| Plant Assays for Quantifying Ralstonia solanacearum Virulence
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Virulence assays are powerful tools to study microbial pathogenesis in vivo. Good assays track disease development and, coupled with targeted mutagenesis, can identify pathogen virulence factors. Disease development in plants is extremely sensitive to environmental factors such as temperature, atmospheric humidity, and soil water level, so it can be challenging to standardize conditions to achieve consistent results. Here, we present optimized and validated experimental conditions and analysis methods for nine assays that measure specific aspects of virulence in the phytopathogenic bacterium Ralstonia solanacearum, using tomato as the model host plant.
[摘要] 毒力测定是研究体内微生物发病机制的有力工具。 良好的分析跟踪疾病发展，并结合定向诱变，可以识别病原体毒力因子。 植物的疾病发展对环境因素如温度，大气湿度和土壤水位极其敏感，因此标准化条件以获得一致的结果可能具有挑战性。 在这里，我们提出优化和验证的实验条件和分析方法的九个测定，测量植物病原细菌 Ralstonia solanacearum 的毒力的特定方面，使用番茄作为模型宿主植物。
【背景】 Ralstonia solanacearum 是一种土壤传播的细菌，在广泛的植物中引起细菌枯萎，并继续感染全球的新宿主（Hayward，1991; Elphinstone，2005; Wicker et al。 ，2007; Genin，2010; Weibel et al。，2016）。结果， R. solanacearum 是研究最深入的植物致病菌之一（Mansfield et al。，2012）。
R上。 solanacearum 可以长期存在于土壤或水库中（Alvarez et ...
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| Stationary-phase Mutagenesis Soft-agar Overlay Assays in Bacillus subtilis
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Elucidating how a population of non-growing bacteria generates mutations improves our understanding of phenomena like antibiotic resistance, bacterial pathogenesis, genetic diversity and evolution. To evaluate mutations that occur in nutritionally stressed non-growing bacteria, we have employed the strain B. subtilis YB955, which measures the reversions rates to the chromosomal auxotrophies hisC952, metB5 and leuC427 (Sung and Yasbin, 2002). This gain-of-function system has successfully allowed establishing the role played by repair systems and transcriptional factors in stress-associated mutagenesis (SPM) (Barajas-Ornelas et al., 2014; Gómez-Marroquín et al., 2016). In a recent study (Castro-Cerritos et al., 2017), it was ...
[摘要] 阐明非增长细菌群体如何产生突变提高了我们对诸如抗生素抗性，细菌发病机理，遗传多样性和进化等现象的理解。为了评估在营养强调的非生长细菌中发生的突变，我们使用了菌株B。它们测量对染色体营养缺陷型hisC952，metB5和leuC427（Sung和Yasbin，2002）的逆转速率。这种功能获得性系统已成功地允许建立修复系统和转录因子在压力相关的诱变（SPM）中所起的作用（Barajas-Ornelas等人，2014;Gómez-Marroquín等。，2016）。在最近的研究（Castro-Cerritos等人，2017）中，发现核糖核苷酸还原酶（RNR）是SPM所必需的;这种酶在这种细菌中是必不可少的。我们设计了菌株B的条件性突变体。其中通过异丙基-β-D-硫代半乳糖吡喃糖苷（IPTG）（Castro-Cerritos等人，2017）调控了nrdEF操纵子的表达， 。确定在该条件突变体中在营养胁迫下确定三个基因（hisC952，metB5，leuC427）中的氨基酸原养型的突变频率的条件详细这里。这种技术可以用来评估重要基因在应激B发生的致突变过程中的参与。枯草杆菌细胞。
【背景】涉及DNA复制的大约270个基因，包括dnaA，dnaB，dnaC和nrdEF操纵子，它编码RNR，被认为是必不可少的。枯草芽孢杆菌生长（Kobayashi等人，2003）。在这里我们描述了一个协议，已被用来了解这种酶的作用调节事件诱变事件营养应激的非生长细菌菌株枯草芽孢杆菌YB955（emC952，emCecuC427， ...
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| Markerless Gene Editing in the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] The advent of single cell genomics and the continued use of metagenomic profiling in diverse environments has exponentially increased the known diversity of life. The recovered and assembled genomes predict physiology, consortium interactions and gene function, but experimental validation of metabolisms and molecular pathways requires more directed approaches. Gene function–and the correlation between phenotype and genotype is most obviously studied with genetics, and it is therefore critical to develop techniques permitting rapid and facile strain construction. Many new and candidate archaeal lineages have recently been discovered, but experimental, genetic access to archaeal genomes is currently limited to a few model organisms. The results obtained from manipulating the genomes of ...
[摘要] 单细胞基因组学的出现以及在不同环境中宏基因组分析的持续使用已经成倍地增加了已知的生命多样性。恢复和组装的基因组预测生理，财团相互作用和基因功能，但代谢和分子途径的实验验证需要更直接的方法。基因功能 - 表型和基因型之间的相关性用遗传学得到最明显的研究，因此开发允许快速和容易地构建应变的技术是至关重要的。最近已经发现了许多新的和候选的古细菌谱系，但是对古细菌基因组的实验性，遗传途径目前仅限于一些模式生物。操纵这些基因可获得的生物的基因组所获得的结果已经对我们对古菌生理和信息处理系统的理解产生了深远的影响，这些持续的研究也有助于解决生命树的系统发育重建。超嗜热，浮游，海洋异养古细菌Thermococcus kodakarensis已经成为理想的遗传系统，其具有一系列可用于增加或减少编码活性的技术或修饰基因在体内的表达 。我们在这里概述一些技术，可以快速，无标记地删除单个，或者重复删除几个连续的从 T的序列。 kodakarensis 基因组。我们的程序包括构建转化所必需的质粒DNA的细节，所述质粒DNA通过同源重组指导整合到基因组中，鉴定已经整合了质粒序列的菌株（称为中间菌株）和确认质粒切除，导致最终菌株中的目标基因。可以使用几乎相同的程序来修饰而不是删除基因组基因座。
【背景】古细菌常常在看起来荒凉和迅速变化的环境中繁衍生息。古菌基因组的分析揭示了大量的代谢策略，预测了复杂和高度相互依赖的基因表达的调控网络，并揭示了许多基因，其蛋白质和日益稳定的RNA产物缺乏确定的功能。通过遗传操作挑战现有的和定义新的途径的能力已经辅助了古细菌生理学和信息处理系统的去卷积，并且最近开放了古细菌物种到合成和系统级的方法来定义细胞内和细胞间网络。 ...
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