| Measurements of Root Colonized Bacteria Species
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Author:
Date:
2021-04-05
[Abstract] Root-associated bacteria are able to influence plant fitness and vigor. A key step in understanding the belowground plant-bacteria interactions is to quantify root colonization by the bacteria of interest. Probably, genetic engineering with fluorescence markers is the most powerful way to monitor bacterial strains in plant. However, this could have some collateral problems and some strains can be challenging to label. In this sense, bacterial inoculation under properly controlled conditions can enable reliable and reproducible quantification of natural bacterial strains. In this protocol, we describe a detailed procedure for quantification of root-associated bacteria. This method applies non-aggressive samples processed with morphological identification and PCR-based genetic ...
[摘要] [摘要]根系相关细菌能够影响植物的健康和活力。理解地下植物与细菌相互作用的关键步骤是量化目标细菌的根定植。也许，用荧光标记基因工程是监测植物细菌菌株的最有力的方式，但是这可能有一些担保的问题，有些菌株可被有挑战性的标签。从这个意义上说，在适当控制的条件下接种细菌可以对天然细菌菌株进行可靠且可重复的定量。在此协议中，我们描述了用于定量根相关细菌的详细程序。此方法适用于非侵略性样本处理编 形态鉴定和基于PCR的遗传指纹图谱。这种易于遵循的方案适用于研究在人工培养基或土壤中生长的植物的细菌定植。
[背景] ：植物中天然活与在根际，这是指土壤附着在根的薄层各种土壤细菌。虽然有些根瘤菌对植物没有可观察到的作用，但其他根瘤菌是引起有害作用的病原体或促进植物活力的生长性根瘤菌（PGPR）（Mendes等人，2013; Olanrewaju等人，2019）。细菌病原体或PGPR影响植物生长的能力与其细菌根定殖水平紧密相关。因此，细菌根定殖的研究是了解地下植物与细菌相互作用的重要踏脚石。
可以通过可视化荧光信号来评估细菌菌株的丰度，方法是对其进行修饰以表达编码诸如GFP的荧光蛋白的转基因标记基因（Rochat等，2010; Krzyzanowska等，2012; Saad等，2018）。 ...
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| A Method for User-defined Mutagenesis by Integrating Oligo Pool Synthesis Technology with Nicking Mutagenesis
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Author:
Date:
2020-08-05
[Abstract] Saturation mutagenesis is a fundamental enabling technology for protein engineering and epitope mapping. Nicking mutagenesis (NM) allows the user to rapidly construct libraries of all possible single mutations in a target protein sequence from plasmid DNA in a one-pot procedure. Briefly, one strand of the plasmid DNA is degraded using a nicking restriction endonuclease and exonuclease treatment. Mutagenic primers encoding the desired mutations are annealed to the resulting circular single-stranded DNA, extended with high-fidelity polymerase, and ligated into covalently closed circular DNA by Taq DNA ligase. The heteroduplex DNA is resolved by selective degradation of the template strand. The complementary strand is synthesized and ligated, resulting in a library of mutated ...
[摘要] [摘要] 饱和突变是蛋白质工程和表位定位的基础技术。缺口突变（NM）允许用户在一锅程序中快速构建目标蛋白序列中所有可能的单一突变的文库。简言之，质粒DNA的一条链被切痕限制性内切酶和核酸外切酶处理降解。编码所需突变的突变引物退火成环状单链DNA，用高保真聚合酶延伸，并通过taqdna连接酶连接成共价闭合的环状DNA。通过选择性降解模板链来分解异源双链DNA。合成并连接互补链，形成一个共价闭合的环状质粒库。后来的研究表明，由于该过程中使用的引物很少，因此通常在使用前需要扩增的再悬浮寡聚物池可以直接用于诱变过程。因为寡聚体可以包含数以万计的独特寡聚体，这使得在一个单罐突变反应中能够构建数以万计用户定义突变的库，这显著提高了NM的效用，如下所述。
寡聚物的使用为诱变实验提供了一种经济上有利的方法。首先，寡核苷酸池合成比传统合成便宜得多。第二，可以产生一个混合池，用于多个不同基因的诱变。为了使用同一个寡聚体进行多种基因的诱变，使用者只需量化特定于其诱变实验的寡聚体部分，并调整寡聚体的体积和有效浓度，以用于缺口突变。
[背景] 蛋白质功能序列相关性的评价对于蛋白质科学的应用和基础研究具有重要意义。近年来，深度突变扫描（DMS）已经上升到基于蛋白质的研究的前沿（Fowler and ...
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