| Rice Ragged Stunt Virus Propagation and Infection on Rice Plants
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Virus inoculation is a basic experimental procedure to evaluate the resistance of a rice variety or a transgenic material upon virus infection. We recently demonstrated that Rice Ragged Stunt Virus (RRSV), an oryzavirus that is transmitted by brown planthopper (BPH), can suppress jasmonic acid-mediated antiviral defense through the induction of microRNA319 and facilitate virus infection in rice. To verify this, we performed virus inoculation experiments on wild-type rice plants and miR319-TCP21-associated transgenic rice plants through a modified group inoculation method. Here, we presented the detailed procedure of RRSV propagation and infection process on rice plants.
[摘要] 病毒接种是评估水稻品种或转基因材料对病毒感染的抗性的基本实验程序。 我们最近证明，由褐飞虱（BPH）传播的 Rice Ragged Stunt Virus >（RRSV）是一种 oryzavirus >，可以通过诱导抑制茉莉酸介导的抗病毒防御 microRNA319并促进水稻中的病毒感染。 为了验证这一点，我们通过改良的组接种方法对野生型水稻植物和miR319-TCP21相关的转基因水稻植物进行了病毒接种实验。 在这里，我们介绍了水稻植物RRSV繁殖和感染过程的详细程序。
【背景】研究病毒发病机制和筛选抗病毒水稻品种已经在克服水稻病毒病和保持粮食安全方面做了大量工作。 在该领域中，病毒接种是评估转基因材料或水稻品种的抗性的必要且可靠的方法。 水稻粗糙特技病毒>（RRSV）可以在许多亚洲国家以持续繁殖的方式通过褐飞虱传播水稻褴褛特技病（Ling et al。>，1978; Hibino，1979）。 两种经典方法，包括单苗接种和组接种，已用于进行病毒接种实验（Zhang et al。>，2013）。 通过修改传统的群体接种方法，我们提供了一种与自然感染条件非常相似的便捷方法。
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| Isothermal Titration Calorimetry: A Biophysical Method to Characterize the Interaction between Label-free Biomolecules in Solution
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] This protocol can be applied to analyze the direct interaction between a soluble protein and a target ligand molecule using Isothermal Titration Calorimetry (ITC, Malvern). ITC allows the biophysical characterization of binding between label-free, non-immobilized and in-solution biomolecules by providing the stoichiometry of the interaction, the equilibrium binding constants and the thermodynamic parameters. ITC monitors heat changes (released and/or absorbed) caused by macromolecular interactions with no restrictions of buffer and molecular weight of the macromolecules.
[摘要] 该方案可用于使用等温滴定量热法（ITC，Malvern）分析可溶性蛋白质和靶配体分子之间的直接相互作用。 ITC允许通过提供相互作用的化学计量，平衡结合常数和热力学参数来对无标记，非固定和溶液内生物分子之间的结合进行生物物理表征。 ITC监测由大分子相互作用引起的热变化（释放和/或吸收），而不限制大分子的缓冲液和分子量。
【背景】大分子相互作用是关键的细胞事件，因为它们形成信号转导途径的基础。因此，大分子相互作用是研究的重要领域，因为它们允许更深入地理解作为生理学和病理生理学过程基础的分子机制，以及能够调节引起疾病的大分子结合事件的药物的合理设计。
在这种情况下，等温滴定量热法（ITC）是一种用于表征大分子相互作用的强大技术。 ITC确定两个分子结合时发生的热变化。可以吸收热量（吸热反应）或释放（放热反应）。 ITC通过确定由仪器的加热器提供给参比和样品池的差异功率来监测这种热变化，这是在结合反应期间抵消两个电池之间的任何温差所需的，使得参考之间没有温度差异。和样品细胞（图1）。
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| High Resolution Melting Temperature Analysis to Identify CRISPR/Cas9 Mutants from Arabidopsis
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] CRISPR/Cas9 made targeted mutagenesis and genome editing possible for many plant species. One of the ways that the endonuclease is used for plant genetics is the creation of loss-of-function mutants, which typically result from erroneous DNA repair through non-homologous end joining (NHEJ) pathway. The majority of erroneous repair events results in single-bp insertion or deletion. While single-bp insertions or deletions (indels) effectively destroy the function of protein-coding genes through frameshift, detection is difficult due to the small size shift. High-resolution melting temperature analysis allows quick detection, and it does not require any additional pipetting steps after the PCR amplification of the region of interest. In this protocol, we will describe the steps required for ...
[摘要] CRISPR / Cas9可以对许多植物物种进行定向诱变和基因组编辑。 内切核酸酶用于植物遗传学的方法之一是产生功能丧失突变体，其通常由通过非同源末端连接（NHEJ）途径的错误DNA修复引起。 大多数错误的修复事件导致单bp插入或缺失。 虽然单bp插入或缺失（插入缺失）通过移码有效地破坏蛋白质编码基因的功能，但由于小的移位，检测很困难。 高分辨率熔解温度分析允许快速检测，并且在PCR扩增感兴趣区域后不需要任何额外的移液步骤。 在该方案中，我们将描述分析潜在的纯合突变体所需的步骤。
【背景】CRISPR / Cas9核酸酶是一种核糖核蛋白，能够在特定的22个核苷酸序列上切割DNA双链。与其他核酸酶（例如锌指核酸酶和转录激活因子样效应核酸酶（TALEN））相比，CRISPR / Cas9系统的主要优点在于序列特异性由RNA赋予，并且不需要针对每种靶序列的单独蛋白质。这大大降低了成本，单个构造可以定位多达32个目标。由于这种低成本和高效率，CRISPR / Cas9系统现在广泛用于许多植物物种（Baltes和Voytas，2015; Belhaj et al。，2015）。
当CRISPR / Cas9诱导的双链DNA断裂被NHEJ途径错误修复时，修复的序列最常导致小插入缺失，其中一个bp插入缺失是最常见的（Ma et al。，2015; ...
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