| Affinity Purification of GO-Matryoshka Biosensors from E. coli for Quantitative Ratiometric Fluorescence Analyses
|
|
Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract] Genetically encoded biosensors are powerful tools for quantitative visualization of ions and metabolites in vivo. Design and optimization of such biosensors typically require analyses of large numbers of variants. Sensor properties determined in vitro such as substrate specificity, affinity, response range, dynamic range, and signal-to-noise ratio are important for evaluating in vivo data. This protocol provides a robust methodology for in vitro binding assays of newly designed sensors. Here we present a detailed protocol for purification and in vitro characterization of genetically encoded sensors, exemplified for the His affinity-tagged GO-(Green-Orange) MatryoshCaMP6s calcium sensor. GO-Matryoshka sensors are based on single-step insertion ...
[摘要] [摘要]遗传编码的生物传感器是强大的工具为离子和代谢物的定量可视化在体内。设计和优化此类生物传感器通常需要分析大量变体。体外确定的传感器特性，例如底物特异性，亲和力，响应范围，动态范围和信噪比，对于评估体内数据很重要。该协议为新设计的传感器的体外结合测定提供了可靠的方法。这里我们提出了一个详细的协议用于纯化和体外表征的遗传编码的传感器，例示的His亲和标记的GO-（绿橙色）MatryoshCaMP6s钙传感器。GO-Matryoshka传感器基于在感兴趣的结合蛋白内一步插入一个包含两个嵌套荧光蛋白，圆形排列的荧光绿色FP（cpGFP ）和Large Stoke Shift LSSmOrange的盒的方法，从而产生了利用被分析物触发的比例式传感器cpGFP的荧光变化。
[背景技术]将绿色荧光蛋白（GFP）在1962年被鉴定在水母水母维多利亚（下村等人，1962） 。30年后，描述了其首次用作报道基因（Chalfie等，1994）。自从发现以来，GFP变体和其他荧光蛋白为生物科学的主要进步做出了巨大贡献，并且现在已成为生物医学研究中的常用工具（Frommer等，2009）。
各种荧光蛋白（FP）和FP变异体已被用作报道分子或与所有生命王国的生物体中的蛋白融合（Chudakov等，2010 ；Valeur和Berberan- ...
|
|
|
| In vitro AMPylation/Adenylylation of Alpha-synuclein by HYPE/FICD
|
|
Author:
Date:
2020-09-20
[Abstract] One of the major histopathological hallmarks of Parkinson’s disease are Lewy bodies (LBs) –cytoplasmic inclusions, enriched with fibrillar forms of the presynaptic protein alpha-synuclein (α-syn). Progressive deposition of α-syn into LBs is enabled by its propensity to fibrillize into insoluble aggregates. We recently described a marked reduction in α-syn fibrillation in vitro upon posttranslational modification (PTM) by the Fic (Filamentation induced by cAMP) family adenylyltransferase HYPE/FICD (Huntingtin yeast-interacting protein E/FICD). Specifically, HYPE utilizes ATP to covalently decorate key threonine residues in α-syn’s N-terminal and NAC (non-amyloid-β component) regions with AMP (adenosine monophosphate), in a PTM termed AMPylation or adenylylation. Status quo in ...
[摘要] [摘要 ] 帕金森氏病的主要组织病理学标志之一是路易体（LB） –细胞质内含物，富含纤维状形式的突触前蛋白α-突触核蛋白（α-syn）。由于α-syn易于原纤维化成不溶性聚集体，因此可以逐步沉积到LBs中。我们最近描述了Fic（由cAMP诱导的细丝化）家族腺苷酸转移酶HYPE / FICD（与亨廷顿酵母相互作用的蛋白E / FICD）在翻译后修饰（PTM）后体外α-syn纤颤的明显减少。具体而言，HYPE利用ATP在称为AMPylation 或adenylylation 的PTM中，以AMP（单磷酸腺苷）共价修饰α-syn's N末端和NAC（非淀粉样β成分）区域中的关键苏氨酸残基。HYPE底物（例如α-syn）的体外AMPyl化反应现状使用多种ATP类似物，包括放射性标记的α - 32 P-ATP 或α - 33 P-ATP，荧光ATP类似物，生物素化ATP类似物（N6- [6-六甲基] -ATP-生物素），以及基于点击化学的烷基-ATP方法检测基于凝胶的AMPylation 。当前描述HYPE介导AMPylation 的分步方案的文献依赖于α - 33 P-ATP核苷酸，而不是更常见的α - 32 P-ATP。尽管有效，但前一种方法需要长时间且危险的DMSO-PPO（二甲基亚砜- 聚苯基恶唑）沉淀。因此，我们提供了基于α - 33 ...
|
|
|