| In vitro Reconstitution Assays of Arabidopsis 20S Proteasome
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Author:
Date:
2021-04-05
[Abstract] The majority of cellular proteins are degraded by the 26S proteasome in eukaryotes. However, intrinsically disordered proteins (IDPs), which contain large portions of unstructured regions and are inherently unstable, are degraded via the ubiquitin-independent 20S proteasome. Emerging evidence indicates that plant IDP homeostasis may also be controlled by the 20S proteasome. Relatively little is known about the specific functions of the 20S proteasome and the regulatory mechanisms of IDP degradation in plants compared to other species because there is a lack of systematic protocols for in vitro assembly of this complex to perform in vitro degradation assays. Here, we present a detailed protocol of in vitro reconstitution assay of the 20S proteasome in Arabidopsis by modifying previously ...
[摘要] [摘要]大多数细胞蛋白的s的降解通过26S在真核生物蛋白酶。但是，内在无序的蛋白质（IDPs）包含大量的非结构化区域，并且内在地不稳定，因此很容易通过不依赖泛素的20S蛋白酶体降解。越来越多的证据最近显示ň植物境内流离失所者的平衡也可以通过20S蛋白酶控制。但是，由于缺乏用于体外分离20S蛋白酶体和降解测定的系统协议，因此我们对植物中IDP和20S蛋白酶体降解的功能和调控机制的研究和理解一直处于婴儿期与其他生物。在这里，我们通过采用和修改先前公开的方法，对拟南芥中20S蛋白酶体进行体外重组测定的详细方案。在此获得20S核心蛋白酶体的主要策略是从26S蛋白酶体中去除19S调节亚基。该协议包括两个主要部分：1）的来自表达表位标记的PAG1稳定的转基因品系20S蛋白酶体亲和纯化，的20S蛋白酶（程序AD）的基本组成部分; 2 ）体外20S蛋白酶体降解测定法（方法E）。我们预计该协议将提供一种简单有效的方法来研究体外20S蛋白酶体降解，并促进植物中蛋白质代谢的研究。
[背景]蛋白质的降解通常是通过真核生物中的蛋白酶体来实现的。整合的26S蛋白酶体由两个亚颗粒组成：一个或两个末端的19S调节颗粒（RP），用作蛋白酶体激活剂；和20S核心蛋白酶体（CP），执行降解过程。大多数真核蛋白被多聚泛素化并导入26S蛋白酶体进行降解。然而，含有固有蛋白质无序已发现的区域直接通过破坏一个由20S蛋白酶的泛素依赖性降解（本日产等人，2014） ...
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| An Imaging Flow Cytometry Method to Measure Citrullination of H4 Histone as a Read-out for Neutrophil Extracellular Traps Formation
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Author:
Date:
2021-02-20
[Abstract] The formation of neutrophil extracellular traps (NETs) is thought to play a critical role in infections and propagating sterile inflammation. Histone citrullination is an essential and early step in NETs formation, detectable prior to the formation of the hallmark extracellular DNA-scaffolded strands. In addition to the classical microscopy method, new technologies are being developed for studies of NETs and their detection, both for research and clinical purposes. Classical microscopy studies of NETs are subjective, low throughput and semi-quantitative, and limited in their ability to capture the early steps. We have developed this novel Imaging Flow Cytometry (IFC) method that specifically identifies and quantifies citrullination of histone H4 as a NETs marker and its relationship with ...
[摘要] [摘要]中性粒细胞胞外陷阱（NETs）的形成被认为在感染和传播无菌炎症中起关键作用。组蛋白瓜氨酸化是NETs形成中必不可少的早期步骤，可在形成标志性的细胞外DNA支架链之前检测到。除了经典的显微镜方法外，还在研究和临床目的开发用于NETs及其检测的新技术。NET的经典显微镜研究具有主观性，低通量和半定量性，并且捕获早期步骤的能力有限。我们开发了这种新颖的成像流式细胞仪 （IFC）方法，专门识别和量化组蛋白H4的瓜氨酸化作为NETs标记及其与核和细胞水平其他改变的关系。这些包括核解聚和超缩合，多分叶状核与1-叶核和细胞膜损伤。在形成特定的细胞外DNA支架链之前，可以在用NETs诱导剂进行不同的治疗期后对NETs标记物进行定量。由于这些高通量基于图像的细胞分析功能可以通过严格的统计来执行，因此该协议适用于实验和临床应用以及作为生物标志物的NETosis的临床评估。
[背景]活化的中性粒细胞迅速募集到感染和受伤的地方；它们有助于宿主抵抗病原体和炎症。大约在二十年前，首次观察到对病原体的反应是，一部分中性粒细胞会经历细胞凋亡或坏死以外的不同类型的细胞死亡。这涉及染色质的早期缩合，核区室和颗粒区室的共定位，最后将这种混合物释放到环境中。锚定核成分（例如组蛋白）或细胞成分的细胞外DNA支架链，其中一些具有很强的抗病原特性，例如弹性蛋白酶或髓过氧化物酶（MPO），被称为“嗜中性细胞外陷阱”或NETs，并具有有效的抗菌活性（Brinkmann等人，2004）。最近的证据表明，母语也非感染性疾病，包括癌症，系统性关联红斑狼疮，镰状细胞病，动脉粥样硬化和血栓形成（Jorch和Kubes，2017年）。尚不清楚NETs或其任何成分（无细胞DNA或组蛋白）是否作为驱动因素导致了这些疾病的病理，或者它们是否是免疫反应失衡的副产物。NETs在某些疾病中也可能充当生物标志物，并提供有关治疗方案功效的信息（Barnado等，2016）。NETs相关成分（例如弹性蛋白酶或MPO）存在于自身免疫性疾病患者的血浆中，也存在于感染中，这使这些分子作为生物标记物的特异性变得复杂。因此，迫切需要用于NETs表征的新方法，这些方法应在研究之间提供一致的标准，并且对于机械和临床应用均可靠。 ...
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| Dual-sided Voltage-sensitive Dye Imaging of Leech Ganglia
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] In this protocol, we introduce an effective method for voltage-sensitive dye (VSD) loading and imaging of leech ganglia as used in Tomina and Wagenaar (2017). Dissection and dye loading procedures are the most critical steps toward successful whole-ganglion VSD imaging. The former entails the removal of the sheath that covers neurons in the segmental ganglion of the leech, which is required for successful dye loading. The latter entails gently flowing a new generation VSD, VF2.1(OMe).H, onto both sides of the ganglion simultaneously using a pair of peristaltic pumps. We expect the described techniques to translate broadly to wide-field VSD imaging in other thin and relatively transparent nervous systems.
[摘要] 在这个协议中，我们介绍了一种有效的方法，用于Tomina和Wagenaar（2017）中使用的电压敏感染料（VSD）加载和水蛭神经节成像。 解剖和染料加载程序是成功完成全神经节VSD成像的关键步骤。 前者需要去除覆盖水蛭节段神经节神经元的鞘，这是成功染料加载所需的。 后者需要使用一对蠕动泵同时轻柔地将新一代VSD VF2.1（OMe）.H流入神经节的两侧。 我们期望所描述的技术广泛地转化为其他薄且相对透明的神经系统中的宽视场VSD成像。
【背景】双面显微镜是一种宽视野荧光成像系统，由一对精确对准的显微镜组成，用于观察来自对面的神经元制剂并且一次显示不同的焦平面（Tomina and Wagenaar，2017）。通过将该光学系统与新一代电压敏感染料（VSD），VoltageFluor（Miller等人，2012; Woodford等人，2015），荧光可以同时从不同深度的神经元捕获编码具有高保真度膜电压的信号。我们将这种泛神经元记录系统应用于药用水蛭的神经系统，我们利用电生理学方法诱发虚构行为并定量控制可识别神经元的膜电位（Tomina and ...
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