| Digestion of Peptidoglycan and Analysis of Soluble Fragments
|
|
Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Peptidoglycan (murein) is a vital component of the cell wall of nearly all bacteria, composed of sugars linked by short peptides. This protocol describes the purification of macromolecular peptidoglycan from cultured bacteria and the analysis of enzyme-digested peptidoglycan fragments using high performance liquid chromatography (HPLC). Digested peptidoglycan fragments can be identified by mass spectrometry, or predicted by comparing retention times with other published chromatograms. The quantitative nature of this method allows for the measurement of changes to peptidoglycan composition between different species of bacteria, growth conditions, or mutations. This method can determine the overall architecture of peptidoglycan, such as peptide stem length, the extent of cross-linking, and ...
[摘要] 肽聚糖（murein）是由短肽连接的糖组成的几乎所有细菌的细胞壁的重要组成部分。 该方案描述了从培养细菌中纯化大分子肽聚糖和使用高效液相色谱（HPLC）分析酶消化的肽聚糖片段。 消化的肽聚糖片段可以通过质谱鉴定，或通过比较保留时间与其他公开的色谱图预测。 该方法的定量性质允许测量不同种类的细菌，生长条件或突变之间肽聚糖组成的变化。 该方法可以确定肽聚糖的总体结构，如肽长度，交联程度和修饰。 已经使用神经肽分析来研究肽聚糖相关蛋白的功能和细菌获得抗生素抗性的机制。
【背景】肽聚糖由通过肽干连接在一起的糖骨架组成，其产生对细胞形状重要的网状结构和细菌细胞的膨胀压力。大分子肽聚糖从在细胞质中合成的单体单元组装，并由具有5个氨基酸的茎组成的具有5个氨基酸的葡萄糖胺和N-乙酰氨基葡萄糖二糖组成。当单体翻转到周质中时，通过反式糖基化将其加入到聚糖链中，并且通过转肽酶将一部分肽茎连接在一起。
＆NBSP;包含肽干的氨基酸可以根据物种变化，但通常以L-丙氨酸，D-谷氨酸，内消旋二氨基庚二酸，D-丙氨酸，D-丙氨酸，丙氨酸，在一些革兰氏阳性中，L-赖氨酸代替二氨基庚二酸。通过直接或通过连接氨基酸连接第三或第四氨基酸的第三个氨基酸的游离胺进行交联（Schleifer和Kandler，1972）。其他常见的修饰包括氨基酸的酰胺化（Kato和Strominger，1968）和O-乙酰化（Clarke和Dupont，1992）或者N-脱乙酰化（Araki ...
|
|
|
| Cell Wall Biomass Preparation and Fourier Transform Mid-infrared (FTIR) Spectroscopy to Study Cell Wall Composition
|
|
Author:
Date:
2015-06-05
[Abstract] Plant cell wall biomass is an abundant and renewable organic resource. Of the polymers it encloses, cellulose and hemicellulose are regarded as a raw material for the production of fuels and other products (Klemm et al., 2005; Slavov et al., 2013). Nonetheless, current usage of lignocellulosic biomass is still below its full potential due to a series of limiting factors mainly related to the cell wall recalcitrance to saccharification, a severe constraint to maximum biomass usability in downstream processing (Pauly and Keegstra, 2008).
As a strategy to optimise bio-energy and bio-refining applications, an increasing amount of effort is being put into the advancement of our knowledge concerning the cell wall compositional roots of recalcitrance. Fourier ...
[摘要] 植物细胞壁生物质是丰富和可再生的有机资源。在其包封的聚合物中，纤维素和半纤维素被认为是用于生产燃料和其它产品的原料（Klemm等人，2005; Slavov等人， 2013）。然而，木质纤维素生物质的当前使用仍然低于其全部潜力，这是由于一系列主要与糖化的细胞壁不顺应性有关的限制因素，对下游加工中的最大生物质可用性的严格限制（Pauly和Keegstra，2008）。br />作为优化生物能和生物精炼应用的策略，越来越多的努力被投入到我们关于顽抗的细胞壁组成根的知识的进步中。傅里叶变换中红外光谱（FTIR）代表了对该企业的非常有用的工具，因为其允许用于检查细胞壁生物质的高通量，非破坏性和低单位成本的程序（Allison等人， ，2009; Carpita和McCann，2015）。此外，使用衰减全反射（ATR）结合红外光谱（IR）使细胞壁生物质样品能够在固体状态下进行检测而无需大量制备。尽管如此，强烈推荐对纯化的细胞壁制备物而不是完整植物生物质的分析，因为其最小化或甚至根除了不是细胞壁的一部分的生物质成分的干扰。关于FTIR基本原理的更多信息可以在其他地方找到（Smith，2011）。
从FTIR光谱产生的数据集可以是广泛和复杂的。在这些情况下，数据驱动建模技术经常用作探索性方法来识别收集的光谱的最独特的特征。在这里我们建议使用主成分分析（PCA），一种经常使用的方法来将一组大变量变换成一组较小的新变量（主成分），有效地降低数据集的维度。 ...
|
|
|