| Identifying Protein Interactions with Histone Peptides Using Bio-layer Interferometry
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Histone post-translational modifications (PTMs) regulate numerous cellular processes, including gene transcription, cell division, and DNA damage repair. Most histone PTMs affect the recruitment or exclusion of reader proteins from chromatin. Here, we present a protocol to measure affinity and interaction kinetics between histone peptides and the recombinant protein using Bio-layer interferometry.
[摘要] 组蛋白翻译后修饰（PTM）调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复。 大多数组蛋白PTM影响从染色质中募集或排除读取蛋白。 在这里，我们提出了一个协议，使用生物层干涉测量法测量组蛋白肽和重组蛋白之间的亲和力和相互作用动力学。
【背景】真核染色质结构大致分为常染色质和异染色质（Cheung和Lau，2005），异染色质结构根据组蛋白翻译后修饰（PTM）的组合进一步细分。这些PTM不仅改变染色质构象，还在基因表达和蛋白质募集中建立直接调节作用（Felsenfeld和Groudine，2003; Allshire和Madhani，2017）。组蛋白PTM的无数组合 - 包括乙酰化，磷酸化，甲基化，泛素化，生物素化，SUMO化和脯氨酸异构化，统称为“组蛋白标记” - 可以被发现，特别是在从核小体核心突出的非结构化N末端尾部（ Guetg和Santoro，2012）。这些PTM通过不同“读者”或效应蛋白的活动调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复（Suganuma和Workman，2011）（Musselman et al。， 2012）。因此，已经做出很大努力来识别读者的组蛋白修饰。
使用常规方法（例如，表面等离子体共振[SPR]和SPR成像[SPRi]生物传感器）研究读取蛋白与其靶蛋白PTM之间的相互作用通常需要大量底物或复杂的多步实验方法并且由于各种方法特定的限制而变得复杂。这些问题排除了量化相互作用强度的简便性和准确性（Phizicky和Fields，1995; ...
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| Quantification of Bacterial Twitching Motility in Dense Colonies Using Transmitted Light Microscopy and Computational Image Analysis
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Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] A method was developed to allow the quantification and mapping of relative bacterial twitching motility in dense samples, where tracking of individual bacteria was not feasible. In this approach, movies of bacterial films were acquired using differential interference contrast microscopy (DIC), and bacterial motility was then indirectly quantified by the degree to which the bacteria modulated the intensity of light in the field-of-view over time. This allowed the mapping of areas of relatively high and low motility within a single field-of-view, and comparison of the total distribution of motility between samples.
[摘要] 开发了一种方法，可以对密集样本中的相对细菌抽动动力进行定量和绘图，在这些样本中追踪单个细菌是不可行的。 在这种方法中，使用微分干涉对比显微镜（DIC）获得细菌膜的电影，然后通过细菌随时间调节视场中的光强度的程度间接量化细菌运动。 这允许在单个视场内绘制相对较高和较低运动性的区域，并比较样本之间运动的总分布。
【背景】Pilus介导的颤动运动表示与鞭毛无关的与表面相关的细菌运动形式。抽动动力被很多细菌病原体利用，包括淋病奈瑟氏球菌和铜绿假单胞菌与潮湿的表面相互作用并移位上皮屏障。在 P。颤动动力受大量基因调控，这些基因允许IV型菌毛的延伸和回缩，以有效地将细菌细胞拖过任何给定的表面以响应环境提示（Mattick，2002; Whitchurch et al。，2004; Burrows，2005）。在我们对 P的研究中。绿脓杆菌发病机制，抽动运动性有助于细菌在内化和多层角膜上皮细菌穿过后从上皮细胞排出（Alarcon等人，2009）。在角膜感染的小鼠模型中，抽动运动对于P是重要的。绿脓杆菌毒力（Zolfaghar et al。，2003）。最近，我们发现在粘膜液体如人眼泪和唾液中发现的糖蛋白DMBT1能够抑制P细胞。绿脓杆菌抽动动力（Li等人，2017）。在那项研究中，我们利用了一种新方法来快速和可靠地量化P.绿脓杆菌抽动动力。该协议在此处介绍。
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| CRISPR-PCS Protocol for Chromosome Splitting and Splitting Event Detection in Saccharomyces cerevisiae
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] Chromosome engineering is an important technology with applications in basic biology and biotechnology. Chromosome splitting technology called PCS (PCR-mediated Chromosome Splitting) has already been developed as a fundamental chromosome engineering technology in the budding yeast. However, the splitting efficiency of PCS technology is not high enough to achieve multiple splitting at a time. This protocol describes a procedure for achieving simultaneous and multiple chromosome splits in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae by a new technology called CRISPR-PCS. At least four independent sites in the genome can be split by one transformation. Total time and labor for obtaining a multiple split yeast strain is drastically reduced when compared with conventional PCS ...
[摘要] 染色体工程是应用于基础生物学和生物技术的重要技术。染色体分裂技术称为PCS（PCR介导的染色体分裂）已经被开发为发芽酵母中的基本染色体工程技术。然而，PCS技术的分割效率不够高，不能一次实现多次分割。该协议描述了通过称为CRISPR-PCS的新技术在芽状酵母酿酒酵母中实现同时和多个染色体分裂的过程。基因组中至少四个独立的位点可以通过一次转化来分裂。与常规PCS技术相比，获得多重分裂酵母菌株的总时间和劳动力大大降低。
背景 能够快速有效地操纵多个遗传基因座或染色体区域的染色体工程技术变得越来越重要。这些技术为阐明染色体和基因组功能提供了有力的手段。此外，它可以用于通过创建广泛的遗传变体来繁殖有用的菌株。在芽殖酵母酿酒酵母（Saccharomyces ...
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