| Gene Expression Analysis of Sorted Cells by RNA-seq in Drosophila Intestine
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] RNA sequencing (RNA-seq) has become a popular method for profiling gene expression. Among many applications, one common purpose is to identify differentially expressed genes and pathways in different biological or pathological conditions. This protocol provides detailed procedure for RNA-seq analysis of ~250,000 sorted Drosophila intestinal cells (Chen et al., 2016), in which RNA amplification is not required.
[摘要] RNA测序（RNA-seq）已经成为描述基因表达的流行方法。 在许多应用中，一个共同目的是在不同的生物学或病理学条件下鉴定差异表达的基因和途径。 该方案提供了〜250,000个分选的果蝇肠细胞的RNA-seq分析的详细程序（Chen等，2016），其中不需要RNA扩增。
【背景】RNA-seq的转录组分析已经成为鉴定不同生物或病理条件下差异表达基因和途径的常用方法。 对于产生低mRNA水平的样品，通常在深度测序之前进行RNA或cDNA扩增（Dutta等，2015）。 然而，这个程序可能会潜在地省略以低丰度表达的重要候选人。 在这里，我们提供了不需要RNA扩增的分选的果蝇肠细胞的RNA-seq分析的详细程序。
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| CytoTrap Two-Hybrid Screening Assay
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Author:
Date:
2014-12-05
[Abstract] CytoTrap two-hybrid system provides an alternate strategy to detect protein-protein interactions in yeast. In this system, bait protein is fused with human son of sevenless (hSos) protein (Li et al., 1993), and a cDNA library or prey protein is expressed by fusion with myristoylation signal which anchors the prey fusion protein to yeast cell membrane. Protein interaction between bait and prey proteins recruits the hSos protein to the cell membrane, where hSos activates the Ras signaling pathway, leading to the survival of temperature-sensitive Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) strain cdc25H at 36 °C. In the CytoTrap two-hybrid system, detection of protein interaction occurs in the cytoplasm near cell membrane and is not dependent on transcription ...
[摘要] CytoTrap双杂交系统提供了检测酵母中蛋白质 - 蛋白质相互作用的替代策略。在该系统中，诱饵蛋白与七（hSos）蛋白质的人子融合（Li等，1993），cDNA文库或猎物蛋白质与肉豆蔻酰化信号的融合表达，将猎物融合蛋白锚定到酵母细胞膜。诱饵和猎物蛋白之间的蛋白质相互作用将hSos蛋白质募集到细胞膜上，其中hSos激活Ras信号通路，导致温度敏感的酿酒酵母（S.cerevisiae）菌株cdc25H在36℃下的存活。在CytoTrap双杂交系统中，蛋白质相互作用的检测发生在细胞膜附近的细胞质中，不依赖于报告基因的转录激活。因此，该系统对于识别需要在细胞质中进行翻译后修饰的转录因子和蛋白质的相互作用伴侣特别有用，其在常规基于反式激活的酵母双杂交系统中不能用作诱饵蛋白。在这里，我们描述了来自模拟植物拟南芥的cDNA文库的构建以及用于筛选来自该文库的AtSR1 / CAMTA3，Ca2 + / CaM调节的转录因子的相互作用蛋白的程序。该过程可以适应于识别来自其他生物体的感兴趣的蛋白质的相互作用的伴侣。
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