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OptiPrepTM density gradient medium

OptiPrep TM密度梯度培养基

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: D1556
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Company-protocol()
Other protocol()

Cell-free Reconstitution of the Packaging of Cargo Proteins into Vesicles at the trans Golgi Network
Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract]  Protein sorting at the trans Golgi network (TGN) plays important roles in targeting newly synthesized proteins to their specific destinations. The aim of this proposal is to reconstitute the packaging of non-Golgi resident cargo proteins into vesicles at the TGN, utilizing rat liver cytosol, semi-intact mammalian cells and nucleotides. The protocol describes how to perform the vesicle formation assay, how to isolate vesicles and how to detect cargo proteins in vesicles. This reconstitution assay can be used to quantitatively measure the efficiency of the packaging of a specific cargo protein into transport vesicles at the TGN under specific experimental conditions. [摘要]  [摘要] 反式高尔基体网络(TGN)上的蛋白质分选在将新合成的蛋白质靶向其特定目的地方面起着重要作用。该提议的目的是利用大鼠肝细胞溶质,半完整的哺乳动物细胞和核苷酸,在TGN处将非高尔基驻留的货物蛋白重新包装成囊泡。该协议描述了如何进行囊泡形成测定,如何分离囊泡以及如何检测囊泡中的货物蛋白。该重构测定法可用于定量测量在特定实验条件下将特定货物蛋白包装到TGN的运输小泡中的效率。

[背景] 的反式高尔基体网络(TGN)是在分泌运送路径的必要的交通枢纽。为了确保水泡运输的保真度,真核细胞利用各种蛋白质分选设备将特定的货物蛋白质准确地包装到TGN的运输小泡中,然后运至特定的目的地(Guo 等人,2014)。为了加深我们对TGN分选过程特异性的理解,重要的是开发一种能够忠实地重构TGN囊泡形成和货物分选过程的分析方法。该测定法可用于直接和定量地测量特定因子在调节特定货物蛋白包装到运输小泡中的作用。从内质网(ER)将货物蛋白包装到COPII囊泡中的无细胞重构已得到很好的建立(Kim 等,2005; Kim 等,2007; Merte 等,2010; Yuan 等。,2018;Niu 等,2019;)。已经开发出一种体外测定法,其在TGN处重构特定货物蛋白TGN46在运输小泡中的释放(Ponnambalam 等,1996;Wakana ...

Mammalian Cell-derived Vesicles for the Isolation of Organelle Specific Transmembrane Proteins to Conduct Single Molecule Studies
Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract]  Cell-derived vesicles facilitate the isolation of transmembrane proteins in their physiological membrane maintaining their structural and functional integrity. These vesicles can be generated from different cellular organelles producing, housing, or transporting the proteins. Combined with single-molecule imaging, isolated organelle specific vesicles can be employed to study the trafficking and assembly of the embedded proteins. Here we present a method for organelle specific single molecule imaging via isolation of ER and plasma membrane vesicles from HEK293T cells by employing OptiPrep gradients and nitrogen cavitation. The isolation was validated through Western blotting, and the isolated vesicles were used to perform single molecule studies of oligomeric receptor assembly. [摘要]  细胞衍生的囊泡促进跨膜蛋白在其生理膜中的分离,从而维持其结构和功能完整性。 这些囊泡可以由产生,容纳或运输蛋白质的不同细胞器产生。 结合单分子成像,可以使用分离的细胞器特异性囊泡来研究嵌入蛋白质的运输和组装。 在这里,我们提出了一种通过使用OptiPrep梯度和氮气穴通过从HEK293T细胞中分离ER和质膜囊泡来进行细胞器特异性单分子成像的方法。 通过Western印迹验证分离,并使用分离的囊泡进行寡聚受体组装的单分子研究。

【背景】大量的跨膜蛋白通过多个亚基的组装形成,导致复杂的寡聚结构,其可以通常以多种化学计量存在。了解组装中的变化如何改变在不同细胞器中的贩运和本地化对于确定蛋白质的生理作用以及与成熟和运输相关的疾病的连接至关重要。单分子方法可以通过直接测量其化学计量比来更好地理解寡聚蛋白的组装(Ulbrich和Isacoff,2007; Richards等人,2012)。这种方法避免了整体平均,从而提供了所有化学计量的平均状态(Walter and Bustamante,2014)。单分子研究近来已被用于理解大分子的结构和功能特性,包括构象动力学(Tan等人,2014),离子通道门控(Wang等人 ,2016),配体 - 受体相互作用(Moonschi等人,2015)和化学计量组装(Ulbrich和Isacoff,2007; ...

Cell-free Generation of COPII-coated Procollagen I Carriers
Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract]  The aim of this protocol is to generate COPII-coated procollagen I (PC1) carriers in a cell-free reaction. The COPII-coated PC1 carriers were reconstituted from donor membrane, cytosol, purified recombinant COPII proteins, and nucleotides. This protocol describes the preparation of donor membrane and cytosol, the assembly of the reaction, and the isolation and detection of reconstituted COPII-coated carriers. This cell-free reaction can be used to test conditions that stimulate or suppress the packaging of PC1 into COPII-coated carriers. [摘要]  该协议的目的是在无细胞反应中产生COPII包被的前胶原I(PC1)载体。 COPII包被的PC1载体由供体膜,胞质溶胶,纯化的重组COPII蛋白和核苷酸重构。 该方案描述了供体膜和细胞溶胶的制备,反应的组装,以及复制的COPII包被的载体的分离和检测。 该无细胞反应可用于测试刺激或抑制PC1包装成COPII包被的载体的条件。
【背景】外壳蛋白复合体II(COPII)在从内质网(ER)途径到高尔基体的运输中起着至关重要的作用。来自ER的货物运输所需的基因在酵母的基因研究中被发现,并且借助于添加有纯化组分的无细胞囊泡萌芽反应来阐明囊泡出芽所需基因的蛋白质产物的精确作用(Novick 1981; Kaiser等人,1990; Barlowe等人,1994)。开发了类似的反应来检测COPII在培养的哺乳动物细胞中来自ER的货物运输中的作用(Kim等人,2005)。哺乳动物COPII包被的囊泡直径大约为80-100nm,似乎太小以至于不能容纳诸如刚性的300nm前胶原I(PC1)三股螺旋杆的大分泌性货物。尽管可能的尺寸差异,COPII对于包括PC1在内的大型货物的分泌是必不可少的(Boyadjiev等人,2006)。最近,我们报道了通过随机光学重建显微镜(STORM),相关光电子显微镜(CLEM)和活细胞成像(Gorur ...

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