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LB Agar Ampicillin-100

Company: Thermo Fisher Scientific
Catalog#: L5667
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Generation and Implementation of Reporter BHK-21 Cells for Live Imaging of Flavivirus Infection
Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract]  

The genus Flavivirus within the family Flaviviridae includes many viral species of medical importance, such as yellow fever virus (YFV), Zika virus (ZIKV), and dengue virus (DENV), among others. Presently, the identification of flavivirus-infected cells is based on either the immunolabeling of viral proteins, the application of recombinant reporter replicons and viral genomes, or the use of cell-based molecular reporters of the flaviviral protease NS2B-NS3 activity. Among the latter, our flavivirus-activatable GFP and mNeptune reporters contain a quenching peptide (QP) joined to the fluorescent protein by a linker consisting of a cleavage site for the flavivirus NS2B-NS3 proteases (AAQRRGRIG). When the viral protease cleaves the linker, the quenching peptide is removed, and the

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[摘要]  [摘要]本属黄病毒家族中的黄病毒包括医学重要性许多病毒种类,如黄热病病毒(YFV),寨卡病毒(ZIKV)和登革热病毒(DENV),等等。目前,黄病毒感染细胞的鉴定是基于病毒蛋白的免疫标记,重组报告子复制子和病毒基因组的应用,或黄病毒蛋白酶NS2B-NS3活性的基于细胞的分子报告子的使用。在后者中,我们的黄病毒可激活的GFP和mNeptune报道分子含有通过接头连接到荧光蛋白的淬灭肽(QP),该接头由黄病毒NS2B - NS3蛋白酶(AAQRRGRIG)的切割位点组成。当病毒蛋白酶切割接头时,淬灭肽被去除,并且荧光蛋白采用促进荧光的构象。在这里,我们提供了用于表达,选择和实施表达黄病毒基因编码分子报告子的稳定BHK-21细胞的详细协议,适用于通过活细胞成像监测病毒感染。我们还将描述图像分析过程并提供所需的软件管道。我们的报告细胞允许通过活细胞成像对黄病毒的参考菌株和天然菌株实施单细胞感染动力学以及噬菌斑测定。

图形摘要:

黄病毒感染实时成像的报告基因BHK-21细胞的产生与实施工作流。


[背景]黄病毒代表了正在引起并正在重新出现的全球性威胁,可能引起动物和人类疾病,包括许多与医学有关的病毒,例如黄热病病毒(YFV),西尼罗河病毒(WNV),日本脑炎病毒(JEV),登革热病毒(DENV),并兹卡六RUS(ZIKV),等等(摹·乌尔德·所罗门,2008) ...

Analyzing (Re)Capping of mRNA Using Transcript Specific 5' End Sequencing
Author:
Date:
2020-10-20
[Abstract]  The 5′ cap is a ubiquitous feature of eukaryotic mRNAs. It is added in the nucleus onto newly synthesized pre-mRNA, and in the cytoplasm onto mRNAs after decapping or endonuclease cleavage. Cytoplasmic recapping can occur after loss of the cap at the native 5′ end, or downstream within the body of the mRNA. The identification and location of recapping events is key to understanding the functional consequences of this process. Here we present an approach that addresses this problem, using the Lexogen TeloPrime® cDNA synthesis kit to tag recapped 5′ ends. TeloPrime uses a proprietary DNA ligase to add a double stranded DNA oligonucleotide onto the 3′ end of cDNA while it is base paired with mRNA. Specificity for capped ends is obtained by the oligonucleotide having an unpaired C ... [摘要]  [摘要]5′cap是真核mRNAs普遍存在的特征。它被添加到新合成的pre-mRNA的细胞核中,并在去盖或核酸内切酶切割后加入到mRNAs的细胞质中。细胞质重拾可发生在5′端或mRNA体下游的cap缺失后。识别和定位重述事件是理解该过程的功能后果的关键。这里我们提出了一种解决这个问题的方法,使用Lexogen TeloPrime®cDNA合成试剂盒来标记重述的5′端。TeloPrime使用一种专有的DNA连接酶,在cDNA的3′端加入一个双链DNA寡核苷酸,同时与mRNA碱基配对。寡核苷酸在mRNA 5′端有一个与m7G弱碱基配对的不成对C残基。然后用引物对附加的寡核苷酸和感兴趣的mRNA进行双链cDNA的PCR扩增。得到的产物是凝胶纯化和直接测序(如果是单个带)或克隆和测序。连接的寡核苷酸和靶mRNA连接处的序列提供了cap在相应转录物上的位置。此方法适用于所有封顶转录本。它可以与Sanger测序一起用于少量的转录物,也可以用于Illumina库测序。

[背景]N7-甲基鸟苷帽是所有真核mRNAs的一个显著特征。与cap结合的蛋白质在mRNA生命周期的各个阶段发挥作用,包括核加工、输出、翻译和mRNA衰变。5′cap以共转录方式添加到所有mRNAs中,并开发了许多全基因组技术(例如,基因表达的Capped分析,或CAGE)(Morioka等人,2020年),这些技术利用末端末端的鉴定来标记转录起始位点。除了标记转录起始位点外,约25%的笼状标签映射到剪接内含子的下游(Djebali等人,2012年)。生物化学基础的证据来自我们实验室2009年的鉴定:一种细胞质复合体能够将N7甲基鸟苷帽恢复到5′-单磷酸末端的转录物上,但不能恢复到5′-羟基末端的转录物上(Otsuka等人,2009年)。细胞质封顶由一种复合酶催化,包括封盖酶(RNGTT)、帽甲基转移酶(RNMT)及其激活亚单位(RAM),以及一种将去盖转录物的5′-单磷酸末端转化为5′-二磷酸底物以进行GMP添加的激酶(Trotman和Schoenberg,2019)。我们的早期工作是基于在GMP添加步骤中阻断细胞质封盖的显性负型封盖酶的使用。该蛋白的表达导致出现许多未封顶的转录本,其末端使用5'-种族定位到下游笼状标签附近(Kiss等人,2015年;Berger等人,2019年)。虽然令人鼓舞,但这种方法有三个主要缺点:a)它需要分离带帽和未封顶的rna,b)它假设未封顶的转录本保持足够稳定,可以被检测到,以及c)它假设以这种方式检测到的未封顶末端经历了有限的额外的核外溶核修剪。 ...

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