| Assay to Measure Interactions between Purified Drp1 and Synthetic Liposomes
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] A mitochondrion is a dynamic intracellular organelle that actively divides and fuses to control its size, number and shape in cells. A regulated balance between mitochondrial division and fusion is fundamental to the function, distribution and turnover of mitochondria (Roy et al., 2015). Mitochondrial division is mediated by dynamin-related protein 1 (Drp1), a mechano-chemical GTPase that constricts mitochondrial membranes (Tamura et al., 2011). Mitochondrial membrane lipids such as phosphatidic acid and cardiolipin bind Drp1, and Drp1-phospholipid interactions provide key regulatory mechanisms for mitochondrial division (Montessuit et al., 2010; Bustillo-Zabalbeitia et al., 2014; Macdonald et al., 2014; Stepanyants et al., 2015; ...
[摘要] 线粒体是一种动态的细胞内细胞器，主动分裂和融合以控制细胞的大小，数量和形状。线粒体分裂和融合之间的调节平衡是线粒体功能，分布和周转的基础（Roy等，2015）。线粒体分化是由动力蛋白相关蛋白1（Drp1）介导的，其是限制线粒体膜的机械化学GTP酶（Tamura等人，2011）。线粒体膜脂质如磷脂酸和心磷脂结合Drp1，并且Drp1磷脂相互作用提供线粒体分裂的关键调控机制（Montessuit等人，2010; Bustillo-Zabalbeitia等人2014年; Macdonald等人，2014年; Stepanyants等人，2015; Adachi等人，2016）。在这里，我们描述了使用纯化的重组Drp1和具有定义的一组磷脂的合成脂质体定量测量Drp1与脂质的相互作用的生物化学实验。该测定使得可以定义蛋白质 - 脂质相互作用的特异性以及头基和酰基链的作用。
背景 蛋白质和膜脂质的相互作用对于细胞如细胞器分裂中生物膜的重塑至关重要。在线粒体分裂中，Drp1限制线粒体膜并驱动该膜重塑过程。我们最近显示，信号磷脂，磷脂酸与Drp1相互作用，并通过限制线粒体上的组装分裂机制（Adachi等人，2016）产生启动步骤。 Drp1识别磷脂酸的头基和酰基链。为了分析Drp1-磷脂酸结合，我们建立了几种蛋白质 - ...
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| CRISPR/Cas9 Editing of the Bacillus subtilis Genome
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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] A fundamental procedure for most modern biologists is the genetic manipulation of the organism under study. Although many different methods for editing bacterial genomes have been used in laboratories for decades, the adaptation of CRISPR/Cas9 technology to bacterial genetics has allowed researchers to manipulate bacterial genomes with unparalleled facility. CRISPR/Cas9 has allowed for genome edits to be more precise, while also increasing the efficiency of transferring mutations into a variety of genetic backgrounds. As a result, the advantages are realized in tractable organisms and organisms that have been refractory to genetic manipulation. Here, we describe our method for editing the genome of the bacterium Bacillus subtilis. Our method is highly efficient, resulting in ...
[摘要] 大多数现代生物学家的基本过程是研究生物体的遗传操作。尽管许多不同的方法用于编辑细菌基因组已经在实验室中使用了数十年，但CRISPR / Cas9技术对细菌遗传学的适应使得研究人员能够以无与伦比的设施来操纵细菌基因组。 CRISPR / Cas9允许基因组编辑更精确，同时也提高将突变转移到各种遗传背景的效率。因此，在遗传操作难以处理的易处理生物和生物体中实现了这些优点。在这里，我们描述了我们编辑枯草芽孢杆菌细菌基因组的方法。我们的方法是高效的，导致精确，无标记的突变。此外，在产生编辑质粒之后，可以将突变快速导入几个遗传背景，大大增加可进行遗传分析的速度。
枯草芽孢杆菌是高度易处理的革兰氏阳性菌。遗传研究适用于使用多种载体通过同源重组快速有效地引入突变。尽管有许多不同的方法来引入B突变。 subtilis，每种方法都有其局限性。一种简单而简单的方法，用于在B中进行突变。枯草芽孢杆菌是基因破坏，其中将质粒整合到感兴趣的基因内（Vagner等人，1998）。主要的局限性包括：1）扰乱操纵子的极地作用的潜力; 2）引进和保留外来DNA; 3）一旦使用抗生素耐药性盒，如果在其他突变的背景下研究给定的突变，则研究者必须使用不同的盒;和4）该方法限于靶向整个基因，并且不能产生更精确的点突变。 ...
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| In vitro Detection of Neutrophil Traps and Post-attack Cell Wall Changes in Candida Hyphae
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] In this protocol we describe how to visualize neutrophil extracellular traps (NETs) and fungal cell wall changes in the context of the coculture of mouse neutrophils with fungal hyphae of Candida albicans. These protocols are easily adjusted to test a wide array of hypotheses related to the impact of immune cells on fungi and the cell wall, making them promising tools for exploring host-pathogen interactions during fungal infection.
[摘要] 在本协议中，我们描述了如何在小鼠嗜中性粒细胞与真菌白色念珠菌的真菌菌丝共培养的背景下观察嗜中性粒细胞胞外捕获物（NETs）和真菌细胞壁变化。 这些方案很容易调整，以测试与免疫细胞对真菌和细胞壁的影响有关的各种假设，使其成为探索真菌感染期间宿主病原体相互作用的有前景的工具。
C。白色念珠菌是一种多态性机会性酵母，嗜中性粒细胞是免疫细胞，对于这种和其他真菌病原体的防御至关重要（Brown等，2012; Lionakis和Netea，2013）。 NETs是可以针对病原体部署的潜在防御机制，并且已经表明它们优先针对诸如C的微生物细胞部署。白念珠菌菌丝太大而不能吞噬（Urban et al。，2006; Bruns等人，2010; Branzk等人，，2014; Rohm等人，2014）。 NET已经显示含有许多组分，包括髓过氧化物酶，胞外DNA和瓜氨酸化的组蛋白（Amulic等人，2012; ...
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