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Author:
Date:
2020-09-20
[Abstract] Most organs and tissues are composed of many types of cells. To characterize cellular state, various transcription profiling approaches are currently available, including whole-tissue bulk RNA sequencing, single cell RNA sequencing (scRNA-Seq), and cell type-specific RNA sequencing. What is missing in this repertoire is a simple, versatile method for bulk transcriptional profiling of cell types for which cell type-specific genetic markers or antibodies are not readily available. We therefore developed Probe-Seq, which uses hybridization of gene-specific probes to RNA markers for isolation of specific types of cells, to enable downstream FACS isolation and bulk RNA sequencing. We show that this method can enable isolation and profiling of specific cell types from mouse retina, frozen human ...
[摘要] [摘要 ] 大多数器官和组织由许多类型的细胞组成。为了表征细胞状态，目前可以使用各种转录分析方法，包括全组织体RNA测序，单细胞RNA测序（scRNA -Seq）和特定于细胞类型的RNA测序。在此库中缺少的是一种简单，通用的方法，无法批量获得细胞类型的特定基因标记或抗体，因此无法批量转录。因此，我们开发了Probe-Seq，该探针使用基因特异性探针与RNA标记的杂交来分离特定类型的细胞，以实现下游FACS分离和大量RNA测序。我们表明，该方法可以实现从小鼠视网膜，冷冻人视网膜，果蝇中肠和发育中的雏鸡视网膜中分离和分析特定细胞类型的特征，这表明它对大多数生物很有用。
[背景技术 [ 0002 ] 在过去的二十年中，使用RNA-Seq和微阵列进行转录谱分析已在生物学研究中无处不在。分析现在是用来了解大多数生物体中细胞和细胞状态的主要工具之一。它被用于正常发育，异常发育和疾病的研究，并极大地扩展了我们对进化关系的理解。特别地，scRNA- Seq已经以前所未有的速度导致了新型细胞类型的鉴定（Picelli 等，2013；Jaitin 等，2014； Klein 等，2015； Macosko 等，2015）。为了更深入地了解这些新描述的细胞类型，一种无需转基因标记或特异性抗原即可将其分离的方法将大有裨益。尽管可以使用scRNA ...
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2020-09-20
[Abstract] B lymphocyte activation is regulated by its membrane-bound B cell receptors (BCRs) upon recognizing diverse antigens. It is hypothesized that antigen binding would trigger conformational changes within BCRs, followed by a series of downstream signaling activation. To measure the BCR conformational changes in live cells, a fluorescent site-specific labeling technique is preferred. Genetically encoded fluorescent tags visualize the location of the target proteins. However, these fluorescent proteins are large (~30 kDa) and would potentially perturb the conformation of BCRs. Here, we describe the general procedures of utilizing short tag-based site-specific labeling methodologies combining with fluorescence resonance energy transfer (FRET) assay to monitor the conformational changes within ...
[摘要] [摘要 ] 识别各种抗原后，B淋巴细胞的活化受其膜结合B细胞受体（BCR）的调节。假设抗原结合将触发BCR内的构象变化，随后引发一系列下游信号激活。为了测量活细胞中的BCR构象变化，首选荧光位点特异性标记技术。遗传编码的荧光标签可视化目标蛋白的位置。但是，这些荧光蛋白很大（〜30 k Da ），可能会干扰BCR的构象。在这里，我们描述了利用基于短标签的位点特异性标记方法与荧光共振能量转移（FRET）分析相结合来监视BCR细胞外域内抗原结合时构象变化的一般程序。
[背景 ] B淋巴细胞是负责产生针对病理从识别由细胞膜抗原所产生的保护性抗体的表达的B细胞受体（BCRS）。BCR复合物包含膜结合免疫球蛋白（mIg ）和Igα和Igβ的非共价连接的异二聚体。所述mIg的由两个替代轻链和两个免疫球蛋白重链。所述mIg的重链含有胞外结构域，跨膜结构域，和细胞内结构域。在胞外mIg 的N-末端结构域，有两个可变的抗原结合基序，其后是恒定结构域（Reth，1992）。就IgM-BCR的重链而言，它包含4个域，即Cμ1，Cμ2，Cμ3和Cμ4（图1）。重链和轻链多肽中的结构可变域形成了抗体特有的抗原结合位点。例如，VRC01广泛中和抗体（bnAbs ...
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