| Conjugation Protocol Optimised for Roseburia inulinivorans and Eubacterium rectale
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Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Roseburia and Eubacterium species of the human gut microbiota play an important role in the maintaince of human health, partly by producing butyrate, the main energy source of our colonic epithelial cells. However, our knowledge of the biochemistry and physiology of these bacteria has been limited by a lack of genetic manipulation techniques. Conjugative transposons previously introduced into Roseburia species could not be easily modified, greatly limiting their applicability as genetic modification platforms. Modular plasmid shuttle vectors have previously been developed for Clostridium species, which share a taxonomic order with Roseburia and Eubacterium, raising the possibility that these vectors could be used in these organisms. ...
[摘要] [摘要 ] 人体肠道菌群中的玫瑰菌属和真细菌属在维持人类健康中起着重要作用，部分原因是产生丁酸盐，这是我们结肠上皮细胞的主要能源。但是，由于缺乏基因操作技术，我们对这些细菌的生物化学和生理学的认识受到限制。先前引入玫瑰花属物种的共轭转座子不容易被修饰，极大地限制了它们作为基因修饰平台的适用性。MOD ular质粒穿梭载体先前已经开发了用于梭菌物种，其与共享一个分类次序ř oseburia 和真杆菌，提高这些矢量可以在这些生物体中使用的可能性。在这里，我们描述了一种优化缀合协议使得能够自主复制的质粒的从转印大肠杆菌供体菌株为罗斯氏inulinivorans 和真杆菌rectale 。质粒的模块性质及其通过自主复制在受体细菌中得以维持的能力使其成为研究异源基因表达的理想之选，并成为其他遗传工具（包括反义RNA沉默或II 型移动子中断子基因破坏策略）的平台。
[背景 ] 玫瑰菌和真细菌属人类肠道菌群中含量最高的细菌（Zhernakova 等，2016），它们通过利用饮食和宿主衍生的多糖影响人类健康（Scott 等，2006和2011； Cockburn 等） 。，2015 ; 谢里登等人，2016 ）并产生促进健康的代谢物丁酸作为发酵终产物（邓肯等人，2002和2006） 。另外，这些物种能够通过鞭毛调节宿主免疫（Neville ...
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| Structural Analysis of Bordetella pertussis Biofilms by Confocal Laser Scanning Microscopy
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Biofilms are sessile communities of microbial cells embedded in a self-produced or host-derived exopolymeric matrix. Biofilms can both be beneficial or detrimental depending on the surface. Compared to their planktonic counterparts, biofilm cells display enhanced resistance to killing by environmental threats, chemicals, antimicrobials and host immune defenses. When in biofilms, the microbial cells interact with each other and with the surface to develop architecturally complex multi-dimensional structures. Numerous imaging techniques and tools are currently available for architectural analyses of biofilm communities. This allows examination of biofilm development through acquisition of three-dimensional images that can render structural features of the sessile community. A frequently ...
[摘要] 生物膜是嵌入自生或宿主衍生的外聚合物基质中的微生物细胞的固着群落。根据表面，生物膜可以是有益的或有害的。与浮游生物相比，生物膜细胞表现出更强的抗环境威胁，化学物质，抗菌药物和宿主免疫防御能力。当处于生物膜中时，微生物细胞彼此相互作用并与表面相互作用以形成结构复杂的多维结构。目前，许多成像技术和工具可用于生物膜群落的建筑分析。这允许通过获取可以呈现无柄群落的结构特征的三维图像来检查生物膜的发展。经常使用的工具是共聚焦激光扫描显微镜。我们提出了一个详细的协议，以生长，观察和分析呼吸道人类病原体，百日咳博德特氏菌的生物膜在空间和时间。
【背景】百日咳博德特氏菌（Bordetella pertussis）是上呼吸道的专性人类病原体，引起百日咳或百日咳（Mooi，2010; Dorji et al。，2018）。 B的生物膜。百日咳在各种人造表面上以及静态，摇动和流体流动条件下形成（Mishra et al。，2005; Sloan et al。，2007 ; Serra et al。，2011）。对这些生物膜的显微评估表明，这种细菌产生不规则形状的微集落，由流体通道分隔，嵌入由细胞外DNA（eDNA），蛋白质和多糖组成的外聚合物基质中（Parise et al。，2007; Sloan et al。，2007; Serra et al。，2008; ...
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| Dual-sided Voltage-sensitive Dye Imaging of Leech Ganglia
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] In this protocol, we introduce an effective method for voltage-sensitive dye (VSD) loading and imaging of leech ganglia as used in Tomina and Wagenaar (2017). Dissection and dye loading procedures are the most critical steps toward successful whole-ganglion VSD imaging. The former entails the removal of the sheath that covers neurons in the segmental ganglion of the leech, which is required for successful dye loading. The latter entails gently flowing a new generation VSD, VF2.1(OMe).H, onto both sides of the ganglion simultaneously using a pair of peristaltic pumps. We expect the described techniques to translate broadly to wide-field VSD imaging in other thin and relatively transparent nervous systems.
[摘要] 在这个协议中，我们介绍了一种有效的方法，用于Tomina和Wagenaar（2017）中使用的电压敏感染料（VSD）加载和水蛭神经节成像。 解剖和染料加载程序是成功完成全神经节VSD成像的关键步骤。 前者需要去除覆盖水蛭节段神经节神经元的鞘，这是成功染料加载所需的。 后者需要使用一对蠕动泵同时轻柔地将新一代VSD VF2.1（OMe）.H流入神经节的两侧。 我们期望所描述的技术广泛地转化为其他薄且相对透明的神经系统中的宽视场VSD成像。
【背景】双面显微镜是一种宽视野荧光成像系统，由一对精确对准的显微镜组成，用于观察来自对面的神经元制剂并且一次显示不同的焦平面（Tomina and Wagenaar，2017）。通过将该光学系统与新一代电压敏感染料（VSD），VoltageFluor（Miller等人，2012; Woodford等人，2015），荧光可以同时从不同深度的神经元捕获编码具有高保真度膜电压的信号。我们将这种泛神经元记录系统应用于药用水蛭的神经系统，我们利用电生理学方法诱发虚构行为并定量控制可识别神经元的膜电位（Tomina and ...
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