| Giant Mimiviridae CsCl Purification Protocol
|
|
Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] While different giant viruses’ purification protocols are available, they are not fully described and they use sucrose gradient that does not reach an equilibrium. Here, we report a protocol for the purification of members of the Mimiviridae family virions resulting from Acanthamoeaba castellanii infections. Viruses are harvested after cell lysis and purified through a high density CsCl gradient to optimize the isolation of the virus from the cell debris or other potential contaminants. Due to the large size of the virion capsids, reaching half a micrometer diameter, the quality of the process can be monitored by light microscopy. The resulting purified particles can then be used to perform new infections, DNA extraction, structural studies, sugar composition ...
[摘要] [摘要]虽然有不同的巨型病毒纯化方案，但它们并没有被完全描述，它们使用的蔗糖梯度不能达到平衡。在这里，我们报告了一个方案，用于纯化由棘球绦虫感染引起的拟病毒科成员病毒。病毒在细胞裂解后收获，并通过高密度CsCl梯度进行纯化，以优化从细胞碎片或其他潜在污染物中分离病毒。由于病毒粒子衣壳尺寸大，直径可达半微米，因此可以通过光学显微镜来监控工艺的质量。由此得到的纯化颗粒可用于进行新的感染、DNA提取、结构研究、糖成分分析、亚组分鉴定或蛋白质组学实验。
[背景]Mimivirus是第一种在光学显微镜下可见的病毒，在大小和基因组复杂度上与单细胞生物重叠，这一发现开创了病毒学的新研究领域（La Scola et al.，2003；Raoult et al.，2004）。在过去的15年里，许多额外的米病毒科成员被从各种环境中分离出来，并且已经发布了几种纯化病毒离子的方案（La Scola等人，2003年；Byrne等人，2009年；Arslan等人，2011年；Philippe等人，2013年；Campos等人，2014年；Andrade等人，2017年）。开发了不同的方法，主要涉及蔗糖缓冲（Campos et al.，2014；Andrade et al.，2017）或蔗糖不连续梯度（Arslan et ...
|
|
|
| HIV-CRISPR: A CRISPR/Cas9 Screening Method to Identify Genes Affecting HIV Replication
|
|
Author:
Date:
2020-05-05
[Abstract] Screening with CRISPR/Cas9 technology has already led to significant discoveries in the fields of cancer biology, cell biology and virology. Because of the relatively low false discovery rates and the ability to perform high-throughput, pooled approaches, it has rapidly become the assay of choice for screening studies, including whole-genome screens. Here, we describe a CRISPR screening protocol that allows for efficient screening of the entire life cycle of HIV-1 through packaging of the HIV-CRISPR lentiviral genomes by infecting HIV-1 virus in trans.
[摘要] [摘要 ] CRISPR / Cas9技术的筛选已经在癌症生物学，细胞生物学和病毒学领域引起了重大发现。由于相对较低的错误发现率和执行高通量，合并方法的能力，它发展迅速。成为筛选研究（包括全基因组筛选）的首选检测方法。在此，我们描述了一种CRISPR筛选方案，该方案可通过感染HIV-CRISPR慢病毒基因组来包装，从而有效筛选HIV-1的整个生命周期。病毒1 在 跨。
[背景] 遗传筛选是鉴定影响包括人类免疫缺陷病毒（HIV）在内的病毒复制的新基因的有力工具。鉴定对HIV感染重要的宿主基因有助于增强对HIV复制，进化，传播和发病机制的认识，这是关键利益所在。特别是在过去十年中，通常是干扰素（IFN）刺激基因（ISG）的HIV限制因子的发现已成为逆转录病毒学领域的关键发展。限制因子已集中在过度表达筛选上，以鉴定作用广泛的抗病毒ISG （Schoggins 等，2011）或专门针对HIV的因子（Kane 等，2016）。通过转染对HIV限制因子进行了全基因组筛选siRNA的池池在靶细胞（刘等人，2011年）。然而，这些方法缺乏稳健性，Versa的钛Lity，和高通量方面 因此，我们使用CRISPR / Cas9技术开发了一种创新的ap 方法，并依靠HIV交叉包装通过CRISPR / Cas9文库转导的细胞中表达的慢病毒基因组的能力（OhAinle ...
|
|
|
| Isolation, Purification and Characterization of Exosomes from Fibroblast Cultures of Skeletal Muscle
|
|
Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Exosomes are dynamic nanovesicles secreted by virtually all cells and are present in all biological fluids. Given their highly heterogeneous content exosomes have been implicated in many physiological and pathological processes that they exert by influencing cell-cell and cell-ECM communication. In recent years an increasing number of methods have been established for the purification and characterization of exosomes. These include ultracentrifugation, ultrafiltration, size exclusion chromatography, immune capture and precipitation using a proprietary polymer. Here, we provide a protocol based on differential ultracentrifugation and sucrose density gradients tailored for the isolation of crude and ultra-pure exosomes from primary fibroblast cultures derived from adult mouse skeletal ...
[摘要] [摘要 ] 外来体是几乎所有细胞分泌的动态纳米囊泡，并存在于所有生物体液中。鉴于它们的异质含量很高，外泌体已牵涉到它们通过影响细胞-细胞和细胞-ECM通讯而发挥的许多生理和病理过程。近年来，已经建立了越来越多的方法外泌体的纯化和表征。其中包括超速离心，超滤，尺寸排阻色谱，免疫捕获和使用专有聚合物的沉淀。在这里，我们提供了基于差分超速离心和蔗糖密度梯度的协议，该协议专门用于从成年小鼠骨骼肌衍生的原代成纤维细胞培养物中分离粗制和超纯外泌体。可以对该协议进行修改和修改，以从各种组织和体液中分离和表征外泌体。
背景 ] ë xosomes是单膜，异质纳米囊泡直径范围从30至150nm，secre 由所有细胞和存在于几乎所有的体液泰德。外泌体中存在的可溶性和膜大分子，mRNA，microRNA的光谱取决于代谢状态以及分泌这些纳米囊泡的细胞的发育起源。由于它们的货物组成，外泌体可以启动接收细胞中的信号传导途径，并参与了发育，免疫和正常组织生理的维持。在神经退行性疾病，纤维化和癌症等疾病条件下，它们被证明可以触发和传播病理刺激（Rackov 等，2018; Gurunathan 等，2019; van de Vlekkert 等，2019）。在这里，我们描述了从成年小鼠腓肠肌（GA）肌肉建立的成纤维细胞培养物中纯化外泌体的方案（van de Vlekkert ...
|
|
|