| Quantitative Kinetic Analyses of Histone Turnover Using Imaging and Flow Cytometry
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] Dynamic histone changes occur as a central part of chromatin regulation. Deposition of histone variants and post-translational modifications of histones are strongly associated with properties of chromatin status. Characterizing the kinetics of histone variants allows important insights into transcription regulation, chromatin maintenance and other chromatin properties. Here we provide a protocol of quantitative and sensitive approaches to test the timing of incorporation and dissociation of histones using a two-color SNAP-labeling system, labelling pre-existing and newly-incorporated histones distinctly. Together with cell cycle synchronization methods and cell cycle markers, this approach enables a pulse-chase analysis to determine the turnover of histone variants during the cell cycle, ...
[摘要] [摘要] 动态的组蛋白变化是染色质调节的核心部分。组蛋白变体的沉积和组蛋白的翻译后修饰与染色质状态的属性密切相关。表征组蛋白变体的动力学特性可为深入了解转录调控，染色质维持和其他染色质特性提供重要信息。在这里，我们提供了一种定量和敏感方法的协议，以使用双色SNAP标记系统测试组蛋白的结合和解离时间，分别标记预先存在的和新结合的组蛋白。结合细胞周期同步方法和细胞周期标志物，这种方法可以进行脉冲追踪分析，以确定在细胞周期内使用成像或流式细胞仪方法以单细胞分辨率检测到的组蛋白变体的周转率。除了测试整体组蛋白更新，还可以使用成像方法解决组蛋白变体的细胞周期依赖性细胞定位。
[背景] 染色质重塑是真核细胞众多基本细胞活动的一部分（Geiman 和Robertson，2002；Clapier 和Cairns ，2009）。转录因子和RNA聚合酶的可及性通常与DNA甲基化和染色质状态的变化相关，包括可及性，翻译后的组蛋白修饰和组蛋白变体的沉积。组蛋白变体差异性地调节调节发育，细胞分化或其他生理活动的基因表达（Banaszynski 等，2010）。它们在DNA修复，端粒维护，异染色质形成和染色质分离中也发挥着不同的作用（Henikoff 和Smith，2015； Zink和Hake，2016）。此外，组蛋白变体的掺入失调与癌症有关（Vardabasso et ...
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| Intestinal Enteroid Culture for Human Astroviruses
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Author:
Date:
2020-07-20
[Abstract] Human astroviruses (HAstV) are non-enveloped, positive-sense single stranded RNA viruses that typically cause gastroenteritis in children, the elderly and among immunocompromised individuals. Some HAstV species have also been implicated in neurological diseases. It is important to study these viruses to understand the pathogenesis and develop therapeutics. Here we describe HAstV infection in epithelium-only human intestinal enteroids (HIE) isolated from biopsy-derived intestinal crypts. Although different HAstV clades have been propagated in transformed immortalized cell lines such as A549, Caco-2, HEK293T and Huh7.5, we chose HIE because they better mimic the human intestine and thus are more physiologically relevant. Additionally, HIE support the replication of all HAstV clades ...
[摘要] [摘要] 人类星状病毒（HAstV）是一种非包膜，正向单链RNA病毒，通常会导致儿童，老年人和免疫力低下的人群中的肠胃炎。一些HAstV物种也与神经系统疾病有关。研究这些病毒以了解其发病机理并开发治疗方法非常重要。在这里我们描述HAstV感染 从活检来源的肠隐窝中分离出的仅上皮的人肠小肠类固醇（HIE）。尽管已经在转化的永生化细胞系（例如A549，Caco-2，HEK293T和Huh7.5）中繁殖了不同的HAstV进化枝，但我们选择HIE是因为它们可以更好地模仿人的肠道，因此在生理上更相关。此外，HIE支持所有HAstV进化枝的复制，包括临床样品，因此使HIE成为研究HAstV生物学的有价值的潜在通用模型。
[背景] 人类星状病毒（HAstV）是高度流行的肠病毒，会引起从腹泻到脑炎的广泛感染。无症状，全身和肠道外感染很常见（Madeley和Cosgrove 1975；Bosch 等人，2014；Kolawole 等人，2019）。尽管具有医学重要性，但H AstV 是一些特征最弱的肠病毒。目前，已识别出三组人类AstV：经典HAstV和非经典HAstV-MLB（墨尔本），以及HAstV-VA / ...
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