| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments or those between random fragments and (iv) quantifying the number of ligations events between pairs of genomic loci (de Wit and de Laat, 2012). In the original 3C protocol, ligation frequency was ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Glycogen and Extracellular Glucose Estimation from Cyanobacteria Synechocystis sp. PCC 6803
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] Cyanobacteria, which have the extraordinary ability to grow using sunlight and carbon dioxide, are emerging as a green host to produce value-added products. Exploitation of this highly promising host to make products may depend on the ability to modulate the glucose metabolic pathway; it is the key metabolic pathway that generates intermediates that feed many industrially important pathways. Thus, before cyanobacteria can be considered as a leading source to produce value-added products, we must understand the interaction between glucose metabolism and other important cellular activities such as photosynthesis and chlorophyll metabolism. Here we describe reproducible and reliable methods for measuring extracellular glucose and glycogen levels from cyanobacteria.
[摘要] 具有使用阳光和二氧化碳生长的非凡能力的蓝细菌正在成为生产高附加值产品的绿色主机。 利用这种非常有希望的宿主来制造产品可能取决于调节葡萄糖代谢途径的能力; 它是产生中间产物的关键代谢途径，这些中间产物为许多工业上重要的途径提供了饲料。 因此，在蓝藻被认为是生产增值产品的主要来源之前，我们必须了解葡萄糖代谢与其他重要细胞活动如光合作用和叶绿素代谢之间的相互作用。 在这里我们描述了测量蓝细菌细胞外葡萄糖和糖原水平的可重复和可靠的方法。
【背景】蓝藻在自然栖息地有一个明暗周期。有鉴于此，他们的新陈代谢主要集中在光合作用，卡尔文循环，糖酵解和TCA循环中，同时进行N-同化;碳以糖原形式储存。在黑暗中，糖原通过糖酵解和氧化磷酸戊糖（OPP）途径，TCA循环的氧化和还原分支以及C4循环代谢（Nagarajan et al。，2014）。因此，从黑暗转变为光照或光照转变为黑暗推动了代谢重新编程。
在实验室中，向培养基中添加葡萄糖也会影响蓝藻的代谢程序。例如，营养和环境条件影响蓝藻集胞藻如何代谢葡萄糖;在光合自养，异养和混合营养条件下，集胞藻代谢葡萄糖的方式不同。先前的研究报道，一些菌株的集胞藻是轻度依赖的并且耐受葡萄糖（Anderson和McIntosh，1991）。光激活异养生长（LAHG）条件的特征在于存在葡萄糖并且在黑暗中用白光或蓝光脉冲生长至少5-15分钟/天。然而，一些集胞蓝细菌葡萄糖不耐受，这意味着它们在黑暗中不能生长在葡萄糖存在下。总之，已经报道在集胞藻的培养基中加入葡萄糖会带来生理和代谢变化，如色素沉着（Ryu等人，2004），碳代谢（Lee等人，2007; ...
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| Chromatin Affinity Purification (ChAP) from Arabidopsis thaliana Rosette Leaves Using in vivo Biotinylation System
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Chromatin Affinity Purification (ChAP) is widely used to study chromatin architecture and protein complexes interacting with DNA. Here we present an efficient method for ChAP from Arabidopsis thaliana rosette leaves, in which in vivo biotinylation system is used. The chromatin is digested by Micrococcal Nuclease (MNase), hence the distribution of nucleosomes is also achieved. The in vivo biotinylation system was initially developed for Drosophila melanogaster (Mito et al., 2005), but the presented protocol has been developed specifically for Arabidopsis thaliana (Sura et al., 2017).
[摘要] 染色质亲和纯化（ChAP）被广泛用于研究染色质结构和与DNA相互作用的蛋白质复合物。 在这里，我们提出了一种有效的从拟南芥莲座叶中ChAP的方法，其中使用了体内生物素化系统。 染色质被Micrococcal核酸酶（MNase）消化，因此核小体的分布也被实现。 体内生物素化系统最初是为黑腹果蝇而开发的（Mito et al。2005），但是所提出的方案是专门为 拟南芥（Sura et。，2017）。
【背景】染色质免疫沉淀（ChIP）成为研究染色质结构和组织的最重要和最常用的技术之一。但是，它需要高质量的抗体，不会与非特异性靶标发生交叉反应。在含有细胞壁并富含光合作用相关化合物和蛋白质的植物中，这是相当难以实现的，这些化合物和蛋白质经常引起交叉反应性问题。另一方面，获得稳定的转基因生物是植物常规和容易的策略。由于这些原因，大多数植物研究人员选择基因标签，获得融合蛋白，并用ChIP替代方法即染色质亲和纯化（ChAP）来研究染色质。 ChAP技术已被证明在植物染色质研究中非常有效（Zentner和Henikoff，2014）。此外，它通常比经典ChIP便宜，因为它不需要产生抗体，并且通常比ChIP更有效，因为标签以比直接针对感兴趣的蛋白质产生的抗体更高的亲和力被识别。 ...
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