|
Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] In bacteria, the restart of stalled DNA replication forks requires the DNA helicase PriA. PriA can recognize and remodel abandoned DNA replication forks, unwind DNA in the 3'-to-5' direction, and facilitate the loading of the helicase DnaB onto the DNA to restart replication. ssDNA-binding protein (SSB) is typically present at the abandoned forks, protecting the ssDNA from nucleases. Research that is based on the assays for junction dissociation, surface plasmon resonance, single-molecule FRET, and x-ray crystal structure has revealed the helicase activity of PriA, the SSB-PriA interaction, and structural information of PriA helicase. Here, we used Atomic Force Microscopy (AFM) to visualize the interaction between PriA and DNA substrates with or without SSB in the absence of ATP to ...
[摘要] [摘要]在细菌中，停滞的DNA复制叉的重新启动需要DN A解旋酶PriA 。PriA可以识别并重塑废弃的DNA复制叉，在3'到5'方向展开DNA，并促进解旋酶DnaB加载到DNA上以重新开始复制。ssDNA结合蛋白（SSB）通常存在于废弃的叉子上，从而保护ssDNA免受核酸酶的破坏。该研究是基于所述测定法离解结，表面等离振子共振，单分子FRET，和x射线晶体结构已经揭示的解旋酶活性PRIA ，SSB- PriA相互作用以及PriA解旋酶的结构信息。在这里，我们使用原子力显微镜（AFM）可视化了在不存在ATP的情况下在有或没有SSB的情况下PriA和带有或不带有SSB的DNA底物之间的相互作用，以描绘PriA在其ATP催化的DNA解链反应之前的底物识别模式。该协议描述了获取高分辨率AFM图像的步骤以及数据分析和表示的细节。
[背景]当DNA复制遇到障碍或断裂时，需要对其进行修复并随后重新启动（Kogoma，1997； Cox等，2000； McGlynn和Lloyd，2002；G abbai和Marians，2010； Michel等，2018）。 ）。在细菌中，DNA解旋酶PRIA通过识别废弃DNA复制叉，从而便于重新组装的介导这一过程复制体的解旋酶和装载DNAB （Wickner和赫维茨，1975; Zavitz和Marians，1992; ...
|