| Automated Analysis of Cerebrospinal Fluid Flow and Motile Cilia Properties in The Central Canal of Zebrafish Embryos
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] Circulation of cerebrospinal fluid (CSF) plays an important role during development. In zebrafish embryo, the flow of CSF has been found to be bidirectional in the central canal of the spinal cord. In order to compare conditions and genetic mutants across each other, we recently automated the quantification of the velocity profile of exogenous fluorescent particles in the CSF. We demonstrated that the beating of motile and tilted cilia localized on the ventral side of the central canal was sufficient to generate locally such bidirectionality. Our approach can easily be extended to characterize CSF flow in various genetic mutants. We provide here a detailed protocol and a user interface program to quantify CSF dynamics. In order to interpret potential changes in CSF flow profiles, we ...
[摘要] [摘要]脑脊液（CSF）的循环在发育过程中起着重要的作用。在斑马鱼胚胎中，已发现脑脊液在脊髓中央管中是双向流动的。为了相互比较条件和遗传突变体，我们最近自动化了CSF中外源性荧光颗粒速度分布的定量。我们证明了位于中央管腹侧的运动性和倾斜纤毛的跳动足以产生局部这种双向性。我们的方法可以很容易地扩展以表征各种遗传突变体中的脑脊液流动。我们在此提供详细的协议和用户界面程序，以量化CSF动态。为了解释CSF流量曲线中的潜在变化，我们提供了其他工具来测量中央管直径，表征纤毛动力学并将实验数据与我们的理论模型进行比较，以评估纤毛对在中央管中产生体积力的影响。我们的方法也可用于测量体内的粒子速度并在各种生物溶液中模拟流量。
[背景]在斑马鱼胚胎中，从受精后24小时（hpf）开始在脊髓中央管中观察到脑脊液（CSF）的流动（Sternberg等，2018 ； Cantaut-Belarif等，2018 ）和更高版本。延伸到脑室（Olstad等人，2019）。在胚胎中央管中，CSF双向流动：朝向腹侧的尾巴和朝向背侧的头（Sternberg等人，2018; Cantaut-Belarif等人，2018; Thouvenin等人，2020）。这种双向性是由极化活动性纤毛的跳动引起的，该纤毛主要在中央管的腹侧区域中活动，从而驱动腹侧区域中的流体向尾端定向运动，并在背侧区域产生逆流。 ...
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| FRAP: A Powerful Method to Evaluate Membrane Fluidity in Caenorhabditis elegans
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Author:
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2018-07-05
[Abstract] FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) is probably the most direct method to investigate the dynamics of molecules in living cells. Here, we describe FRAP to quantify membrane fluidity in C. elegans. Using FRAP, we have shown that cold, glucose and exogenous saturated fatty acids can decrease the fluidity of cellular membranes in certain mutants.
[摘要] FRAP（光漂白后的荧光恢复）可能是研究活细胞中分子动力学的最直接方法。 在这里，我们描述FRAP来量化 C中的膜流动性。线虫。 使用FRAP，我们已经表明冷，葡萄糖和外源饱和脂肪酸可以降低某些突变体中细胞膜的流动性。
【背景】生物膜，定义所有细胞的特征，主要由磷脂组成（Van Meer 等人，，2008）。存在于磷脂双层中的脂肪酸物质极大地影响其性质。例如，高饱和脂肪酸含量增加了膜的刚性，而高不饱和脂肪酸含量促进了流动性（Pilon，2016）。细胞膜的脂肪酸组成通常与膳食脂肪的组成明显相关，膳食脂肪可直接掺入磷脂中（Abbott et al。，2012; Dancy et al。，2015）。然而，考虑到饮食中存在广泛的变化，细胞必须具有调节机制，监测和调节膜组成并获得所需的膜性质，例如流动性，曲率，厚度，等等。使用FRAP对在肠道细胞中表达prenylated GFP的蠕虫，我们先前已经证明，缺乏PAQR-2（哺乳动物脂联素受体的同源物）的突变体在葡萄糖或富含饱和脂肪的饮食中培养时降低了膜流动性。酸（Svensk et al。，2016; Devkota et ...
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| Improved Oviduct Transfer Surgery for Genetically Modified Rat Production
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Date:
2017-08-20
[Abstract] Rat embryo transfer surgeries are becoming more common with targeted nucleases increasing the demand for rat models. This protocol details pre-surgical preparation, improved surgical techniques for placing embryos into the oviduct, and post-surgical care of rats to parturition. Direct application of mouse oviduct transfer protocols results in limited success in the rat. By combining techniques from several widely used protocols in the field, increased yield of live pups born to healthy dams is possible. This protocol is distinct from previously published protocols by the use of a modified anesthesia protocol (Smith et al., 2004), use of analgesia, the addition of peritoneal sutures (Filipiak and Saunders, 2006), incision location and number of transfers per animal (Krinke et al. ...
[摘要] 大鼠胚胎移植手术正变得越来越普遍，靶向核酸酶增加对大鼠模型的需求。 该协议详细介绍了手术前准备，将胚胎置入输卵管的改进的外科技术以及大鼠分娩后的手术后护理。 直接应用小鼠输卵管转移方案在大鼠中的成功有限。 通过组合来自现场广泛使用的几种方案的技术，可以提高健康水坝出生的活的小狗的产量。 该方案与以前公开的方案不同，通过使用改进的麻醉方案（Smith等人，2004），使用止痛剂，添加腹膜缝线（Filipiak和Saunders，2006），切割位置和每只动物的转移数 （Krinke等，2000）。
【背景】在显微注射和胚胎移植手术后可靠地生产健康小狗的能力对于模型创建至关重要，特别是创建多个创始动物的可能性增加，对观察到的表型有信心。因此，即使使用不同浓度的注射液，出生率相对于报告的比例较低，系统地对现有的小鼠胚胎移植方案进行了修改，以更好地适应大鼠。
多个出版物描述了将胚胎转移到两侧子宫的两个角的输卵管;然而，这增加了动物在麻醉下的时间长度，并且需要中线切口并穿过腹膜腔以到达侧生殖道，或者产生两个单独的切口（Krinke等人，2000）。这些选择不太理想，因为这两个选项都会增加动物的压力，从而增加妊娠中止的可能性。通过在术前和术后创建单侧切口并施用镇痛，动物的压力被最小化（Smith等人，2004）。使用异氟烷可注射麻醉剂可以最大程度地降低毒性风险（如三溴乙醇所见），IP注射损伤和重复给药，所有这些都与啮齿动物手术后的死亡率相关（Bernal ...
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