| Quantifying Symmetrically Methylated H4R3 on the Kaposi’s Sarcoma-associated Herpesvirus (KSHV) Genome by ChIP-Seq
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Post-translational modifications to histone tails contribute to the three-dimensional structure of chromatin and play an important role in determining the relative expression of nearby genes. One such modification is symmetric di-methylation of arginine residues, which may exhibit different effects on gene expression including blocking the binding of transcriptional activators, or recruiting repressive effector molecules. Recent ChIP-Seq studies have demonstrated the importance of cross-talk between different histone modifications in gene regulation. Thus, to acquire a comprehensive understanding of the combined efforts of these epigenetic marks, ChIP-Seq must be utilized for identifying specific enrichment on the chromatin. Tumorigenic herpesvirus KSHV, employs epigenetic mechanisms for ...
[摘要] 组蛋白尾部的翻译后修饰有助于染色质的三维结构，并在确定附近基因的相对表达中起重要作用。一种这样的修饰是精氨酸残基的对称二甲基化，其可能对基因表达展现出不同的作用，包括阻断转录激活剂的结合或招募抑制效应分子。最近的ChIP-Seq研究已经证明不同组蛋白修饰之间在基因调节中的相互作用的重要性。因此，为了全面了解这些表观遗传标记的共同努力，必须利用ChIP-Seq来鉴定染色质上的特定富集。利用表观遗传机制进行基因调控，并且通过ChIP-Seq以全面，不偏倚的方式评估多种组蛋白修饰的相对丰度，我们可以获得关于病毒复制和发病机理的复杂机制的更好的见解。
【背景】卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）是一种致癌性人类病毒，在其生命周期中有两个不同阶段。在最初感染后，KSHV在宿主中建立持续的终生感染，这对免疫受损的个体来说特别有问题。 KSHV可引起HIV / AIDS患者中的各种肿瘤，包括卡波西肉瘤和多发性B细胞淋巴瘤（Chang等，1994; Cesarman等，1995; Russo ，1996; Soulier ，1995）。 KSHV拥有大约165,000bp的大型基因组，编码近90种不同的开放阅读框，具有逃避宿主免疫监视系统，改变宿主细胞生长途径和产生感染性后代病毒粒子的充足工具。
在潜伏阶段期间，仅有一部分病毒基因被表达，其在本质上是致癌的并且还有助于病毒附加体复制和传递到分裂的肿瘤细胞中（Uppal等人，2014; ...
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| Chromatin Immunoprecipitation Experiments from Whole Drosophila Embryos or Larval Imaginal Discs
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] Chromatin Immunoprecipitation coupled either to qPCR (qChIP) or high-throughput sequencing (ChIP-Seq) has been extensively used in the last decades to identify the DNA binding sites of transcription factors or the localization of various histone marks along the genome. The ChIP experiment generally includes 7 steps: collection of biological samples (A), cross-linking proteins to DNA (B), chromatin isolation and fragmentation by sonication (C), sonication test (D), immunoprecipitation with antibodies against the protein or the histone mark of interest (E), DNA recovery (E), identification of factor-associated DNA sequences by PCR or sequencing (F). The protocol described here can readily be used for ChIP-seq and ChIP-qPCR experiments. The entire procedure, describing experimental setup ...
[摘要] 与qPCR（qChIP）或高通量测序（ChIP-Seq）相结合的染色质免疫沉淀已被广泛用于识别转录因子的DNA结合位点或基因组中各种组蛋白标记的定位。 ChIP实验通常包括7个步骤：收集生物样品（A），交联蛋白质到DNA（B），染色质分离和通过超声处理分离（C），超声处理测试（D），用针对蛋白质的抗体进行免疫沉淀感兴趣的组蛋白标记（E），DNA回收（E），通过PCR或测序鉴定因子相关DNA序列（F）。这里描述的协议可以容易地用于ChIP-seq和ChIP-qPCR实验。描述在完整的果蝇组织中优化分析的实验设置条件的整个过程可以在四天内完成。
背景 尽管永生化的培养细胞广泛用于研究各种细胞类型的染色质景观，但是在生理条件下在体内探测相互作用的有价值的方法对于进行转录的时间或空间比较分析是必要的因子和组蛋白修饰图在不同阶段的果蝇发展或不同组织之间。在这里，我们提供了一个详细的ChIP协议，已被优化，以便在整个果蝇胚胎和幼虫成像光盘上工作，突出关键的实验参数。
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| Vascular Smooth Muscle Cell Isolation and Culture from Mouse Aorta
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Vascular smooth muscle cells (SMC) in the ascending thoracic aorta arise from neural crest cells, whereas SMCs in the descending aorta are derived from the presomitic mesoderm. SMCs play important roles in cardiovascular development and aortic aneurysm formation. This protocol describes the detailed process for explanting ascending and descending SMCs from mouse aortic tissue. Conditions for maintenance and subculture of isolated SMCs and characterization of the vascular SMC phenotype are also described.
[摘要] 在升主动脉中的血管平滑肌细胞（SMC）产生于神经嵴细胞，而降主动脉中的SMC来源于presomitic中胚层。 SMC在心血管发育和主动脉瘤形成中起重要作用。该协议描述了从小鼠主动脉组织移出升序和降序的SMC的详细过程。还描述了分离的SMC的维持和传代培养的条件和血管SMC表型的表征。
关键字：组织培养，平滑肌细胞，细胞生物学
[背景] 血管平滑肌细胞肌肉内侧动脉层。较大的弹性动脉，例如主动脉，具有由夹在弹性蛋白纤维之间的对齐的平滑肌细胞组成的多个同心薄片。存在于弹性动脉的内侧层中的弹性蛋白和胶原允许它分布由心脏在整个血管壁产生的力（Wagenseil和Mecham，2009）。相比之下，较小的肌肉动脉仅具有限制平滑肌层的内部和外部弹性层。这些动脉位于动脉树的下游，因此受到血流的作用力较小。
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