真核mRNA加工，定位和翻译所必需的修饰。 ...
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| Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry of Oxygen Sensitive Proteins
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The protocol detailed here describes a way to perform hydrogen deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HDX-MS) on oxygen sensitive proteins. HDX-MS is a powerful tool for studying the protein structure-function relationship. Applying this technique to anaerobic proteins provides insight into the mechanism of proteins that perform oxygen sensitive chemistry. A problem when using HDX-MS to study anaerobic proteins is that there are many parts that require constant movement into and out of an anaerobic chamber. This can affect the seal, increasing the likelihood of oxygen exposure. Exposure to oxygen causes the cofactors bound to these proteins, a common example being FeS clusters, to no longer interact with the amino acid residues responsible for coordinating the FeS clusters, ...
[摘要] 本文详述的方案描述了一种在氧敏感蛋白质上进行氢氘交换偶联质谱（HDX-MS）的方法。 HDX-MS是研究蛋白质结构 - 功能关系的强大工具。将这种技术应用于厌氧蛋白质可以深入了解执行氧敏化学的蛋白质的机制。使用HDX-MS研究厌氧蛋白时的一个问题是，有许多部分需要不断运动进出厌氧室。这会影响密封，增加氧气暴露的可能性。暴露于氧气使得与这些蛋白质结合的辅因子（一个常见的例子是FeS簇）不再与负责配位FeS簇的氨基酸残基相互作用，造成簇的丢失和蛋白质的不可逆失活。为了解决这个问题，开发了一种双瓶系统，可以厌氧地制备溶液和反应混合物，但也可以将这些溶液转移到有氧环境中，同时屏蔽溶液中的氧气。此外，运动不受限制，就像厌氧室一样，确保更一致的数据，并在反应过程中减少错误。
【背景】许多氧敏感蛋白质是生物在缺氧环境中繁殖所必需的。这些蛋白质中的一些通过被称为基于黄素的电子分叉（FBEB）（Lubner等，2017）的方法向厌氧微生物提供替代的能量供应。 FBEB产生还原型铁氧还蛋白，可被氧化产生能量。能够降低铁氧还蛋白的蛋白质引起了极大的兴趣，并且一直是最近使用HDX-MS研究的重点（Demmer et al。，2016; Lubner 等人）， 2017; Berry等人，2018）。 ...
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