| Quantitation of Cytochromes b559, b6, and f, and the Core Component of Photosystem I P700 in Cyanobacterial Cells
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] Cytochrome (Cyt) b559, an important and essential core component of photosystem II in the photosynthetic electron transport system, is a heme-bridged heterodimer protein composed of an alpha subunit (PsbE) and a beta subunit (PsbE), and its reduced form has an absorption maximum in the α-band at 559 nm. The amounts of Cyt b559 can be determined by spectrophotometrical measurement of reduced minus oxidized difference spectra that are normalized with absorbance of isosbestic point at 580 nm. The authors use differential extinction coefficients of Cyt b559 [Δε(559-580 nm) = 15.5 mM-1·cm-1], which have been reported by Garewal and Wasserman (1974). In addition to the Cyt b559, this ...
[摘要] dA 6m DNA免疫沉淀随后深度测序（DIP-Seq）是鉴定和研究N 6 - 甲基脱氧腺苷（dA 6）的全基因组分布的关键工具， 6m ）。这种新的DNA修饰的精确功能仍然需要完全阐明，但是已知转录起始位点不存在并且从外显子中排除，表明在转录调节中的作用（Koziol等人，2015 ）。重要的是，其存在表明DNA可能比先前认为的更多样化，因为进一步的DNA修饰可能存在于真核DNA中（Koziol等人，2015）。该方案描述了进行dA 6m DNA免疫沉淀（DIP）的方法，其用于表征高等真核生物中的第一dA 6m甲基化酶分析（Koziol等人。，2015）。在该协议中，我们描述了如何基因组DNA被分离，片段化，然后用识别基因组DNA中的dA 6m 的抗体拉下含有dA 6m 的DNA。在随后的洗涤之后，消除不含dA 6m的DNA片段，并且从抗体洗脱含有dA 6m的片段，以便进一步处理用于随后的分析。
[背景] 此协议是为了识别基因组中包含dA 6m 的区域而开发的。它可以用于检测不同基因组中的dA 6m 。作为指导，本方案从用于检测RNA中腺苷甲基化的现有方法建立（Dominissini等人，2013）。我们开发这个协议，并适应它的dA 6 m 在DNA中的检测，而不是检测腺苷甲基化RNA。这是必需的，因为当时没有方案可用于允许在真核DNA中dA ...
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| Pyridine Hemochromagen Assay for Determining the Concentration of Heme in Purified Protein Solutions
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Author:
Date:
2015-09-20
[Abstract] Heme is a common cofactor in proteins, found in hemoglobin, myoglobin, cytochrome P450, DGCR8, and nitric oxide synthase, among others. This protocol describes a method for quantifying heme that works best in purified protein samples. This protocol might be used to, for example, determine whether a given heme-binding protein is fully occupied by heme, thus allowing correlation of heme content with activity. This requires the absolute heme concentration and an accurate protein concentration. Another use is to determine the extinction coefficients of a heme-bound protein. This assay is fast, easy, and reproducible if done correctly.
[摘要] 血红素是蛋白质中的常见辅因子，其在血红蛋白，肌红蛋白，细胞色素P450，DGCR8和一氧化氮合酶中发现。该协议描述了用于定量在纯化的蛋白质样品中最佳工作的血红素的方法。该方案可以用于例如确定给定的血红素结合蛋白是否被血红素完全占据，从而允许血红素含量与活性的相关性。这需要绝对血红素浓度和准确的蛋白质浓度。另一个用途是确定血红素结合蛋白的消光系数。如果正确进行，该测定快速，简单和可重复。
[历史背景] G.G.斯托克斯是第一个准备我们现在称为血色素的。早在1863年，他正在监测血红蛋白吸收光谱的变化，血红素还原为Fe（II）形式斯托克斯（1863）。斯托克斯在氨存在下减少了血液;他所看到的是来自与氨络合的血红蛋白的Fe（II）血红素的强烈α和β峰。后来的作者（Anson和Mirsky，1928）能够证明血红素原是由Christian Bohr（Edsall，1972）所调用的，是一种含有一些含氮配体的血红素。它也可以通过在变性条件下简单地还原肌红蛋白而形成，在这种情况下组氨酸用作轴向配体。 Hill证明吡啶血色素由结合还原血红素的轴向位置的两个吡啶分子的氮形成（Hill，1926; Hill，1929）;这由Smith（1959）和Gallagher和Elliot（Gallagher等人，1965; Gallagher等人，1968）证实。
随着光谱学的发展技术，后来的工人能够使用血色素作为重要的分析目的（Hill，1929）。还原的吡啶血色素的α峰的规律性，其高消光系数，以及其在宽范围内遵循比尔定律的事实允许其用于确定样品的总血红素组成。 ...
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