| Flow Cytometric Quantification of Fatty Acid Uptake by Mycobacterium tuberculosis in Macrophages
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Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract] Mycobacterium tuberculosis (Mtb) has evolved to assimilate fatty acids from its host. However, until recently, there was no reliable way to quantify fatty acid uptake by the bacteria during host cell infection. Here we describe a new method to quantify fatty acid uptake by intracellular bacilli. We infect macrophages with Mtb constitutively expressing mCherry and then metabolically label them with Bodipy-palmitate. Following the labeling procedure, we isolate Mtb-containing phagosomes on a sucrose cushion and disrupt the phagosomes with detergent. After extensive washes, the isolated bacteria are analyzed by flow cytometry to determine the level of Bodipy-palmitate signal associated with the bacteria. Using a Mtb mutant strain defective in fatty acid uptake in liquid culture we ...
[摘要] 结核分枝杆菌（Mtb）已经发展为从其宿主吸收脂肪酸。然而，直到最近，还没有可靠的方法来量化宿主细胞感染期间细菌对脂肪酸的摄取。在这里，我们描述了一种新的方法来量化细胞内杆菌对脂肪酸的摄取。我们用Mtb组成性表达mCherry感染巨噬细胞，然后用Bodipy-palmitate代谢标记它们。标记程序后，我们在蔗糖垫上分离含有Mtb的吞噬体，并用去污剂破坏吞噬体。大量洗涤后，通过流式细胞术分析分离的细菌以确定与细菌相关的Bodipy-棕榈酸酯信号的水平。使用液体培养物中脂肪酸摄取缺陷的Mtb突变株，我们确定该突变体在巨噬细胞感染期间同化比野生型菌株少10倍的Bodipy-棕榈酸酯。脂肪酸摄取的这种定量方法可用于进一步鉴定参与细胞内Mtb和可能的其他细菌的脂质摄取的途径。
【背景】结核分枝杆菌（Mtb）同化宿主来源的脂质（脂肪酸和胆固醇）的能力使得病原体能够在其宿主内存活（Russell等人，2010; Lovewell 等人，2016）。在小鼠感染期间和在人肺组织中，通过巨噬细胞内的Mtb上调胆固醇和脂肪酸代谢相关基因来支持该想法（Schnappinger等人，2003; Rachman等人，2006; Rohde等人，2007;Fontán等人，2008; Tailleux等人，2008; Homolka et al。，2010; Rohde et ...
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| Cell-free Generation of COPII-coated Procollagen I Carriers
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] The aim of this protocol is to generate COPII-coated procollagen I (PC1) carriers in a cell-free reaction. The COPII-coated PC1 carriers were reconstituted from donor membrane, cytosol, purified recombinant COPII proteins, and nucleotides. This protocol describes the preparation of donor membrane and cytosol, the assembly of the reaction, and the isolation and detection of reconstituted COPII-coated carriers. This cell-free reaction can be used to test conditions that stimulate or suppress the packaging of PC1 into COPII-coated carriers.
[摘要] 该协议的目的是在无细胞反应中产生COPII包被的前胶原I（PC1）载体。 COPII包被的PC1载体由供体膜，胞质溶胶，纯化的重组COPII蛋白和核苷酸重构。 该方案描述了供体膜和细胞溶胶的制备，反应的组装，以及复制的COPII包被的载体的分离和检测。 该无细胞反应可用于测试刺激或抑制PC1包装成COPII包被的载体的条件。
【背景】外壳蛋白复合体II（COPII）在从内质网（ER）途径到高尔基体的运输中起着至关重要的作用。来自ER的货物运输所需的基因在酵母的基因研究中被发现，并且借助于添加有纯化组分的无细胞囊泡萌芽反应来阐明囊泡出芽所需基因的蛋白质产物的精确作用（Novick 1981; Kaiser等人，1990; Barlowe等人，1994）。开发了类似的反应来检测COPII在培养的哺乳动物细胞中来自ER的货物运输中的作用（Kim等人，2005）。哺乳动物COPII包被的囊泡直径大约为80-100nm，似乎太小以至于不能容纳诸如刚性的300nm前胶原I（PC1）三股螺旋杆的大分泌性货物。尽管可能的尺寸差异，COPII对于包括PC1在内的大型货物的分泌是必不可少的（Boyadjiev等人，2006）。最近，我们报道了通过随机光学重建显微镜（STORM），相关光电子显微镜（CLEM）和活细胞成像（Gorur ...
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| Creating a RAW264.7 CRISPR-Cas9 Genome Wide Library
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] The bacterial clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas9 genome editing tools are used in mammalian cells to knock-out specific genes of interest to elucidate gene function. The CRISPR-Cas9 system requires that the mammalian cell expresses Cas9 endonuclease, guide RNA (gRNA) to lead the endonuclease to the gene of interest, and the PAM sequence that links the Cas9 to the gRNA. CRISPR-Cas9 genome wide libraries are used to screen the effect of each gene in the genome on the cellular phenotype of interest, in an unbiased high-throughput manner. In this protocol, we describe our method of creating a CRISPR-Cas9 genome wide library in a transformed murine macrophage cell-line (RAW264.7). We have employed this library to identify novel mediators in the caspase-11 ...
[摘要] 细菌聚集的定期交织的短回文重复（CRISPR）-Cas9基因组编辑工具用于哺乳动物细胞敲除感兴趣的特定基因以阐明基因功能。 CRISPR-Cas9系统要求哺乳动物细胞表达Cas9核酸内切酶，引导RNA（gRNA）引导内切核酸酶到目的基因，以及连接Cas9与gRNA的PAM序列。使用CRISPR-Cas9基因组宽的文库以无偏倚的高通量方式筛选基因组中每个基因对感兴趣的细胞表型的影响。在本协议中，我们描述了我们在转化的鼠巨噬细胞细胞系（RAW264.7）中创建CRISPR-Cas9基因组文库的方法。我们已经使用该文库来鉴定胱天蛋白酶-11细胞死亡途径中的新型介质（Napier等人，2016）;然而，该文库可用于筛选特定基因在多种鼠巨噬细胞通路中的重要性。
背景 历史上，使用RNA干扰（RNAi）或源自敲除小鼠的细胞，了解特定基因对真核细胞中感兴趣的表型的贡献是可能的。然而，在过去几年中，新的基因组编辑技术CRISPR-Cas9已经允许在真核细胞内容易且有效地产生敲除细胞系和全基因组筛选。 CRISPR-Cas9基因组范围的筛选扩大了哺乳动物遗传学的工具箱和新型蛋白质的鉴定及其对特定表型的贡献。使用这种方法，研究人员已经能够鉴定参与肿瘤生长的新基因（Chen等人，2015; Kiessling等人，2016; Steinhart ...
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