| SMART (Single Molecule Analysis of Resection Tracks) Technique for Assessing DNA end-Resection in Response to DNA Damage
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Author:
Date:
2020-08-05
[Abstract] DNA double strand breaks (DSBs) are among the most toxic lesions affecting genome integrity. DSBs are mainly repaired through non-homologous end joining (NHEJ) and homologous recombination (HR). A crucial step of the HR process is the generation, through DNA end-resection, of a long 3′ single-strand DNA stretch, necessary to prime DNA synthesis using a homologous region as a template, following DNA strand invasion. DNA end resection inhibits NHEJ and triggers homology-directed DSB repair, ultimately guaranteeing a faithful DNA repair. Established methods to evaluate the DNA end-resection process are the immunofluorescence analysis of the phospho-S4/8 RPA32 protein foci, a marker of DNA end-resection, or of the phospho-S4/8 RPA32 protein levels by Western blot. Recently, the Single ...
[摘要] [摘要] DNA双链断裂（dsb）是影响基因组完整性的最具毒性的损伤之一。dsb主要通过非同源末端连接（NHEJ）和同源重组（HR）进行修复。HR过程的一个关键步骤是通过DNA末端切除，产生一个长的3′单链DNA链，这是在DNA链入侵后，以同源区域为模板进行DNA合成所必需的。DNA末端切除抑制NHEJ并触发同源定向的DSB修复，最终保证DNA的可靠修复。已建立的评价DNA末端切除过程的方法是免疫荧光法分析磷酸化S4/8rpa32蛋白病灶（DNA末端切除的标志物）或磷酸化S4/8rpa32蛋白水平。近年来，切除轨迹单分子分析（SMART）被认为是一种可靠的方法，可以通过免疫荧光法观察S期特异性DNA损伤剂（如喜树碱）处理细胞后产生的长3′单链DNA尾。然后，通过图像分析软件（如Photoshop）测量DNA束长度，评价DNA末端切除机的处理能力。DNA纤维的制备是在非变性条件下进行的，因此免疫荧光只检测DSB处理产生的特定的3′单链DNA尾。
[背景] ...
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| Rice Ragged Stunt Virus Propagation and Infection on Rice Plants
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Virus inoculation is a basic experimental procedure to evaluate the resistance of a rice variety or a transgenic material upon virus infection. We recently demonstrated that Rice Ragged Stunt Virus (RRSV), an oryzavirus that is transmitted by brown planthopper (BPH), can suppress jasmonic acid-mediated antiviral defense through the induction of microRNA319 and facilitate virus infection in rice. To verify this, we performed virus inoculation experiments on wild-type rice plants and miR319-TCP21-associated transgenic rice plants through a modified group inoculation method. Here, we presented the detailed procedure of RRSV propagation and infection process on rice plants.
[摘要] 病毒接种是评估水稻品种或转基因材料对病毒感染的抗性的基本实验程序。 我们最近证明，由褐飞虱（BPH）传播的 Rice Ragged Stunt Virus >（RRSV）是一种 oryzavirus >，可以通过诱导抑制茉莉酸介导的抗病毒防御 microRNA319并促进水稻中的病毒感染。 为了验证这一点，我们通过改良的组接种方法对野生型水稻植物和miR319-TCP21相关的转基因水稻植物进行了病毒接种实验。 在这里，我们介绍了水稻植物RRSV繁殖和感染过程的详细程序。
【背景】研究病毒发病机制和筛选抗病毒水稻品种已经在克服水稻病毒病和保持粮食安全方面做了大量工作。 在该领域中，病毒接种是评估转基因材料或水稻品种的抗性的必要且可靠的方法。 水稻粗糙特技病毒>（RRSV）可以在许多亚洲国家以持续繁殖的方式通过褐飞虱传播水稻褴褛特技病（Ling et al。>，1978; Hibino，1979）。 两种经典方法，包括单苗接种和组接种，已用于进行病毒接种实验（Zhang et al。>，2013）。 通过修改传统的群体接种方法，我们提供了一种与自然感染条件非常相似的便捷方法。
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| GC-MS-Based Analysis of Methanol: Chloroform-extracted Fatty Acids from Plant Tissues
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Fatty acids (FAs) are carboxylic acids with long aliphatic chains that may be straight, branched and saturated or unsaturated. Most of the naturally occurring plant FAs contains an even number of carbon (C4-C24). FAs are used in food and pharmacological industries due to their nutritional importance. In addition, FAs are considered as a promising alternative for the production of biodiesel from terrestrial plant biomass. To establish commercial applications, more reliable analytical methods are needed for the identification, quantification, and composition determination of FAs. Here, we describe a relatively rapid and sensitive method for the extraction, identification, and quantification of FAs from a small quantity of plant tissue. The method includes steps of lipid extraction, ...
[摘要] 脂肪酸（FAs）是具有长脂肪链的羧酸，其可以是直链，支链和饱和或不饱和的。大多数天然存在的植物FA含有偶数碳（C4-C24）。由于其营养重要性，FA用于食品和药理学工业。此外，FAs被认为是从陆地植物生物质生产生物柴油的有前途的替代品。为了建立商业应用，需要更可靠的分析方法来确定FA的鉴定，定量和组成。在这里，我们描述了一种相对快速和灵敏的方法，用于从少量植物组织中提取，鉴定和量化FA。该方法包括脂质提取，通过转甲基化将脂质转化为脂肪酸甲酯（FAME），使用气相色谱 - 质谱（GC-MS）鉴定和定量FAME的步骤。在该方案中，在GC-MS分析之前添加内标。每个FA的量由其相对于内标峰面积的峰面积计算。
【背景】脂肪酸的合成对于代谢能的储存是重要的。不断增长的人口和能源成本强调了生产可持续可再生燃料的必要性。第二代生物燃料的来源是非食用油籽作物或木质纤维素生物质，主要包括作物植物的废弃物，如多年生草，包括柳枝稷，果壳，稻草和森林残留物（Hadar，2013）。在这种情况下，植物可以作为研究脂肪酸用于营养保健品和生物柴油方面的优秀系统。此外，在生物柴油生产中，燃料的清洁燃烧性质受到FA的结构特征的影响，包括链长和不饱和度（Knothe，2005）。木质纤维素生物质是直接从经济有效的资源生产这些产品的更环保的替代品。使用GC-MS进行FA分析可以对单一植物提取物中相对多种脂肪酸进行标准化，注释和定量。脂质提取的效率取决于溶剂的极性。极性脂质（如糖脂或磷脂）更易溶于极性溶剂（如醇类），非极性脂质（如三酰基甘油）更易溶于非极性溶剂（如氯仿）。因此，总脂质提取取决于有机溶剂的性质。 ...
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