| Characterizing the Transcriptional Effects of Endolysin Treatment on Established Biofilms of Staphylococcus aureus
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Biofilms are the most common lifestyle of bacteria in both natural and human environments. The organized structure of these multicellular communities generally protects bacterial cells from external challenges, thereby enhancing their ability to survive treatment with antibiotics or disinfectants. For this reason, the search for new antibiofilm strategies is an active field of study. In this context, bacteriophages (viruses that infect bacteria) and their derived proteins have been proposed as promising alternatives for eliminating biofilms. For instance, endolysins can degrade peptidoglycan and, ultimately, lyse the target bacterial cells. However, it is important to characterize the responses of bacterial cells exposed to these compounds in order to improve the design of phage-based ...
[摘要] 生物膜是自然和人类环境中最常见的细菌生活方式。这些多细胞社区的有组织结构通常保护细菌细胞免受外部挑战，从而增强其抗生素或消毒剂治疗的生存能力。为此，寻找新的抗菌膜策略是一个积极的研究领域。在这种情况下，已提出噬菌体（感染细菌的病毒）及其衍生蛋白作为消除生物膜的有希望的替代物。例如，内溶素可降解肽聚糖，并最终裂解靶细菌细胞。然而，表征暴露于这些化合物的细菌细胞的反应以改进基于噬菌体的抗微生物策略的设计是重要的。
如以前在Fernández等人（2017）中所描述的，开发该协议以检查暴露于内溶素处理的金黄色葡萄球菌生物膜细胞的转录反应。然而，它可能随后适用于分析其他微生物对不同抗菌剂的反应。
【背景】越来越清楚的是，亚抑制剂量的抗菌剂可能对目标微生物的不同表型具有调节作用，包括生物膜形成，代谢或毒力。因此，研究新化合物对低浓度靶细胞的潜在影响应该是发展过程的一部分。事实上，引发毒力因子或抗生素耐药决定簇产生的非常有效的抗菌剂可能不是治疗应用的良好候选者。另一方面，考虑到生物膜和浮游细胞之间的生理差异，应该对生物膜形成细胞分析新抗生物膜剂的作用似乎是合乎逻辑的。在这里，我们描述了一种协议，用于分析生物膜细胞在亚抑制浓度的内抑素浓度下的转录反应，噬菌体来源的蛋白质作为生物膜去除剂展现出巨大的前景。因此，通过RNA-seq将内溶素处理的细胞的转录组与对照细胞进行比较，并且后来通过RT-qPCR证实了所选基因的差异表达。 ...
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| Myeloid Progenitor Transformation Assay
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Numerous oncogenes have been identified to cause leukemia. For example, chromosomal translocation generates various fusion genes of the mixed-lineage leukemia (MLL) gene and a partner gene in leukemia, whose gene products transform primary myeloid progenitors into an immortalized state. To characterize the transforming ability of leukemic oncogenes, researchers in the field have developed an ex vivo murine myeloid transformation assay using retroviral gene transduction and its protocol has been improved over the past 10 years. Here, we provide the detailed procedure for this assay.
[摘要] 许多致癌基因已被确定为导致白血病。 例如，染色体易位在白血病中产生混合谱系白血病（MLL ）基因和伴侣基因的各种融合基因，其基因产物将原始骨髓祖细胞转化为永生状态。 为了表征白血病癌基因的转化能力，本领域的研究人员已经利用逆转录病毒基因转导开发了一种离体小鼠骨髓转化试验，其方案在过去的10年中得到了改进。 在这里，我们提供了这个检测的详细程序。
【背景】染色体易位产生多种导致白血病的MLL融合基因（Meyer等人，2017）。野生型混合谱系白血病（MLL）蛋白质起着转录调节剂的作用，其在造血不成熟祖细胞中增强包括同源框（homoxox（Hox））基因在内的一组基因的表达（Jude等。，2007）。在正常造血期间，Hox基因在干/祖细胞部分中表达，但在分化过程中转录下调（Somervaille和Cleary，2006; Yokoyama等人， 2013年）;然而，MLL融合蛋白组成性地上调其靶基因并阻断分化以在离体培养条件下建立永生状态。最近，我们报道了MLL-ENL和MLL-AF10融合蛋白招募AF4以激活转录并且还募集DOT1L复合物以维持相同靶基因的转录以有效地转化造血祖细胞（Okuda等人， ...
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| In vivo Leukemogenesis Model Using Retrovirus Transduction
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Various genetic alterations such as chromosomal translocation cause leukemia. For examples, gene rearrangements of the mixed-lineage leukemia (MLL) gene generate MLL fusion genes, whose products are potent oncogenic drivers in acute leukemia. To better understand the mechanism of disease onset, several murine leukemia models using retroviral gene transduction, xenograft, or Cre-mediated chromosomal translocation have been developed over the past twenty years. Particularly, a retroviral gene transduction-mediated murine leukemia model has been frequently used in the leukemia research field. Here, we describe the detailed protocol for this model.
[摘要] 各种基因改变如染色体易位导致白血病。 例如，混合谱系白血病（MLL ）基因的基因重排产生MLL 融合基因，其产物是急性白血病中有效的致癌驱动因子。 为了更好地理解疾病发生的机制，过去二十年来已经开发了几种使用逆转录病毒基因转导，异种移植或Cre介导的染色体易位的鼠白血病模型。 特别地，逆转录病毒基因转导介导的鼠白血病模型已经在白血病研究领域中经常使用。 在这里，我们描述这个模型的详细协议。
【背景】基因重排产生混合谱系白血病（MLL ）融合基因，导致高度侵袭性的急性白血病。 MLL重排往往伴随着少量额外的遗传改变和不良的临床结果（Andersson等人，2015）。野生型MLL增强和维持包括同源框（Hox）基因在内的一部分基因的表达，以刺激未成熟祖细胞的扩增（Jude等人，2007年）。在未成熟的祖细胞/干细胞组分中，Hoxa9和emis1的表达最高，但随着细胞分化逐渐下降，并最终在终末分化的细胞组分中减少（Somervaille和Cleary，2006; Yokoyama et al。 ，2013）。 MLL融合蛋白组成性地上调包括Hoxa9和Meis1在内的靶基因的表达，使未成熟的祖细胞永生化，并在体内引起白血病 （Ayton和Cleary，2003; ...
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