| Biotinylated Micro-RNA Pull Down Assay for Identifying miRNA Targets
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] microRNA (miRNA) directly associates with its target transcripts (mRNA). This protocol describes a method for detection of direct interaction between miRNA and mRNA. The result of interaction helps screening the specific target mRNAs for a miRNA.
[摘要] microRNA（miRNA）与其目标转录物（mRNA）直接相关。 该方案描述了检测miRNA和mRNA之间直接相互作用的方法。 相互作用的结果有助于筛选miRNA的特异性靶mRNA。
背景 MiRNA是小的非编码调控RNA。 MiRNA通常通过与靶mRNA中的互补序列结合来控制基因表达。 许多生物信息学和计算程序可用于预测miRNA靶标。 但是鉴定miRNA与靶mRNA的直接相关性的实验方法非常有限。 目前的方案可以非常有助于识别miRNA靶标（Phatak等人，2016）。
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| Mouse Liver Mitochondria Isolation, Size Fractionation, and Real-time MOMP Measurement
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Author:
Date:
2016-08-05
[Abstract] The mitochondrial pathway of apoptosis involves a complex interplay between dozens of proteins and lipids, and is also dependent on the shape and size of mitochondria. The use of cellular models in past studies has not been ideal for investigating how the complex multi-factor interplay regulates the molecular mechanisms of mitochondrial outer membrane permeabilization (MOMP). Isolated systems have proven to be a paradigm to deconstruct MOMP into individual steps and to study the behavior of each subset of MOMP regulators. In particular, isolated mitochondria are key to in vitro studies of the BCL-2 family proteins, a complex family of pro-survival and pro-apoptotic proteins that directly control the mitochondrial pathway of apoptosis (Renault et al., 2013).
In ...
[摘要] 凋亡的线粒体途径涉及数十种蛋白质和脂质之间的复杂相互作用，并且还依赖于线粒体的形状和大小。在过去的研究中使用细胞模型不是理想的调查如何复杂的多因素相互作用调节线粒体外膜透化（MOMP）的分子机制。分离系统已被证明是将MOMP解构成各个步骤并研究每个子集的MOMP调节剂的行为的范例。特别地，分离的线粒体是BCL-2家族蛋白的体外研究的关键，BCL-2家族蛋白是直接控制凋亡的线粒体途径的促存活和促凋亡蛋白的复合家族（Renault > et al 。，2013）。
在这个协议，我们描述三个补充程序用于实时调查使用孤立的线粒体MOMP调节器的影响。第一种方法是"肝线粒体分离"，其中从小鼠中分离肝脏以获得线粒体。 "用JC-1和大小分级分离的线粒体标记"是描述标记，按大小分级并标准化线粒体亚群的方法的第二个方法。最后，"实时MOMP测量"协议允许在孤立的线粒体上实时跟踪MOMP。上述程序用于在体外确定线粒体膜形状在分离的细胞和分离的线粒体水平上的作用（Renault等人，2015）。
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| RNA Chromatin Immunoprecipitation (RNA-ChIP) in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2014-12-20
[Abstract] The RNA chromatin immunoprecipitation assay (RNA-ChIP) allows detection and quantification of RNA–protein interactions using in vivo cross-linking with formaldehyde followed by immunoprecipitation of the RNA–protein complexes. Here we describe the RNA–ChIP protocol that we have adapted for Caenorhabditis elegans (C. elegans) to detect interaction between the nuclear Argonaute CSR-1 (chromosome segregation and RNAi deficient) protein and its target nascent RNAs. We have used a transgenic strain expressing a recombinant long isoform of CSR-1 protein fused with N-terminal 3x FLAG epitope.
[摘要] RNA染色质免疫沉淀测定（RNA-ChIP）允许使用体内与甲醛交联，随后RNA-蛋白复合物的免疫沉淀来检测和定量RNA-蛋白质相互作用。 在这里我们描述我们已经适应于秀丽隐杆线虫（ C. elegans ）的RNA-ChIP协议以检测核Argonaute CSR-1（染色体分离和RNAi缺陷 ）蛋白及其目标新生RNA。 我们使用表达与N-末端3x FLAG表位融合的CSR-1蛋白的重组长同种型的转基因菌株。
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