| In vitro RNA-dependent RNA Polymerase Assay Using Arabidopsis RDR6
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) in eukaryotes convert single-stranded RNAs into double-stranded RNAs, thereby amplifying small interfering RNAs that play crucial roles in the regulation of development, maintenance of genome integrity and antiviral immunity. Here, we describe a method of in vitro RdRP assay using recombinant Arabidopsis RDR6 prepared by an insect expression system. By using this classical biochemical assay, we revealed that RDR6 has a strong template preference for RNAs lacking a poly(A) tail. This simple method will be applicable to other RdRPs in Arabidopsis and different organisms.
[摘要] 真核生物中的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）将单链RNA转化为双链RNA，从而扩增在调节发育，维持基因组完整性和抗病毒免疫方面起关键作用的小干扰RNA。 在此，我们描述了使用通过昆虫表达系统制备的重组拟南芥RDR6的体外RdRP测定的方法。 通过使用这种经典的生物化学分析，我们发现RDR6有一个强大的模板偏好RNAs缺乏poly（A）尾巴。 这个简单的方法将适用于拟南芥属和其他生物体中的其他RdRPs。
【背景】已经在所有真核生物王国 - 植物，真菌，原生动物和动物中发现RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）基因（Zong等人，2009）。它们将单链RNA（ssRNA）转化为双链RNA（dsRNA），从而扩增在各种生物过程中发挥关键作用的小干扰RNA（siRNA），包括调节发育（Peragine等人， ，2004; Li等人，2005），维持基因组完整性（Volpe等人，2002; Xie等人，2004年， ）和抗病毒免疫性（Mourrain等人，2000; Yu等人，2003; Garcia-Ruiz等人，2010; Wang ，2010）。除了这种RdRP活性之外，RdRP还具有称为末端核苷酸转移酶（TNTase）活性的另一种酶活性（Curaba和Chen，2008; ...
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| Determination of Enzyme Kinetic Parameters of UDP-glycosyltransferases
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Author:
Date:
2013-07-20
[Abstract] The determination of enzyme kinetic parameters, such as the Km and kcat values, is an essential part of the characterization of newly discovered enzymes. This protocol describes the determination of enzyme kinetic parameters of the Barbarea vulgaris UDP-glycosyltransferases (UGTs) UGT73C11 and UGT73C13 toward the sapogenins oleanolic acid and hederagenin as sugar acceptor substrates. UGTs catalyze the transfer of glycosyl residues. They generally use uridine sugar nucleotides as their sugar donor substrates, whereas sugar acceptor substrates arise from structurally diverse sets of metabolite classes. This protocol is based on the quantification of 14C-labeled glycosides following thin layer chromatography (TLC)-based separation. The dependence of ...
[摘要] 测定酶动力学参数，如Km和kcat值，是新发现的酶的表征的重要组成部分。该方案描述了通过将Barbarea vulgaris UDP-糖基转移酶（UGTs）UGT73C11和UGT73C13的酶动力学参数作为糖受体底物朝向皂甙元酸齐墩果酸和雄蕊草素的测定。 UGTs催化糖基残基的转移。他们通常使用尿苷糖核苷酸作为其供体底物，而糖受体底物来自结构不同的代谢物类别。该方案基于以薄层色谱（TLC）为基础的分离后14C标记的糖苷的定量。测量信号对通用放射性标记的糖供体底物的依赖性允许将该方案与广泛范围的不同糖受体底物结合使用。然而，由于这里描述的TLC分离程序已被优化用于分离皂角苷及其糖苷，所以在研究其它化合物类时可能需要进行一些修饰。
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