| A SsrA/NIa-based Strategy for Post-Translational Regulation of Protein Levels in Gram-negative Bacteria
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Author:
Date:
2020-07-20
[Abstract] Strategies to control the levels of key enzymes of bacterial metabolism are commonly based on the manipulation of gene of interest within the target pathway. The development of new protocols towards the manipulation of biochemical processes is still a major challenge in the field of metabolic engineering. On this background, the FENIX (functional engineering of SsrA/NIa-based flux control) system allows for the post-translational regulation of protein levels, providing both independent control of the steady-state protein amounts and inducible accumulation of target proteins. This strategy enables an extra layer of control over metabolic fluxes in bacterial cell factories (see Graphical abstract below). The protocol detailed here describes the steps needed to design FENIX-tagged ...
[摘要] [摘要 ] 控制细菌代谢关键酶水平的策略通常基于目标途径内目标基因的操纵。朝着生化过程的操纵发展新协议仍然是代谢工程领域的主要挑战。在此背景下，FENIX（基于SsrA / NIa的流量控制功能工程）系统可进行蛋白质水平的翻译后调节，既提供对稳态蛋白质量的独立控制，又可诱导焦油获得蛋白质的积累。这一战略ENABL 上课了代谢流和细菌细胞工厂控制的一个额外层（见图形抽象下文）。此处详细介绍的协议描述了设计FENIX标签的蛋白质并使系统适应几乎所有代谢通量微调途径的步骤。
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图形概要
[背景 ] 控制蛋白质生产已成为已被一个具有挑战性的问题主要是解决由操纵它的生产的不同层次的调节，如所产生的DNA水平或蛋白质的（一个或多个）的量（吴等人，2016 ; Avcilar- Kucukgoze 等人，2017）。在DNA方面，已经在几种微生物中广泛研究了转录和翻译，从而能够设计和开发大量合成电路以改善生物生产过程（Guzmán 等，1995 ； Lutz 和Bujard ，1997）。相比之下，对蛋白质水平的研究较少，主要基于RNA干扰，核糖调节剂和特定的转录调节子（Isaacs ...
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| Quantification of Root Colonizing Bacteria
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Here we describe a simple method to quantify the number of viable bacteria (e.g., Enterobacter sp. SA187) that colonize the root system of Arabidopsis thaliana.
[摘要] 在这里，我们描述了一种简单的方法来量化活菌的数量（例如， Enterobacter sp。SA187），它们定殖于拟南芥的根系。。
【背景】接种细菌对根的定殖是有益细菌与宿主植物之间相互作用的重要步骤。 肠杆菌 sp。 SA187是一种内生细菌，已从土着沙漠植物 Indigofera argentea 的根瘤中分离出来（Andrés-Barrao et al。，2017; Lafi et al。 ，2017）。 SA187在不同的非生物胁迫（如盐度，干旱或高温）下促进模式植物拟南芥的生长，证明了作为植物生长促进细菌（PGPR）用于提高非生物抗性和产量的重要潜力。干旱地区的农作物SA187可以定殖 A的根和芽。在½MS琼脂平板或土壤中的拟南芥（deZélicourt et al。，2018）。跟踪接种菌株SA187在非寄主植物 A上的命运。 thaliana ，我们应用了常规的培养依赖方法。该方案已成功用于抵抗 A的根和芽的细菌数量。拟南芥植物在不同的非生物胁迫下（deZélicourt et al。，2018）。
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| Using Light and Electron Microscopy to Estimate Structural Variation in Thylakoid Membranes
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] The shapes of chloroplasts and the architectures of internal thylakoid membranes are altered by growth and environmental changes (Lichtenthaler et al., 1981; Kutik, 1985; Terashima and Hikosaka, 1995). These morphological alterations proceed via transitional intermediates, during which dynamic and heterogeneous thylakoid membranes are observed in cells (Nozue et al., 2017). Light microscopy is useful for the detection of morphological differences in chloroplasts. The thylakoid architecture of such morphologically variable chloroplasts is confirmed by transmission electron microscopy (TEM). The method of monitoring structural variation by light microscopy in combination with electron microscopy is described.
[摘要] 叶绿体的形状和内部类囊体膜的结构被生长和环境变化所改变（Lichtenthaler等，1981; Kutik，1985; Terashima和Hikosaka，1995）。 这些形态改变经由过渡中间体进行，在此期间在细胞中观察到动态和非均匀的类囊体膜（Nozue等人，2017）。 光学显微镜可用于检测叶绿体中的形态差异。 透射电子显微镜（TEM）证实了这种形态变化的叶绿体的类囊体结构。 描述了用光学显微镜结合电子显微镜监测结构变化的方法。
【背景】已经提出了超结构形态学与类囊体膜中的光合作用和代谢途径的功能性偶联（Oswald等人，2001）。 这是由类囊体膜在叶成熟期间和从营养期向开花生长期转变期间的异质性支持的。 形态改变有一定的时间滞后（Nozue等人，2017）。 类囊体膜的重排与叶绿体形状的变化同时发生，叶绿体的形状从具有典型的细长透镜状外观变为通过光学显微镜可识别的肿胀外观。
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