| Extracellular RNA Isolation from Biofilm Matrix of Pseudomonas aeruginosa
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Most bacteria in natural ecosystems form biofilms-a bacterial community, surrounded by a polymer matrix that consists mostly of exopolysaccharides, proteins, and nucleic acids. Extracellular RNA as a matrix component is involved in biofilm formation-the fact that was confirmed by direct detection of extracellular RNA in the biofilm matrix, and by an interruption of the biofilm's structure with RNases. Number of protocols describing isolation of RNA from biofilm matrix are limited and usually involve uncommon equipment and reagents. Here we describe simple method for extracellular RNA isolation from biofilm matrix using basic laboratory reagent and equipment. Key steps of the protocol include separation of matrix and bacterial cells with high ionic solution of NaCl, RNA precipitation with ...
[摘要] [摘要]自然生态系统中的大多数细菌形成生物膜 –一个细菌群落，周围环绕着聚合物基质，该基质主要由胞外多糖，蛋白质和核酸组成。细胞外RNA作为基质成分参与生物膜的形成，这一事实已通过直接检测生物膜基质中的细胞外RNA以及通过RNase破坏生物膜结构而得到证实。。描述从生物膜基质中分离RNA的方案数量有限，通常涉及不常见的设备和试剂。在这里，我们描述了使用基本的实验室试剂和设备从生物膜基质分离细胞外RNA的简单方法。该方案的关键步骤包括用高离子浓度的NaCl溶液分离基质和细菌细胞，用LiCl沉淀RNA，并选择使用廉价的色谱柱进行质粒DNA分离，而不是使用专门的RNA试剂盒进行纯化。所描述的方案允许在不到一天的时间内（不包括生物膜生长的时间）分离适用于进一步的分子生物学程序（例如测序，RT-PCR和克隆）的细胞外RNA。
[背景]生物膜基质可抵抗不同的影响（抗菌药物，消毒剂，机械力），并为协调协调不同过程创造了环境（Svenningsen，2018年）。RNA存在于细胞外生物膜基质中，并形成RNA-DNA的主要交联弹性共聚物（Seviour等，2019）。用核糖核酸酶处理生物膜导致生物膜质量的重大损失，并强调了RNA对于维持生物膜完整性的重要性（Lee等人，2019）。同时，RNA在生物膜基质中的来源和作用仍未得到很好的研究。
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| Polysomal-mRNA Extraction from Arabidopsis by Sucrose-gradient Separation
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Author:
Date:
2014-12-20
[Abstract] mRNAs surrounded by polysomes are ready for translation into proteins (Warner et al., 1963); these mRNAs are defined as polysomal-mRNAs (Mustroph et al., 2009). The process is affected by various growth conditions or surrounding situations. Microarray analysis is a powerful tool for detecting genome-wide gene expression. Therefore, using polysomal-mRNAs for microarray analysis can reflect the gene translation information (the translatome) under different developmental stages or environmental conditions from eukaryotes. Polysomal-mRNAs can be collected from the polysomal fraction by sucrose-gradient separation for further quantitative PCR or microarray assay. We modified a protocol (Mustroph et al., 2009) for collecting polysomal-mRNAs via sucrose-gradient ...
[摘要] 由多核糖体包围的mRNA准备好翻译成蛋白质（Warner等人，1963）;这些mRNA被定义为多核糖体mRNA（Mustroph等人，2009）。该过程受到各种生长条件或周围环境的影响。微阵列分析是检测全基因组基因表达的有力工具。因此，使用多核糖体mRNAs微阵列分析可以反映在不同发育阶段或环境条件下从真核生物的基因翻译信息（translatome）。可以通过蔗糖梯度分离从多聚糖部分收集多聚体mRNA，用于进一步的定量PCR或微阵列测定。我们修改了通过蔗糖梯度分离来收集多核糖体mRNA以从pLAT52：HF：RPL18拟南芥中消除单体mRNA污染的方案（Mustroph等人，，2009）。该转基因拟南芥使用花粉特异性启动子（ProLAT52 ）产生可以用特异性抗原纯化的表位标记的多核糖体-RNA复合物（Lin等人，2014 ）。我们通过蔗糖梯度分离和抗体纯化获得的多核糖体mRNA在从拟南芥的自花授粉的芽孢杆菌生长的花粉管中经历了体内翻译。
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