| Soluble and Solid Iron Reduction Assays with Desulfitobacterium hafniense
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There is a pressing need to develop sustainable and efficient methods to protect and stabilize iron objects. To develop a conservation-restoration method for corroded iron objects, this bio-protocol presents the steps to investigate reductive dissolution of ferric iron and biogenic production of stabilizing ferrous iron minerals in the strict anaerobe Desulfitobacterium hafniense (strains TCE1 and LBE). We investigated iron reduction using three different Fe(III) sources: Fe(III)-citrate (a soluble phase), akaganeite (solid iron phase), and corroded coupons. This protocol describes a method that combines spectrophotometric quantification of the complex Fe(II)-Ferrozine® with mineral characterization by scanning electron microscopy and Raman spectroscopy. These three ...
[摘要] 迫切需要开发可持续和有效的方法来保护和稳定铁制物体。为了开发腐蚀铁物体的保护 - 恢复方法，该生物方案提出了研究严格厌氧菌[Desulfitobacterium hafniense （菌株TCE1）中三价铁的还原溶解和稳定亚铁矿物质的生物产生的步骤。和LBE）。我们使用三种不同的Fe（III）来源研究了铁还原：Fe（III） - 柠檬酸盐（可溶相），akaganeite（固体铁相）和腐蚀的试样。该协议描述了一种方法，该方法结合了复杂的Fe（II）-Ferrozine ®的分光光度定量，通过扫描电子显微镜和拉曼光谱进行矿物表征。这三种方法可以评估三价铁的还原溶解和生物矿物质生产，作为开发一种创新的可持续方法来稳定腐蚀铁的有希望的替代方法。
【背景】自铁器时代以来，铁已被用于生产日常用具。因此，考古学上的铁试验是过去极其重要的证据，应予以保留。然而，由于其反应性，铁容易被腐蚀并且考古铁物体可能被完全损坏。埋藏时，铁制品会根据埋葬地点的环境条件形成复杂的腐蚀层。挖掘后，条件发生变化，腐蚀层变得不稳定。为避免完全破坏，考古铁制物需要快速稳定处理。目前，可用的稳定化处理不能提供长期保护并且具有实质性缺点，例如毒性，低效率和大量废物的产生（Scott和Eggert，2009; Rimmer 等人， 2012）。因此，有必要开发新技术来稳定考古铁器。
越来越多地考虑利用微生物代谢来开发更有效，可持续和环保的保护 ...
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| Single Cell Flow Cytometry Assay for Peptide Uptake by Bacteria
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Antimicrobial peptides (AMPs) can target the bacterial envelope or alternatively have intracellular targets. The latter requires uptake of the peptide by the bacterial cells. The bacterial internalization of an AMP can be evaluated by a fluorescence-based method that couples the use of the fluorescently labelled AMP to the fluorescence quencher trypan blue. Trypan blue is excluded from the interior of intact cells and the fluorescence of the extracellular peptide or of the peptide bound on the bacterial surface can be quenched by it, while the fluorescence of the internalized peptide is not affected. The uptake of the peptide by the bacteria is determined by measuring the fluorescence in individual cells by flow cytometry.
[摘要] 抗微生物肽（AMP）可靶向细菌包膜或者具有细胞内靶标。后者需要细菌细胞摄取肽。 AMP的细菌内化可以通过基于荧光的方法来评估，所述方法将荧光标记的AMP的使用耦合到荧光猝灭剂台盼蓝。台盼蓝从完整细胞的内部排除，并且细胞外肽或结合在细菌表面上的肽的荧光可被其淬灭，而内化肽的荧光不受影响。通过用流式细胞术测量单个细胞中的荧光来测定细菌对肽的吸收。
关键词：抗微生物肽，流式细胞术，肽摄取，肽转运蛋白，台盼蓝，碘化物吸收量
[背景] AMP由广泛且多样的有效抗微生物剂组成，具有作为新型治疗剂的潜力（Wang等人）。 ，2015）。 AMP是天然免疫的一部分并且由所有王国的生物产生。它们被这些生物体动员以抵抗感染的微生物，其可以是细菌，真菌或病毒。他们这样做通过直接杀死微生物，但他们也可以作为哨兵，促进其他免疫途径。有趣的是，还已经清楚的是，AMP不仅是针对不良微生物的药剂，而且它们还在动物和植物宿主中共生细菌群体的控制中具有关键作用（Maróti等人，2011 ; Kondorosi et al 。，2013）。
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| Tandem Purification of His6-3x FLAG Tagged Proteins for Mass Spectrometry from Arabidopsis
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Tandem affinity purification is a powerful method to identify protein complexes that function in association with a known gene of interest. This protocol describes a methodology to capture proteins tagged with His6-3x FLAG explicitly for the purpose of on-bead digestion and identification by mass spectrometry. The high sensitivity and specificity of our methods allow for purification of proteins expressed at native levels from endogenous promoters to enable uncovering the functional roles of plant protein complexes.
[摘要] 串联亲和纯化是识别与已知感兴趣基因相关联的蛋白质复合物的有力方法。 该方案描述了一种用于捕获用His6-3x FLAG标记的蛋白质的方法，用于通过质谱法进行珠粒消化和鉴定。 我们的方法的高灵敏度和特异性允许从内源启动子纯化以天然水平表达的蛋白质，以揭示植物蛋白复合物的功能作用。
【背景】蛋白质复合物作为信号平台，分子机器和构建细胞生命的支架。鉴定蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）或蛋白质复合物的组成对于提供对基因生物化学功能的了解是非常重要的。因此，需要了解发现PPI的简便方法，以了解基因型如何决定植物中的表型。
通常使用的蛋白质纯化方法包括色谱法，例如大小排阻色谱法（也称为凝胶过滤），离子交换层析和亲和层析。通常需要组合几种不同的色谱方法以达到足够的纯度以鉴定相关的复合物。最近，亲和纯化与质谱联用（AP-MS）已经成为系统地鉴定体内蛋白质 - ...
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