| Advances in Proximity Ligation in situ Hybridization (PLISH)
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Understanding tissues in the context of development, maintenance and disease requires determining the molecular profiles of individual cells within their native in vivo spatial context. We developed a Proximity Ligation in situ Hybridization technology (PLISH) that enables quantitative measurement of single cell gene expression in intact tissues, which we have now updated. By recording spatial information for every profiled cell, PLISH enables retrospective mapping of distinct cell classes and inference of their in vivo interactions. PLISH has high sensitivity, specificity and signal to noise ratio. It is also rapid, scalable, and does not require expertise in molecular biology so it can be easily adopted by basic and clinical researchers.
[摘要] [摘要]在发育，维持和疾病的背景下了解组织需要确定单个细胞在其天然体内空间范围内的分子谱。我们开发了一种邻近连接原位杂交技术（PLISH），该技术能够定量测量完整组织中单细胞基因的表达，现已更新。通过记录每个分析细胞的空间信息，PLISH可以回顾性绘制不同细胞类别并推断其体内 互动。PLISH具有很高的灵敏度，特异性和信噪比。它也快速，可扩展，并且不需要分子生物学方面的专门知识，因此基础和临床研究人员可以轻松地采用它。
[背景技术]我们最近开发了一种复用原位称为PLISH（邻位连接杂交技术原位杂交）（Nagendran等人，2018）。PLISH与其他现有的空间转录组学技术不同，因为它结合了高性能，快速多路复用，低成本和技术简单性（Wilbrey -Clark等人，2020年）。可以通过自动计算完整的冷冻或石蜡包埋组织中单细胞表达图谱来分析PLISH结果，它与同时进行的免疫染色兼容。
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| Transcytosis Assay for Transport of Glycosphingolipids across MDCK-II Cells
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Absorption and secretion of peptide and protein cargoes across single-cell thick mucosal and endothelial barriers occurs by active endocytic and vesicular trafficking that connects one side of the epithelial or endothelial cell (the lumen) with the other (the serosa or blood). Assays that assess this pathway must robustly control for non-specific and passive solute flux through weak or damaged intercellular junctions that seal the epithelial or endothelial cells together. Here we describe an in vitro cell culture Transwell assay for transcytosis of therapeutic peptides linked covalently to various species of the glycosphingolipid GM1. We recently used this assay to develop technology that harnesses endogenous mechanism of lipid sorting across epithelial cell barriers to enable ...
[摘要] 单细胞厚粘膜和内皮屏障上的肽和蛋白质货物的吸收和分泌通过活性内吞和囊泡运输发生，其连接上皮细胞或内皮细胞（管腔）的一侧与另一侧（浆膜或血液）。 评估该途径的测定必须通过弱的或受损的细胞间连接强有力地控制非特异性和被动的溶质通量，所述细胞间连接将上皮细胞或内皮细胞密封在一起。 在这里，我们描述了一种体外>细胞培养Transwell测定法，用于与各种鞘糖脂GM1共价连接的治疗性肽的转胞吞作用。 我们最近使用该测定开发了技术，该技术利用跨上皮细胞屏障的脂质分选的内源机制，以实现肽和蛋白质治疗剂的口服递送。
【背景】
大分子穿过覆盖粘膜表面的单细胞厚的上皮屏障和衬在供给心肌和脑的血管的紧密内皮屏障上的运输通过内吞过程发生，该内吞过程将这些极化细胞的一侧与另一侧连接。该过程称为转胞吞作用（Garcia-Castillo et al。>，2017）。通过受体介导的内吞作用和穿过消化道和呼吸道粘膜的囊泡运输的免疫球蛋白的吸收和分泌最着名的是这一过程。对转胞吞作用的兴趣也受到利用该途径在紧密上皮和内皮屏障上递送治疗性肽和蛋白质的潜力的刺激（Thuenauer 等人，>，2017）。
转胞吞作用是一种活跃的（ATP驱动的）过程。在一些情况下，通过细胞间紧密连接在细胞周围被动扩散可以发生大分子跨越紧密上皮和内皮屏障的转运（Fung ...
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| In situ Hybridization (ISH) in Preparasitic and Parasitic Stages of the Plant-parasitic Nematode Meloidogyne spp.
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The spatio-temporal expression pattern of a gene provides important indications to better understand its biological function. In situ hybridization (ISH) uses a labeled complementary single-stranded RNA or DNA probe to localize gene transcripts in a whole organism, a whole organ or a section of tissue. We adapted the ISH technique to the plant parasite Meloidogyne spp. (root-knot nematode) to visualize RNAs both in free-living preparasitic juveniles and in parasitic stages settled in the plant tissues. We describe each step of the probe synthesis, digoxigenin (DIG) labeling, nematode extraction from plant tissue, and ISH procedure.
[摘要] 基因的时空表达模式为更好地理解其生物学功能提供了重要的指示。 原位杂交（ISH）使用标记的互补单链RNA或DNA探针来定位整个生物体，整个器官或一部分组织中的基因转录物。 我们将ISH技术应用于植物寄生虫
【背景】到目前为止，植物寄生性线虫的稳定转化尚未成功。 ISH能够在整个装载的Meloidogyne spp中分析体内时空基因表达。线虫。这些根结线虫在土壤中以微小蚓状幼虫（J2）形式孵化并感染宿主植物根部。 J2s穿透根部并迁移到根部维管柱状细胞。幼虫定居在根部，发育成J3和J4寄生幼鱼，诱导分化专化饲养细胞。线虫最终发育成梨形雌性，将在根表面释放数百个卵。在这里，我们报告了一个详细的协议来检测准备性整体安装J2s和寄生阶段中的单个RNA分子。寄生虫阶段的ISH需要在感染根部提取线虫前一天采取额外的程序。我们描述了在线虫整个组织中使用地高辛（DIG）标记的cDNA探针检测转录物。
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