| Cell-free Reconstitution of the Packaging of Cargo Proteins into Vesicles at the trans Golgi Network
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] Protein sorting at the trans Golgi network (TGN) plays important roles in targeting newly synthesized proteins to their specific destinations. The aim of this proposal is to reconstitute the packaging of non-Golgi resident cargo proteins into vesicles at the TGN, utilizing rat liver cytosol, semi-intact mammalian cells and nucleotides. The protocol describes how to perform the vesicle formation assay, how to isolate vesicles and how to detect cargo proteins in vesicles. This reconstitution assay can be used to quantitatively measure the efficiency of the packaging of a specific cargo protein into transport vesicles at the TGN under specific experimental conditions.
[摘要] [摘要] 反式高尔基体网络（TGN）上的蛋白质分选在将新合成的蛋白质靶向其特定目的地方面起着重要作用。该提议的目的是利用大鼠肝细胞溶质，半完整的哺乳动物细胞和核苷酸，在TGN处将非高尔基驻留的货物蛋白重新包装成囊泡。该协议描述了如何进行囊泡形成测定，如何分离囊泡以及如何检测囊泡中的货物蛋白。该重构测定法可用于定量测量在特定实验条件下将特定货物蛋白包装到TGN的运输小泡中的效率。
[背景] 的反式高尔基体网络（TGN）是在分泌运送路径的必要的交通枢纽。为了确保水泡运输的保真度，真核细胞利用各种蛋白质分选设备将特定的货物蛋白质准确地包装到TGN的运输小泡中，然后运至特定的目的地（Guo 等人，2014）。为了加深我们对TGN分选过程特异性的理解，重要的是开发一种能够忠实地重构TGN囊泡形成和货物分选过程的分析方法。该测定法可用于直接和定量地测量特定因子在调节特定货物蛋白包装到运输小泡中的作用。从内质网（ER）将货物蛋白包装到COPII囊泡中的无细胞重构已得到很好的建立（Kim 等，2005; Kim 等，2007; Merte 等，2010; Yuan 等。，2018；Niu 等，2019；）。已经开发出一种体外测定法，其在TGN处重构特定货物蛋白TGN46在运输小泡中的释放（Ponnambalam 等，1996；Wakana ...
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| Image-Based Analysis of Mitochondrial Area and Counting from Adult Mouse Dopaminergic Neurites
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Mitochondria form dynamic cytoplasmic networks which undergo morphological changes in order to adapt to cellular stresses and signals. These changes can include alterations in size and number within a given cell. Analysis of the whole network can be a useful metric to assess overall mitochondrial health, particularly in neurons, which are highly sensitive to mitochondrial dysfunction. Here we describe a method which combines immunofluorescence and computerized image analysis to measure mitochondrial morphology (quantification of number, density, and area) in dopaminergic neurites of mice expressing mitochondrially-targeted eYFP.
[摘要] 线粒体形成动态细胞质网络，其经历形态变化以适应细胞应激和信号。 这些变化可以包括给定单元内的大小和数量的改变。 分析整个网络可以是评估整体线粒体健康的有用指标，特别是在对线粒体功能障碍高度敏感的神经元中。 在这里，我们描述了一种方法，它结合免疫荧光和计算机图像分析，以测量表达线粒体靶向eYFP的小鼠的多巴胺能神经突的线粒体形态（数量，密度和面积的量化）。
【背景】 线粒体是存在于每个复杂生物的基本上所有细胞中的双膜细胞器。它们的主要功能是提供大部分细胞能量作为ATP，但它们也在细胞凋亡，缓冲细胞内Ca 2 + ，活性氧物质产生和膜电位调节中发挥作用（Neupert和Herrmann， 2007; Hamanaka和Chandel，2010; Shutt和McBride，2013）。
这些细胞器通常被描述为单个“豆状”结构，实际上是动态细胞质网络的组成部分。它们可以经历由膜融合和裂变的动态过程调节的主要形态变化，该过程被认为涉及通过称为线粒体自噬的过程消除功能障碍的细胞器。线粒体网络也可以作为对高细胞能量需求的响应而增加（Sheng，2017; Devine和Kittler，2018）。线粒体网络的形态可以根据不同的应激源而改变，并且存在多种可能的形态，即细胞类型，甚至细胞室依赖性（Picard et al。，2013 ...
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| Quantification of Colibactin-associated Genotoxicity in HeLa Cells by In Cell Western (ICW) Using γ-H2AX as a Marker
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The genotoxin colibactin is produced by several species of Enterobacteriaceae. This genotoxin induces DNA damage, cell cycle arrest, senescence and death in eukaryotic cells (Nougayrède et al., 2006; Taieb et al., 2016). Here we describe a method to quantify the genotoxicity of bacteria producing colibactin following a short infection of cultured mammalian cells with colibactin producing E. coli.
[摘要] 基因毒素colibactin由几种肠杆菌科产生。 该基因毒素在真核细胞中诱导DNA损伤，细胞周期停滞，衰老和死亡（Nougayrède等人，2006; Taieb等人，2016）。 在这里，我们描述了一种方法来量化生产colibactin的细菌的基因毒性，在短时间感染培养的哺乳动物细胞后，产生e colibactin。大肠杆菌。
【背景】基因毒素colibactin是由几种肠杆菌科产生的聚酮化合物非核糖体肽杂交化合物。由编码在54kb基因组基因座pks岛上的机器合成的这种毒素在真核细胞中诱导DNA损伤，细胞周期停滞，衰老和死亡（Nougayrède等人， 2006年; Taieb 等人，2016年）。大肠杆菌素的基因毒性活性取决于直接的宿主细胞 - 细菌相互作用，并且不能从培养物上清液，杀死的细菌或细菌裂解物而非生命细菌重演。可以通过量化巨细胞病表型（对于方案参见Bossuet-Greif等人，2017）或双链DNA断裂的定量来评估对真核细胞的大肠杆菌素基因毒性效应的可视化和定量在彗星试验（揭示DNA片段化）或H2AX组蛋白磷酸化作用宿主细胞核中，双链DNA标记断裂。组蛋白H2AX的磷酸化表征为对遗传毒性剂的早期和敏感反应（Audebert等人，2010）。证明H2AX磷酸化比彗星试验在体外以及体内灵敏度高10-100倍（Audebert等人， ...
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