| Giant Mimiviridae CsCl Purification Protocol
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] While different giant viruses’ purification protocols are available, they are not fully described and they use sucrose gradient that does not reach an equilibrium. Here, we report a protocol for the purification of members of the Mimiviridae family virions resulting from Acanthamoeaba castellanii infections. Viruses are harvested after cell lysis and purified through a high density CsCl gradient to optimize the isolation of the virus from the cell debris or other potential contaminants. Due to the large size of the virion capsids, reaching half a micrometer diameter, the quality of the process can be monitored by light microscopy. The resulting purified particles can then be used to perform new infections, DNA extraction, structural studies, sugar composition ...
[摘要] [摘要]虽然有不同的巨型病毒纯化方案，但它们并没有被完全描述，它们使用的蔗糖梯度不能达到平衡。在这里，我们报告了一个方案，用于纯化由棘球绦虫感染引起的拟病毒科成员病毒。病毒在细胞裂解后收获，并通过高密度CsCl梯度进行纯化，以优化从细胞碎片或其他潜在污染物中分离病毒。由于病毒粒子衣壳尺寸大，直径可达半微米，因此可以通过光学显微镜来监控工艺的质量。由此得到的纯化颗粒可用于进行新的感染、DNA提取、结构研究、糖成分分析、亚组分鉴定或蛋白质组学实验。
[背景]Mimivirus是第一种在光学显微镜下可见的病毒，在大小和基因组复杂度上与单细胞生物重叠，这一发现开创了病毒学的新研究领域（La Scola et al.，2003；Raoult et al.，2004）。在过去的15年里，许多额外的米病毒科成员被从各种环境中分离出来，并且已经发布了几种纯化病毒离子的方案（La Scola等人，2003年；Byrne等人，2009年；Arslan等人，2011年；Philippe等人，2013年；Campos等人，2014年；Andrade等人，2017年）。开发了不同的方法，主要涉及蔗糖缓冲（Campos et al.，2014；Andrade et al.，2017）或蔗糖不连续梯度（Arslan et ...
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| Candida albicans Culture, Cell Harvesting, and Total RNA Extraction
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Transcriptional analysis has become a cornerstone of biological research, and with the advent of cheaper and more efficient sequencing technology over the last decade, there exists a need for high-yield and efficient RNA extraction techniques. Fungi such as the human pathogen Candida albicans present a unique obstacle to RNA purification in the form of the tough cell wall made up of many different components such as chitin that are resistant to many common mammalian or bacterial cell lysis methods. Typical in vitro C. albicans cell harvesting methods can be time consuming and expensive if many samples are being processed with multiple opportunities for product loss or sample variation. Harvesting cells via vacuum filtration rather than centrifugation cuts down on time before the cells are ...
[摘要] [摘要]转录分析已成为生物学研究的基石，并且在最近十年中，随着廉价，高效测序技术的出现，对高产量，高效率的RNA提取技术存在着需求。真菌如人病原体白色念珠菌呈现出独特的障碍RNA纯化在坚韧细胞壁的形式作出许多不同的部件，例如几丁质的最多的是对许多常见的哺乳动物细胞或细菌细胞裂解的方法具有抗性。典型的体外白色念珠菌 如果要处理的样品很多，并且产品损失或样品变化的机会很多，则细胞采集方法可能既耗时又昂贵。通过真空过滤而不是离心收集细胞可以减少冷冻前的时间，因此可以改变RNA表达谱的可用时间。对于白色念珠菌而言，真空过滤是优选的，这主要有两个原因：由于暴露的表面积增加，非丸状细胞的细胞裂解速度更快，并且与酵母或细菌细胞不同，丝状细胞首先难以沉淀。与酶法处理相比，使用机械细胞裂解法（通过氧化锆/二氧化硅珠子）可减少加工时间以及总成本。总的来说，该方法是从白念珠菌的体外培养物中提取总RNA的快速，高效且高产率的方法。
[背景]需要快速，可重复的，高效的RNA提取技术已经显著在过去几年里，由于使用RNA测序等表达分析技术的稳步增长成长是变得更加经济实惠，并与测序技术的改进速度更快。各种公司和实验室提供了许多不同的工具包和协议，试图满足这一需求。但是，专门为一种真菌建立的方法可能不适用于另一种真菌，而试剂盒平台由于其应用范围太广，常常会不足。在这里，我们描述了一种细胞培养物，收获，和RNA提取方法为致病性真菌，白色念珠菌，其利用的技术的组合，得到以一致和有效的方式既高产率和高质量的RNA。 ...
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