| CRISPR-mediated Tagging with BirA Allows Proximity Labeling in Toxoplasma gondii
|
|
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Defining protein interaction networks can provide key insights into how protein complexes govern complex biological problems. Here we define a method for proximity based labeling using permissive biotin ligase to define protein networks in the intracellular parasite Toxoplasma gondii. When combined with CRISPR/Cas9 based tagging, this method provides a robust approach to defining protein networks. This approach detects interaction within intact cells, it is applicable to both soluble and insoluble components, including large proteins complexes that interact with the cytoskeleton and unique microtubule organizing center that comprises the apical complex in apicomplexan parasites.
[摘要] 定义蛋白质相互作用网络可以为蛋白质复合物如何控制复杂的生物学问题提供关键信息 在这里我们定义了一种基于接近度的标记方法，使用宽容的生物素连接酶来定义细胞内寄生虫弓形虫的蛋白质网络。 当与基于CRISPR / Cas9的标记结合使用时，这种方法提供了一种可靠的方法来定义蛋白质网络。 这种方法检测完整细胞内的相互作用，它适用于可溶性和不可溶性成分，包括与细胞骨架相互作用的大型蛋白质复合物和独特的微管组织中心，其中包括顶尖复合体在顶尖复合寄生虫中。
【背景】分析蛋白质 - 蛋白质相互作用是解决蛋白质如何组装和作为大分子复合物的关键努力。传统上，通过免疫共沉淀（共-IP）和随后的质谱分析已经鉴定出蛋白质复合物。然而，一些蛋白质复合物取代基可能在co-IP的裂解，下拉和洗涤步骤期间人为失去或获得，这对于不溶性膜或需要侵蚀性溶解的结构蛋白质尤其成问题。作为co-IP的替代物，邻近依赖性生物素鉴定（BioID）提供了在正常细胞稳态期间紧邻目标靶蛋白的蛋白质“快照”（Roux等人，2012年）。 BioID利用融合到感兴趣的靶蛋白的混杂的大肠杆菌生物素蛋白连接酶（BirA）。生物素补充使得BirA融合物在30纳米内允许生物素化的近邻生物体（Roux et al。，2012; Van Itallie et al。，2013） ...
|
|
|
| Conditional Knockdown of Proteins Using Auxin-inducible Degron (AID) Fusions in Toxoplasma gondii
|
|
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract] Toxoplasma gondii is a member of the deadly phylum of protozoan parasites called Apicomplexa. As a model apicomplexan, there is a great wealth of information regarding T. gondii’s 8,000+ protein coding genes including sequence variation, expression, and relative contribution to parasite fitness. However, new tools are needed to functionally investigate hundreds of putative essential protein coding genes. Accordingly, we recently implemented the auxin-inducible degron (AID) system for studying essential proteins in T. gondii. Here we provide a step-by-step protocol for examining protein function in T. gondii using the AID system in a tissue culture setting.
[摘要] 弓形虫是原生动物寄生虫称为Apicomplexa致命门的一员。 作为一个复杂的模型，关于T的信息有很多。 gondii的8,000多种蛋白质编码基因，包括序列变异，表达和对寄生虫适应的相对贡献。 然而，需要新的工具来功能性地调查数百个推定的必需蛋白质编码基因。 因此，我们最近实施了生长素诱导降解（AID）系统来研究T中的基本蛋白质。弓形虫。 在这里，我们提供了一个检查蛋白质功能的一步一步的协议。 在组织培养环境中使用AID系统。
【背景】生长素是一类通过靶向某些蛋白质在植物中进行蛋白酶体降解而发出信号的植物激素（Teale等人，2006）。 Kohei Nishimura等人具有将该植物特异性信号传导系统的组分转移到其他真核生物中用于有兴趣的蛋白质（POI）的条件调节，创建生长素诱导降解（AID）系统的聪明想法（Nishimura等人，2009）。这个系统已经被成功地用于几种真核生物，包括疟原虫疟原虫（Kreidenweiss et al。，2013; Philip和Waters，2015）。只需要两个转基因成分来实现这个系统，称为转运抑制剂反应1（TIR1）的植物生长素受体和用AID标记的POI。用生长素（例如，3-吲哚乙酸/ IAA）处理活化SCF ...
|
|
|
| Isolation, BODIPY Labeling and Uptake of Exosomes in Hepatic Stellate Cells
|
|
Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Exosomes have emerged as an important mediator of intercellular communication. They are present in extracellular milieu and therefore, easily accessible by neighboring or distant cells. They carry mRNA, microRNAs and proteins within their vesicles and once internalized by recipient cells; they can modulate multiple signaling pathways with pleiotropic effects from inducing antiviral state to disease progression. We have previously shown that hepatitis C virus (HCV) infected hepatocytes or hepatoma cells harboring genome-length replicon secrete exosomes in culture supernatants. These exosomes are taken up by hepatic stellate cells (HSC) and activate them to induce fibrosis during HCV infection. Here, we describe detailed protocols for exosomes isolation and uptake of BODIPY labeled exosomes ...
[摘要] 外来体已经成为细胞间通讯的重要介质。 它们存在于细胞外环境中，因此可以被邻近或远处的细胞轻易获得。 它们在囊泡内携带mRNA，microRNA和蛋白质，并一度被受体细胞内化; 它们可以通过诱导抗病毒状态向疾病进展调节多种信号传导途径，具有多效性。 我们以前已经显示，携带基因组长度复制子的丙型肝炎病毒（HCV）感染的肝细胞或肝癌细胞在培养上清液中分泌外泌体。 这些外来体被肝星状细胞（HSC）摄取，并在HCV感染期间激活它们以诱导纤维化。 在这里，我们描述了外来体分离和肝星状细胞摄取BODIPY标记的外来体的详细的协议。
【背景】外来体是直径为40-150nm的小的膜结合的细胞外囊泡。已在所有体液中鉴定出它们，包括尿，羊水，血清，唾液，母乳，脑脊液，鼻分泌物和组织培养的细胞系的上清液中。外泌体通过转移微小RNA（mRNA），mRNA和蛋白质来介导细胞与细胞之间的通讯。 其可被邻近或远处的细胞摄取，并随后促进受体细胞中的信号传导（Schorey等人，2015）。外泌体富含蛋白质，包括四跨膜蛋白家族成员（CD9，CD81，CD63），热休克蛋白（Hsp60，Hsp70，Hsp90）和多泡体蛋白（annexins，RabGTPases和内体分选复合物，蛋白质）。最近的研究表明，外来体可以影响免疫应答（Li等人，2013; ...
|
|
|