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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Nucleosomes are the fundamental unit of eukaryotic chromosome packaging, comprised of 147 bp of DNA wrapped around two molecules of each of the core histone proteins H2A, H2B, H3, and H4. Nucleosomes are symmetrical, with one axis of symmetry centered on the homodimeric interaction between the C-termini of the H3 molecules. To explore the functional consequences of nucleosome symmetry, we designed an obligate pair of H3 heterodimers, termed H3X and H3Y, allowing us to compare cells with single or double H3 alterations. Our biochemical validation of the heterodimeric X-Y interaction included intra-nucleosomal H3 crosslinking using dimethyl suberimidate (DMS). Here, we provide a detailed protocol for the use of DMS to analyze yeast nucleosomes.
[摘要] 核小体是真核染色体包装的基本单元，由围绕核心组蛋白H2A，H2B，H3和H4中的每一个的两个分子包裹的147bp DNA组成。 核小体是对称的，一个对称轴以H3分子的C-末端之间的同源二聚体相互作用为中心。 为了探索核小体对称性的功能性后果，我们设计了一对特异性H3异二聚体，称为H3X和H3Y，使我们能够比较具有单一或双重H3改变的细胞。 我们对异二聚体X-Y相互作用的生物化学验证包括使用二甲基琥珀三酸酯（DMS）进行的核内H3交联。 在这里，我们提供了使用DMS来分析酵母核小体的详细方案。
【背景】组蛋白的翻译后修饰影响染色体生物学的各个方面，包括转录，复制，修复和重组。因为核小体包含每个核心组蛋白的两个拷贝，所以修饰可以是对称的（在两个H3尾部上的相同修饰，例如，在核小体内的两个H3尾部上的K27me（Voigt等人
对于单个核小体内H3X-H3Y相互作用的生化验证，我们生成了表达细菌生物素连接酶BirA，N-末端V5-标记的H3X和N-末端生物素接受表位标记的H3Y的酵母菌株（Beckett等人， 1999）。 ...
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Author:
Date:
2014-06-05
[Abstract] Enteric pathogenic bacteria such as Vibrio cholerae and enteropathogenic Escherichia coli (E. coli) cause life-threatening diarrheal diseases that have afflicted humans for centuries. Understanding the effectors required for intestinal colonization is very important to research on bacteria pathogenesis, and is also important to testing new therapeutics and development of the novel vaccines. Here, we describe the Infant Rabbit Colonization Competition Assay, a variant method of the powerful, nonsurgical animal model reported by Ritchie et al. (2010). In our modified assay, wild type and mutant strains are mixed together and inoculated into 2-day-old New Zealand white rabbits. The competitive index for each mutant measures the colonization capacity of the ...
[摘要] 肠道病原性细菌如霍乱弧菌和肠致病性大肠杆菌（大肠杆菌）引起危及人类数百年的危及生命的腹泻疾病。了解肠道定殖所需的效应器对于细菌发病机理的研究是非常重要的，并且对于测试新的治疗剂和新型疫苗的开发也是重要的。在这里，我们描述了婴儿兔殖民化竞争测定，由Ritchie等人（2010）报道的强大的非手术动物模型的变体方法。在我们的修改测定中，野生型和突变株混合在一起，并接种到2日龄新西兰白兔。每个突变体的竞争指数测量突变体相对于其野生型亲本菌株在胃肠道中的定殖能力。与传统的吮吸小鼠模型相比，霍乱弧菌（霍乱弧菌）诱导的婴儿兔的疾病的临床和组织学体征更类似于人类霍乱。该模型的较大输入细菌量也有助于高通量筛选，例如Tn-Seq技术（Fu等人，2013）。
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