| Microarray, IPA and GSEA Analysis in Mice Models
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] This protocol details a method to analyze two tissue samples at the transcriptomic level using microarray analysis, ingenuity pathway analysis (IPA) and gene set enrichment analysis (GSEA). Methods such as these provide insight into the mechanisms underlying biological differences across two samples and thus can be applied to interrogate a variety of processes across different tissue samples, conditions, and the like. The full method detailed below can be applied to determine the effects of muscle-specific Notch1 activation in the mdx mouse model and to analyze previously published microarray data of human liposarcoma cell lines.
[摘要] 该协议详述了使用微阵列分析，独创性途径分析（IPA）和基因集富集分析（GSEA）在转录组水平分析两个组织样品的方法。 诸如此类的方法提供了对两个样品之间的生物学差异的潜在机制的洞察，因此可以应用于跨越不同组织样品，条件等询问各种过程。 下面详述的完整方法可用于确定肌肉特异性Notch1激活在 mdx 小鼠模型中的作用，并分析先前公布的人脂肪肉瘤细胞系的微阵列数据。
【背景】各种细胞类型的转录组学分析对于阐明细胞的功能元件至关重要，可以深入了解细胞特异性特征，并可突出与不同发育或疾病阶段相关的变化（Wang et al。，2009） 。虽然RNA测序变得越来越流行，但分析的相对成本和时间可能是一种负担。因此，微阵列分析是比较各种mRNA样品之间相对基因表达水平的替代工具（Read et al。，2001）。微阵列通常用于研究与疾病状态相关的变化，其疾病状态的基因表达模式可以被推断或已经被定义（Amaratunga et al。，2007）。 Ingenuity途径分析（IPA，QIAGEN）通常与大规模组学数据结合使用，并提供有关不同样本可能显着改变的途径，基因和其他特征的信息。基因集富集分析（GSEA）使用与各种疾病或途径相关的先验的基因集和特征，以便为感兴趣的样品提供生物学应用。
Bi及其同事使用下述方法来理解Notch信号传导在肌肉再生和脂肪肉瘤中的作用，脂肪肉瘤是一种常见的软组织癌类型（Bi ...
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| Polysome Analysis
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Polysome analysis is a method to separate mRNAs from a cell into actively translating and non-translating fractions depending on their association with polysomes. By this protocol, cell lysates are fractionated by sucrose density gradient ultracentrifugation. Free mRNA fraction and various ribosomal fractions, such as 40S, 60S, monosomes and polysomes are collected by fractionation. Association of particular mRNAs with these fractions is detected by reverse transcription – PCR to investigate the translational state of the mRNA.
[摘要] 多聚赖氨酸分析是一种将mRNA从细胞分离为主动翻译和非翻译部分的方法，这取决于它们与多核糖体的关联。通过该方案，通过蔗糖密度梯度超速离心分离细胞裂解物。通过分级收集游离mRNA级分和各种核糖体级分，例如40S，60S，单体和多核糖体。通过逆转录PCR检测特异性mRNA与这些级分的关联，以研究mRNA的翻译状态。
背景 细胞mRNA在任何时间点分布到主动翻译和非翻译池中，并可响应于各种刺激而在这些池之间动态地重新分布。主动翻译的mRNA具有较高数量的与它们相关的核糖体，与mRNA相关的核糖体数量是mRNA的翻译状态的量度。因此，从细胞中分离核糖体时，会在多核糖体组分中发现主要转录的mRNA，而在游离mRNA部分或与40S核糖体亚基相关的非翻译/不良翻译mRNAs。因此，多聚赖氨酸分析是根据其与多核糖体的关联将mRNA从细胞分离为主动翻译和非翻译部分的方法（Ray et al。，2009; Poria等人， >。，2016）。可以通过RT-PCR检测单个mRNA与翻译/非翻译级分的关联，而通过RNA测序或微阵列分析可以鉴定mRNA的整个翻译或非翻译池。
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| The Use of a Dexamethasone-inducible System to Synchronize Xa21 Expression to Study Rice Immunity
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2015-05-05
[Abstract] Inducible gene expression systems offer researchers the opportunity to synchronize target gene expression at particular developmental stages and in particular tissues. The glucocorticoid receptor (GR), a vertebrate steroid receptor, has been well adopted for this purpose in plants. To generate steroid-inducible plants, a construct of GAL4-binding domain-VP16 activation domain-GR fusion (GVG) with the target gene under the control of upstream activation sequence (UAS) has been developed and extensively used in plant research.
Immune receptors perceive conserved molecular patterns secreted by pathogens and initiate robust immune responses. The rice immune receptor, XA21, recognizes a molecular pattern highly conserved in all sequenced genomes of Xanthomonas, ...
[摘要] 诱导型基因表达系统为研究人员提供了在特定发育阶段，特别是组织中同步靶基因表达的机会。糖皮质激素受体（GR），一种脊椎动物类固醇受体，已经在植物中被很好地用于此目的。为了产生类固醇诱导的植物，已经开发了在上游激活序列（UAS）控制下具有靶基因的GAL4结合结构域-VP16激活结构域-GR融合（GVG）的构建体，并广泛用于植物研究中。
免疫受体感知由病原体分泌的保守分子模式，并启动强烈的免疫应答。水稻免疫受体，XA21 识别在所有测序的黄单胞菌属的基因组中高度保守的分子模式，并且赋予对X的强抗性。 oryzae pv。 oryzae （ Xoo ）。然而，鉴定XA21 下游的基因受到限制性损伤的阻碍，因此在表达Xa21 的植物中限制了防御反应区域。诱导型表达允许跨大量水稻组织的同步免疫应答，非常适合通过全基因组方法（例如转录组学和蛋白质组学）研究XA21 介导的免疫。在该协议中，我们描述了使用该GVG系统来同步 Xa21 表达。
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